PDB-7dvb: D335N variant of Bt4394 in complex with 6SO3-NAG-oxazoline interm...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7dvb

タイトル

D335N variant of Bt4394 in complex with 6SO3-NAG-oxazoline intermediate

要素

Beta-N-acetylhexosaminidase

キーワード

HYDROLASE / GH20 / Complex

機能・相同性

機能・相同性情報

glycosaminoglycan metabolic process / beta-N-acetylhexosaminidase / beta-N-acetylglucosaminidase activity / carbohydrate metabolic process / membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Bacteroides thetaiotaomicron (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.05 Å

データ登録者

Zhang, Z. / He, Y. / Jin, Y.

資金援助

英国,

中国, 2件

引用

ジャーナル: Acs Catalysis / 年: 2023
タイトル: Mechanistic and Structural Insights into the Specificity and Biological Functions of Bacterial Sulfoglycosidases
著者: Zhang, Z. / Dong, M. / Zallot, R. / Blackburn, G.M. / Wang, N. / Wang, C. / Chen, L. / Baumann, P. / Wu, Z. / Wang, Z. / Fan, H. / Roth, C. / Jin, Y. / He, Y.

履歴

登録	2021年1月13日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2022年1月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年1月18日	Group: Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: atom_type / citation ...atom_type / citation / citation_author / entity / struct Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year / _entity.pdbx_mutation / _struct.title
改定 1.2	2023年11月29日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7dvb.cif.gz	437.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7dvb.ent.gz	347.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7dvb.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7dvb_validation.pdf.gz	1.8 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7dvb_full_validation.pdf.gz	1.8 MB	表示
XML形式データ	7dvb_validation.xml.gz	73.6 KB	表示
CIF形式データ	7dvb_validation.cif.gz	101.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dv/7dvb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dv/7dvb	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7dupC 7dvaC 8balC 8bblC 8bdpC 3rcnS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7dva-1 7dvb-4 7dvb-2 5il2-d 5gnh-2 7jjt-d 1v5w-d 5d0a-2 5k7w-d 5c0y-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#141 - 2011年9月 O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase) 類似性 (3)

登録構造単位

A: Beta-N-acetylhexosaminidase

B: Beta-N-acetylhexosaminidase

C: Beta-N-acetylhexosaminidase

D: Beta-N-acetylhexosaminidase

ヘテロ分子

248 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Beta-N-acetylhexosaminidase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
62 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Beta-N-acetylhexosaminidase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
62 kDa, 1 ポリマー
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3

C: Beta-N-acetylhexosaminidase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
62 kDa, 1 ポリマー
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4

D: Beta-N-acetylhexosaminidase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
62.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	82.026, 67.002, 192.803
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 94.673, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	2	A
4	2	C
5	3	A
6	3	D
7	4	B
8	4	C
9	5	B
10	5	D
11	6	C
12	6	D

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	1	GLU	GLU	MET	MET	A	A	23 - 545	3 - 525
2	1	1	GLU	GLU	MET	MET	B	B	23 - 545	3 - 525
3	2	2	GLU	GLU	MET	MET	A	A	23 - 545	3 - 525
4	2	2	GLU	GLU	MET	MET	C	C	23 - 545	3 - 525
5	3	3	ILE	ILE	MET	MET	A	A	24 - 545	4 - 525
6	3	3	ILE	ILE	MET	MET	D	D	24 - 545	4 - 525
7	4	4	GLU	GLU	MET	MET	B	B	23 - 545	3 - 525
8	4	4	GLU	GLU	MET	MET	C	C	23 - 545	3 - 525
9	5	5	ILE	ILE	MET	MET	B	B	24 - 545	4 - 525
10	5	5	ILE	ILE	MET	MET	D	D	24 - 545	4 - 525
11	6	6	ILE	ILE	ILE	ILE	C	C	24 - 544	4 - 524
12	6	6	ILE	ILE	ILE	ILE	D	D	24 - 544	4 - 524

NCSアンサンブル:

ID	詳細
1	Local NCS retraints between domains: 1 2
2	Local NCS retraints between domains: 3 4
3	Local NCS retraints between domains: 5 6
4	Local NCS retraints between domains: 7 8
5	Local NCS retraints between domains: 9 10
6	Local NCS retraints between domains: 11 12

#1: タンパク質

Beta-N-acetylhexosaminidase

分子量: 61750.297 Da / 分子数: 4 / 変異: D335N / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Bacteroides thetaiotaomicron (バクテリア)
発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0P0FIE8, beta-N-acetylhexosaminidase

#2: 化合物

ChemComp-Q4Z / [(3~{a}~{R},5~{R},6~{S},7~{R},7~{a}~{R})-2-methyl-6,7-bis(oxidanyl)-5,6,7,7~{a}-tetrahydro-3~{a}~{H}-pyrano[3,2-d][1,3]oxazol-1-ium-5-yl]methyl sulfate

分子量: 283.256 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₃NO₈S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

#3: 糖

ChemComp-NGS / 2-acetamido-2-deoxy-6-O-sulfo-beta-D-glucopyranose / 2-(acetylamino)-2-deoxy-6-O-sulfo-beta-D-glucopyranose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE-6-SULFATE / N-acetyl-6-O-sulfo-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-6-O-sulfo-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-6-O-sulfo-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-6-O-sulfo-glucose / 6-O-スルホ-2-(アセチルアミノ)-2-デオキシ-β-D-グルコピラノ-ス

