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- PDB-7d9f: SpdH Spermidine dehydrogenase SeMet Structure -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7d9f
タイトルSpdH Spermidine dehydrogenase SeMet Structure
要素Spermidine dehydrogenase, SpdH
キーワードOXIDOREDUCTASE / SpdH / Spermidine dehydrogenase / Heme-containing monoamine oxidase / Pseudomonas aeruginosa PAO1.
機能・相同性
機能・相同性情報


oxidoreductase activity / nucleotide binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
NAD(P)-binding Rossmann-like domain / Twin arginine translocation (Tat) signal profile. / Twin-arginine translocation pathway, signal sequence / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Spermidine dehydrogenase, SpdH
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Che, S. / Zhang, Q. / Bartlam, M.
資金援助 中国, 2件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31870053 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31800627 中国
引用ジャーナル: Febs J. / 年: 2022
タイトル: Structure of Pseudomonas aeruginosa spermidine dehydrogenase: a polyamine oxidase with a novel heme-binding fold.
著者: Che, S. / Liang, Y. / Chen, Y. / Wu, W. / Liu, R. / Zhang, Q. / Bartlam, M.
履歴
登録2020年10月13日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年11月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年4月20日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年10月30日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Spermidine dehydrogenase, SpdH
B: Spermidine dehydrogenase, SpdH
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)142,76512
ポリマ－139,4042
非ポリマー3,36110
水21,7621208
1
A: Spermidine dehydrogenase, SpdH
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,3846
ポリマ－69,7021
非ポリマー1,6825
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2820 Å2
ΔGint-44 kcal/mol
Surface area21800 Å2
手法PISA
2
B: Spermidine dehydrogenase, SpdH
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,3806
ポリマ－69,7021
非ポリマー1,6785
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2600 Å2
ΔGint-30 kcal/mol
Surface area21700 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)69.197, 85.586, 99.624
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 98.326, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Spermidine dehydrogenase, SpdH


分子量: 69702.172 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (strain ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1) (緑膿菌)
遺伝子: spdH, PA3713 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9HXS8, EC: 1.5.99.6

-
非ポリマー , 5種, 1218分子

#2: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: FAD*YM
#3: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1208 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.91 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法
詳細: 0.1M Bis Tris pH6.5, 20% w/v polyethylene glycol (PEG) 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.97778 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年12月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97778 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→50 Å / Num. obs: 95318 / % possible obs: 97.7 % / 冗長度: 6.4 % / Biso Wilson estimate: 18.27 Å2 / Rpim(I) all: 0.057 / Net I/σ(I): 13.9
反射 シェル解像度: 1.85→1.88 Å / 冗長度: 4.7 % / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique obs: 4659 / Rpim(I) all: 0.345 / % possible all: 95.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
PHENIX1.17.1_3660精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
AutoSol位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.85→39.25 Å / SU ML: 0.1688 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 19.7431
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1903 3498 2.17 %
Rwork0.1503 157646 -
obs0.1511 92457 83.95 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 21.73 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.85→39.25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9278 0 227 1208 10713
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00659758
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.83613268
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.05241362
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00571727
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.17043543
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.85-1.880.2266690.20193123X-RAY DIFFRACTION41.38
1.88-1.910.2258790.19883592X-RAY DIFFRACTION47.85
1.91-1.930.2345900.18984067X-RAY DIFFRACTION53.82
1.93-1.960.2683960.18694363X-RAY DIFFRACTION58.36
1.96-20.19851040.17744647X-RAY DIFFRACTION62.19
2-2.030.21691130.17395020X-RAY DIFFRACTION66.44
2.03-2.070.20661170.17145317X-RAY DIFFRACTION71.42
2.07-2.110.1771330.16575838X-RAY DIFFRACTION77.84
2.11-2.150.20911360.16286142X-RAY DIFFRACTION81.42
2.15-2.20.22121450.1646566X-RAY DIFFRACTION87.07
2.2-2.250.16691540.16376787X-RAY DIFFRACTION90.06
2.25-2.310.22061540.16956915X-RAY DIFFRACTION92.02
2.31-2.370.20911580.16187030X-RAY DIFFRACTION94.75
2.37-2.440.22741590.16227201X-RAY DIFFRACTION95.08
2.44-2.520.20641610.16267113X-RAY DIFFRACTION95.35
2.52-2.610.19111560.15627203X-RAY DIFFRACTION96.06
2.61-2.710.23891640.16237360X-RAY DIFFRACTION97.66
2.71-2.830.22461620.15487390X-RAY DIFFRACTION98.15
2.83-2.980.19461620.15337363X-RAY DIFFRACTION98.07
2.98-3.170.18341620.15187374X-RAY DIFFRACTION98.15
3.17-3.410.19581650.14167446X-RAY DIFFRACTION99.26
3.41-3.760.18861670.13137424X-RAY DIFFRACTION98.88
3.76-4.30.16361650.12047492X-RAY DIFFRACTION99.24
4.3-5.420.13071620.12637429X-RAY DIFFRACTION99.24
5.42-39.250.17461650.1527444X-RAY DIFFRACTION99.19

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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