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万見
- PDB-7d8s: MITF bHLHLZ apo structure -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7d8s
タイトルMITF bHLHLZ apo structure
要素Microphthalmia-associated transcription factor,Methionyl-tRNA synthetase beta subunit
キーワードTRANSCRIPTION / TRANSCRIPTION FACTOR
機能・相同性
機能・相同性情報


melanocyte apoptotic process / Regulation of MITF-M dependent genes involved in invasion / Regulation of MITF-M-dependent genes involved in lysosome biogenesis and autophagy / positive regulation of DNA-templated transcription initiation / Regulation of MITF-M dependent genes involved in metabolism / regulation of RNA biosynthetic process / methionine-tRNA ligase activity / Regulation of MITF-M-dependent genes involved in extracellular matrix, focal adhesion and epithelial-to-mesenchymal transition / methionyl-tRNA aminoacylation / regulation of osteoclast differentiation ...melanocyte apoptotic process / Regulation of MITF-M dependent genes involved in invasion / Regulation of MITF-M-dependent genes involved in lysosome biogenesis and autophagy / positive regulation of DNA-templated transcription initiation / Regulation of MITF-M dependent genes involved in metabolism / regulation of RNA biosynthetic process / methionine-tRNA ligase activity / Regulation of MITF-M-dependent genes involved in extracellular matrix, focal adhesion and epithelial-to-mesenchymal transition / methionyl-tRNA aminoacylation / regulation of osteoclast differentiation / melanocyte differentiation / Regulation of MITF-M-dependent genes involved in DNA replication, damage repair and senescence / bone remodeling / Regulation of MITF-M-dependent genes involved in apoptosis / camera-type eye development / E-box binding / Regulation of MITF-M-dependent genes involved in pigmentation / SUMOylation of transcription factors / cell fate commitment / Regulation of MITF-M-dependent genes involved in cell cycle and proliferation / Transcriptional and post-translational regulation of MITF-M expression and activity / osteoclast differentiation / negative regulation of cell migration / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / Wnt signaling pathway / regulation of cell population proliferation / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / protein-containing complex assembly / tRNA binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / protein dimerization activity / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / lysosomal membrane / chromatin binding / positive regulation of gene expression / regulation of DNA-templated transcription / regulation of transcription by RNA polymerase II / negative regulation of apoptotic process / chromatin / positive regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / nucleoplasm / ATP binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
MiT/TFE transcription factors, C-terminal / MiT/TFE transcription factors, N-terminal / Domain of unknown function (DUF3371) / MITF/TFEB/TFEC/TFE3 N-terminus / : / Methionyl-tRNA synthetase, beta subunit, C-terminal / tRNA-binding domain / Putative tRNA binding domain / tRNA-binding domain profile. / Helix-loop-helix DNA-binding domain ...MiT/TFE transcription factors, C-terminal / MiT/TFE transcription factors, N-terminal / Domain of unknown function (DUF3371) / MITF/TFEB/TFEC/TFE3 N-terminus / : / Methionyl-tRNA synthetase, beta subunit, C-terminal / tRNA-binding domain / Putative tRNA binding domain / tRNA-binding domain profile. / Helix-loop-helix DNA-binding domain / helix loop helix domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain profile. / Helix-loop-helix DNA-binding domain superfamily / Nucleic acid-binding proteins / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Nucleic acid-binding, OB-fold / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Methionyl-tRNA synthetase beta subunit / Microphthalmia-associated transcription factor
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Aquifex aeolicus VF5 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.28 Å
データ登録者Guo, M. / Fang, P. / Wang, J.
資金援助 中国, 4件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)21778064 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)21778067 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)21977108 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)21977107 中国
引用ジャーナル: Cell Res. / 年: 2023
タイトル: A unique hyperdynamic dimer interface permits small molecule perturbation of the melanoma oncoprotein MITF for melanoma therapy.
著者: Liu, Z. / Chen, K. / Dai, J. / Xu, P. / Sun, W. / Liu, W. / Zhao, Z. / Bennett, S.P. / Li, P. / Ma, T. / Lin, Y. / Kawakami, A. / Yu, J. / Wang, F. / Wang, C. / Li, M. / Chase, P. / Hodder, P. ...著者: Liu, Z. / Chen, K. / Dai, J. / Xu, P. / Sun, W. / Liu, W. / Zhao, Z. / Bennett, S.P. / Li, P. / Ma, T. / Lin, Y. / Kawakami, A. / Yu, J. / Wang, F. / Wang, C. / Li, M. / Chase, P. / Hodder, P. / Spicer, T.P. / Scampavia, L. / Cao, C. / Pan, L. / Dong, J. / Chen, Y. / Yu, B. / Guo, M. / Fang, P. / Fisher, D.E. / Wang, J.
履歴
登録2020年10月9日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年10月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月27日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年11月29日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model
改定 1.32024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Microphthalmia-associated transcription factor,Methionyl-tRNA synthetase beta subunit
B: Microphthalmia-associated transcription factor,Methionyl-tRNA synthetase beta subunit
C: Microphthalmia-associated transcription factor,Methionyl-tRNA synthetase beta subunit
D: Microphthalmia-associated transcription factor,Methionyl-tRNA synthetase beta subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)91,3747
ポリマ－91,0864
非ポリマー2883
水5,621312
1
A: Microphthalmia-associated transcription factor,Methionyl-tRNA synthetase beta subunit
B: Microphthalmia-associated transcription factor,Methionyl-tRNA synthetase beta subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,6393
ポリマ－45,5432
非ポリマー961
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2880 Å2
ΔGint-33 kcal/mol
Surface area23690 Å2
手法PISA
2
C: Microphthalmia-associated transcription factor,Methionyl-tRNA synthetase beta subunit
D: Microphthalmia-associated transcription factor,Methionyl-tRNA synthetase beta subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,7354
ポリマ－45,5432
非ポリマー1922
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3110 Å2
ΔGint-41 kcal/mol
Surface area23660 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)56.005, 62.306, 65.307
Angle α, β, γ (deg.)90.120, 72.740, 86.390
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質
Microphthalmia-associated transcription factor,Methionyl-tRNA synthetase beta subunit