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 301.271 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₅NO₉S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

#4: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 454 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

研究の焦点であるリガンドがあるか

Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.14 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.47 %
結晶化	温度: 282 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 10 mg/mL protein in the buffer of 25 mM PH 8.0 and 300 mM NaCl was mixed with 0.1 M MES, pH 5.5, 23 % (w/v) PEG 10000 at 1:1 to grow apo crystal. Then the apo was soaked directly with 4MU-6S- ...詳細: 10 mg/mL protein in the buffer of 25 mM PH 8.0 and 300 mM NaCl was mixed with 0.1 M MES, pH 5.5, 23 % (w/v) PEG 10000 at 1:1 to grow apo crystal. Then the apo was soaked directly with 4MU-6S-GlcNAc powder for 11 min.

結晶

マシュー密度: 2.14 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.47 %

結晶化

温度: 282 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 10 mg/mL protein in the buffer of 25 mM PH 8.0 and 300 mM NaCl was mixed with 0.1 M MES, pH 5.5, 23 % (w/v) PEG 10000 at 1:1 to grow apo crystal. Then the apo was soaked directly with 4MU-6S- ...

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.97915 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年11月12日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97915 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.05→19.716 Å / Num. obs: 130228 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 6.6 % / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.107 / Net I/σ(I): 9.1
反射シェル	解像度: 2.05→2.09 Å / R_merge(I) obs: 1.024 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique obs: 6345 / CC_1/2: 0.53

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
HKL-3000		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3rcn

3rcn

解像度: 2.05→19.716 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.946 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.927 / WR_factor R_free: 0.255 / WR_factor R_work: 0.225 / SU B: 6.297 / SU ML: 0.166 / Average fsc free: 0.8736 / Average fsc work: 0.8846 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.269 / ESU R Free: 0.202 / 詳細: Hydrogens have not been used

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2585	6601	5.069 %
R_work	0.2285	123624	-
all	0.23	-	-
obs	-	130225	99.159 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 37.394 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.66 Å²	-0 Å²	-0.629 Å²
2-	-	1.133 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.365 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.05→19.716 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	16687	0	91	454	17232

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.003	0.012	17232
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	0.944	1.643	23329
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.422	5	2046
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.925	22.982	929
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.38	15	3047
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.1	15	92
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.08	0.2	2205
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	13100
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.191	0.2	7396
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.306	0.2	11567
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.122	0.2	621
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.264	0.2	95
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.131	0.2	15
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.618	3.68	8211
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.53	5.512	10248
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.859	3.768	9021
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.901	5.577	13081
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	4.577	48.281	25531
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.059	0.05	17624
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_2	0.065	0.05	17524
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_3	0.063	0.05	17509
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_4	0.071	0.05	17549
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_5	0.067	0.05	17521
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_6	0.062	0.05	17962

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.05897	0.05011
1	2	B	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.05897	0.05011
2	3	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.06511	0.0501
2	4	C	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.06511	0.0501
3	5	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.06318	0.0501
3	6	D	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.06318	0.0501
4	7	B	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.07137	0.0501
4	8	C	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.07137	0.0501
5	9	B	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.06734	0.0501
5	10	D	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.06734	0.0501
6	11	C	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.06192	0.05011
6	12	D	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.06192	0.05011

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.05-2.103	0.338	508	0.314	9026	X-RAY DIFFRACTION	98.3495
2.103-2.161	0.321	439	0.299	8847	X-RAY DIFFRACTION	98.4939
2.161-2.224	0.295	439	0.282	8595	X-RAY DIFFRACTION	99.1657
2.224-2.292	0.327	421	0.27	8383	X-RAY DIFFRACTION	99.2
2.292-2.367	0.288	433	0.26	8091	X-RAY DIFFRACTION	99.0587
2.367-2.45	0.258	394	0.258	7857	X-RAY DIFFRACTION	99.0873
2.45-2.543	0.3	428	0.256	7587	X-RAY DIFFRACTION	99.1833
2.543-2.646	0.3	388	0.256	7384	X-RAY DIFFRACTION	99.3227
2.646-2.764	0.284	367	0.246	6983	X-RAY DIFFRACTION	99.3646
2.764-2.899	0.313	369	0.253	6712	X-RAY DIFFRACTION	99.4243
2.899-3.056	0.269	351	0.245	6408	X-RAY DIFFRACTION	99.3824
3.056-3.241	0.304	324	0.249	6038	X-RAY DIFFRACTION	99.7335
3.241-3.465	0.286	309	0.238	5722	X-RAY DIFFRACTION	99.7519
3.742-4.099	0.216	244	0.197	4940	X-RAY DIFFRACTION	99.8844
4.099-4.583	0.217	243	0.173	4457	X-RAY DIFFRACTION	99.8513
4.583-5.291	0.187	207	0.16	3950	X-RAY DIFFRACTION	99.8319
5.291-6.479	0.22	202	0.196	3334	X-RAY DIFFRACTION	99.9152
6.479-9.158	0.237	155	0.199	2626	X-RAY DIFFRACTION	99.9281

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