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- PDB-7eod: MITF HLHLZ Delta AKE -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7eod
タイトルMITF HLHLZ Delta AKE
要素Isoform M1 of Microphthalmia-associated transcription factor
キーワードTRANSCRIPTION / TRANSCRIPTION FACTOR
機能・相同性Regulation of MITF-M dependent genes involved in invasion / Regulation of MITF-M-dependent genes involved in lysosome biogenesis and autophagy / Regulation of MITF-M dependent genes involved in metabolism / Regulation of MITF-M-dependent genes involved in DNA replication, damage repair and senescence / Regulation of MITF-M-dependent genes involved in apoptosis / Regulation of MITF-M-dependent genes involved in pigmentation / Regulation of MITF-M-dependent genes involved in cell cycle and proliferation / Isoform M1 of Microphthalmia-associated transcription factor
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Li, P. / Liu, Z. / Fang, P. / Wang, J.
資金援助 中国, 4件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)21778064 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)21778067 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)21977108 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)21977107 中国
引用ジャーナル: Cell Res. / 年: 2023
タイトル: A unique hyperdynamic dimer interface permits small molecule perturbation of the melanoma oncoprotein MITF for melanoma therapy.
著者: Liu, Z. / Chen, K. / Dai, J. / Xu, P. / Sun, W. / Liu, W. / Zhao, Z. / Bennett, S.P. / Li, P. / Ma, T. / Lin, Y. / Kawakami, A. / Yu, J. / Wang, F. / Wang, C. / Li, M. / Chase, P. / Hodder, P. ...著者: Liu, Z. / Chen, K. / Dai, J. / Xu, P. / Sun, W. / Liu, W. / Zhao, Z. / Bennett, S.P. / Li, P. / Ma, T. / Lin, Y. / Kawakami, A. / Yu, J. / Wang, F. / Wang, C. / Li, M. / Chase, P. / Hodder, P. / Spicer, T.P. / Scampavia, L. / Cao, C. / Pan, L. / Dong, J. / Chen, Y. / Yu, B. / Guo, M. / Fang, P. / Fisher, D.E. / Wang, J.
履歴
登録2021年4月22日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年4月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月20日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年11月29日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Isoform M1 of Microphthalmia-associated transcription factor
B: Isoform M1 of Microphthalmia-associated transcription factor
C: Isoform M1 of Microphthalmia-associated transcription factor
D: Isoform M1 of Microphthalmia-associated transcription factor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,96115
ポリマ－34,9484
非ポリマー1,01311
水5,657314
1
A: Isoform M1 of Microphthalmia-associated transcription factor
B: Isoform M1 of Microphthalmia-associated transcription factor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,8436
ポリマ－17,4742
非ポリマー3684
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4310 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area9510 Å2
手法PISA
2
C: Isoform M1 of Microphthalmia-associated transcription factor
D: Isoform M1 of Microphthalmia-associated transcription factor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,1199
ポリマ－17,4742
非ポリマー6457
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4480 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area9460 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)33.020, 52.880, 55.470
Angle α, β, γ (deg.)82.640, 85.490, 71.850
Int Tables number1
Space group name H-MP1

-
要素

#1: タンパク質
Isoform M1 of Microphthalmia-associated transcription factor / Class E basic helix-loop-helix protein 32 / bHLHe32


分子量: 8737.100 Da / 分子数: 4 / 変異: AKE deletion / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MITF, BHLHE32 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O75030-9
#2: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 314 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.87 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 1.8 M Ammonium citrate pH 7.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.97852 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年7月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97852 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→40 Å / Num. obs: 49812 / % possible obs: 93.9 % / 冗長度: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 22.33 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.074 / Rpim(I) all: 0.045 / Rrim(I) all: 0.087 / Net I/σ(I): 11.7
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all% possible all
1.9-1.943.50.68417050.8170.4190.80493.7
9.11-403.60.0212350.9990.0120.02492.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.13_2998精密化
Aimless0.7.4データスケーリング
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
DIALSデータ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7D8R

7d8r


解像度: 1.9→39.16 Å / SU ML: 0.28 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0.19 / 位相誤差: 26.52 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2379 2379 4.78 %
Rwork0.1883 47433 -
obs0.1907 49812 89.44 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 105.12 Å2 / Biso mean: 31.8999 Å2 / Biso min: 12.36 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.9→39.16 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2243 0 66 314 2623
Biso mean--60.04 47.05 -
残基数----271
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.9-1.93880.41191480.3341274888
1.9388-1.9810.34021450.2797278790
1.981-2.0270.30851340.2277282690
2.027-2.07770.281420.2397268786
2.0777-2.13390.2641520.2066288793
2.1339-2.19670.281490.1994285892
2.1967-2.26760.23841500.2084274790
2.2676-2.34860.26291340.1945287291
2.3486-2.44260.24541560.1958273889
2.4426-2.55380.2451330.1766277487
2.5538-2.68840.24341550.1801279591
2.6884-2.85680.26051380.1758287692
2.8568-3.07730.20661350.1684286290
3.0773-3.38680.2566960.1604271788
3.3868-3.87650.15791040.15289291
3.8765-4.88250.20371800.154255684
4.8825-400.23491280.2312281189
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -4.1259 Å / Origin y: -6.3997 Å / Origin z: 9.6299 Å
111213212223313233
T0.1358 Å20.0054 Å20.0008 Å2-0.145 Å20.006 Å2--0.1741 Å2
L0.0394 °20.0778 °20.0221 °2-0.3083 °20.1714 °2--0.1559 °2
S-0.0013 Å °0.01 Å °-0.0139 Å °-0.0157 Å °0.0076 Å °0.0226 Å °-0.017 Å °0.013 Å °-0.0021 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA218 - 287
2X-RAY DIFFRACTION1allA401 - 501
3X-RAY DIFFRACTION1allB218 - 287
4X-RAY DIFFRACTION1allB301 - 401
5X-RAY DIFFRACTION1allC218 - 287
6X-RAY DIFFRACTION1allC301 - 801
7X-RAY DIFFRACTION1allD219 - 287
8X-RAY DIFFRACTION1allD801
9X-RAY DIFFRACTION1allW3 - 549

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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