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- PDB-7dc7: Crystal structure of D12 Fab-ATP complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7dc7
タイトルCrystal structure of D12 Fab-ATP complex
要素
  • D12 Fab heavy chain
  • D12 Fab light chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / ANTIBODY / COMPLEX / FAB
機能・相同性ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.77 Å
データ登録者Kawauchi, H. / Fukami, T.A. / Tatsumi, K. / Torizawa, T. / Mimoto, F.
引用ジャーナル: Cell Rep / 年: 2020
タイトル: Exploitation of Elevated Extracellular ATP to Specifically Direct Antibody to Tumor Microenvironment.
著者: Mimoto, F. / Tatsumi, K. / Shimizu, S. / Kadono, S. / Haraya, K. / Nagayasu, M. / Suzuki, Y. / Fujii, E. / Kamimura, M. / Hayasaka, A. / Kawauchi, H. / Ohara, K. / Matsushita, M. / Baba, T. / ...著者: Mimoto, F. / Tatsumi, K. / Shimizu, S. / Kadono, S. / Haraya, K. / Nagayasu, M. / Suzuki, Y. / Fujii, E. / Kamimura, M. / Hayasaka, A. / Kawauchi, H. / Ohara, K. / Matsushita, M. / Baba, T. / Susumu, H. / Sakashita, T. / Muraoka, T. / Aso, K. / Katada, H. / Tanaka, E. / Nakagawa, K. / Hasegawa, M. / Ayabe, M. / Yamamoto, T. / Tanba, S. / Ishiguro, T. / Kamikawa, T. / Nambu, T. / Kibayashi, T. / Azuma, Y. / Tomii, Y. / Kato, A. / Ozeki, K. / Murao, N. / Endo, M. / Kikuta, J. / Kamata-Sakurai, M. / Ishii, M. / Hattori, K. / Igawa, T.
履歴
登録2020年10月23日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年1月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: D12 Fab heavy chain
B: D12 Fab light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,5703
ポリマ－47,0632
非ポリマー5071
水7,494416
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4060 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area19010 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)62.962, 68.085, 102.993
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: 抗体 D12 Fab heavy chain


分子量: 24406.336 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): Expi293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体 D12 Fab light chain


分子量: 22656.939 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): Expi293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 化合物 ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP


分子量: 507.181 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O13P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 416 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.54 % / Mosaicity: 0.07 °
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8 / 詳細: 0.1 M HEPES, 32.5 %(w/v) Jeffamine ED-2001

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データ収集

回折平均測定温度: 95 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-17A / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年5月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.77→56.8 Å / Num. obs: 40596 / % possible obs: 92 % / 冗長度: 6.6 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.071 / Rpim(I) all: 0.03 / Rrim(I) all: 0.077 / Net I/σ(I): 14.9
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all% possible all
1.77-1.866.90.60163430.8580.2450.65100
5.59-56.85.80.03615480.9970.0160.03999.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.14_3235精密化
Aimless0.7.1データスケーリング
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
PHASER位相決定
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4NKI

4nki


解像度: 1.77→41.072 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 22.27
詳細: SF FILE CONTAINS FRIEDEL PAIRS UNDER I/F_MINUS AND I/F_PLUS COLUMNS.
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2199 1943 4.79 %
Rwork0.1767 --
obs0.1788 40530 92.02 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 66.66 Å2 / Biso mean: 26.0773 Å2 / Biso min: 12.31 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.77→41.072 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3205 0 31 416 3652
Biso mean--27.39 34.02 -
残基数----435
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.77-1.81210.31521170.23372985100
1.8121-1.86110.22441440.20532953100
1.8611-1.91590.2765930.215175773
1.9159-1.97770.2251080.1943177875
1.9777-2.04840.25261550.17972931100
2.0484-2.13040.24151490.18382963100
2.1304-2.22740.22571730.18462925100
2.2274-2.34480.2817990.193237579
2.3448-2.49170.24211430.18832972100
2.4917-2.6840.23381380.19653020100
2.684-2.95410.23751600.19362988100
2.9541-3.38130.2371630.18813009100
3.3813-4.25940.20351560.1518272890
4.2594-41.0720.16041450.1493203100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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