分子量: 22771.480 Da / 分子数: 4 / 変異: N385C / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Fusion protein of Microphthalmia-associated transcription factor and Methionyl-tRNA synthetase beta subunit
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト), (組換発現) Aquifex aeolicus VF5 (バクテリア)
遺伝子: MITF, BHLHE32, metG', aq_422 / 株: VF5 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O75030, UniProt: O66738
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 312 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.38 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: Sodium acetate pH 4.5, Ammonium sulfate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97857 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年9月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97857 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.28→50 Å / Num. obs: 34574 / % possible obs: 96.5 % / 冗長度: 4 % / Biso Wilson estimate: 26.73 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.035 / Net I/σ(I): 37
反射 シェル解像度: 2.28→2.36 Å / Rmerge(I) obs: 0.305 / Num. unique obs: 3686

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.8_1069精密化
HKL-2000データスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-2000データ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6KTD

6ktd
PDB 未公開エントリ


解像度: 2.28→38.942 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.98 / 位相誤差: 28.97
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2705 1728 5 %
Rwork0.2313 --
obs0.2334 34574 90.09 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 153.87 Å2 / Biso mean: 55.07 Å2 / Biso min: 20 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.28→38.942 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5435 0 15 312 5762
Biso mean--75.88 56.87 -
残基数----724
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0065496
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0487415
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.079902
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004942
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.3832050
LS精密化 シェル解像度: 2.28→2.36 Å / Rfactor Rfree error: 0 /
反射数%反射
Rfree171 -
obs-97.6 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -0.9343 Å / Origin y: 0.1744 Å / Origin z: -0.8 Å
111213212223313233
T0.264 Å20.0149 Å2-0.0232 Å2-0.3099 Å2-0 Å2--0.2844 Å2
L0.2533 °2-0.0435 °2-0.2223 °2-0.3727 °20.0129 °2--0.4834 °2
S0.006 Å °0.0578 Å °0.0084 Å °0.0301 Å °0.0398 Å °-0.0043 Å °-0.033 Å °-0.0511 Å °-0.0421 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA316 - 503
2X-RAY DIFFRACTION1allB324 - 503
3X-RAY DIFFRACTION1allC314 - 503
4X-RAY DIFFRACTION1allD324 - 503
5X-RAY DIFFRACTION1allE1 - 2
6X-RAY DIFFRACTION1allE3
7X-RAY DIFFRACTION1allS1 - 409

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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