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万見
- PDB-1m4u: Crystal structure of Bone Morphogenetic Protein-7 (BMP-7) in comp... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1m4u
タイトルCrystal structure of Bone Morphogenetic Protein-7 (BMP-7) in complex with the secreted antagonist Noggin
要素
  • Bone Morphogenetic Protein-7
  • Noggin
キーワードHORMONE/GROWTH FACTOR / NOGGIN / BMP ANTAGONIST / BMP-7 / BONE MORPHOGENETIC PROTEIN / CYSTINE KNOT / HORMONE-GROWTH FACTOR COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


neural plate anterior/posterior regionalization / negative regulation of cardiac epithelial to mesenchymal transition / negative regulation of prostatic bud formation / negative regulation of mesenchymal cell apoptotic process involved in nephron morphogenesis / negative regulation of glomerular mesangial cell proliferation / mesenchymal cell apoptotic process involved in nephron morphogenesis / positive regulation of cardiac neural crest cell migration involved in outflow tract morphogenesis / neural plate morphogenesis / positive regulation of hyaluranon cable assembly / cell differentiation in hindbrain ...neural plate anterior/posterior regionalization / negative regulation of cardiac epithelial to mesenchymal transition / negative regulation of prostatic bud formation / negative regulation of mesenchymal cell apoptotic process involved in nephron morphogenesis / negative regulation of glomerular mesangial cell proliferation / mesenchymal cell apoptotic process involved in nephron morphogenesis / positive regulation of cardiac neural crest cell migration involved in outflow tract morphogenesis / neural plate morphogenesis / positive regulation of hyaluranon cable assembly / cell differentiation in hindbrain / notochord morphogenesis / negative regulation of cytokine activity / chorio-allantoic fusion / metanephric mesenchyme morphogenesis / nephrogenic mesenchyme morphogenesis / regulation of fibroblast growth factor receptor signaling pathway / ureteric bud formation / embryonic skeletal joint morphogenesis / negative regulation of striated muscle cell apoptotic process / neural fold elevation formation / prostatic bud formation / positive regulation of glomerulus development / nodal signaling pathway / atrial cardiac muscle tissue morphogenesis / endoderm formation / metanephric mesenchymal cell proliferation involved in metanephros development / mesenchyme development / ameloblast differentiation / positive regulation of epithelial cell differentiation / embryonic camera-type eye morphogenesis / pharyngeal arch artery morphogenesis / short-term synaptic potentiation / monocyte aggregation / pituitary gland development / allantois development / mesonephros development / ventricular compact myocardium morphogenesis / embryonic skeletal system development / negative regulation of cardiac muscle cell proliferation / membranous septum morphogenesis / regulation of removal of superoxide radicals / negative regulation of cartilage development / hindbrain development / mesenchymal cell differentiation / pericardium morphogenesis / somite development / BMP receptor binding / endocardial cushion formation / pharyngeal system development / positive regulation of branching involved in ureteric bud morphogenesis / cranial skeletal system development / heart trabecula morphogenesis / cellular response to BMP stimulus / Signaling by BMP / branching involved in salivary gland morphogenesis / embryonic pattern specification / metanephros development / negative regulation of mitotic nuclear division / axial mesoderm development / motor neuron axon guidance / dorsal/ventral pattern formation / positive regulation of heterotypic cell-cell adhesion / response to vitamin D / cartilage development / embryonic limb morphogenesis / negative regulation of non-canonical NF-kappaB signal transduction / cardiac muscle tissue development / limb development / face morphogenesis / positive regulation of dendrite development / ureteric bud development / Molecules associated with elastic fibres / middle ear morphogenesis / embryonic digit morphogenesis / regulation of branching involved in prostate gland morphogenesis / smoothened signaling pathway / branching morphogenesis of an epithelial tube / ventricular septum morphogenesis / negative regulation of SMAD protein signal transduction / spinal cord development / cardiac septum morphogenesis / Formation of paraxial mesoderm / negative regulation of astrocyte differentiation / cytokine binding / exploration behavior / odontogenesis of dentin-containing tooth / lung morphogenesis / dendrite development / negative regulation of cell cycle / outflow tract morphogenesis / mesoderm formation / negative regulation of apoptotic signaling pathway / positive regulation of SMAD protein signal transduction / somatic stem cell population maintenance / epithelial to mesenchymal transition / negative regulation of BMP signaling pathway / negative regulation of Notch signaling pathway / regulation of neuronal synaptic plasticity / fibroblast growth factor receptor signaling pathway / negative regulation of neuron differentiation
類似検索 - 分子機能
Helix hairpin bin / Noggin / Noggin / TGF-beta, propeptide / TGF-beta propeptide / Transforming growth factor beta, conserved site / TGF-beta family signature. / Transforming growth factor-beta-related / Transforming growth factor-beta (TGF-beta) family / Transforming growth factor-beta, C-terminal ...Helix hairpin bin / Noggin / Noggin / TGF-beta, propeptide / TGF-beta propeptide / Transforming growth factor beta, conserved site / TGF-beta family signature. / Transforming growth factor-beta-related / Transforming growth factor-beta (TGF-beta) family / Transforming growth factor-beta, C-terminal / Transforming growth factor beta like domain / TGF-beta family profile. / Cystine Knot Cytokines, subunit B / Cystine-knot cytokines / Cystine-knot cytokine / Ribbon / Helix Hairpins / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Bone morphogenetic protein 7 / Noggin
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.42 Å
データ登録者Groppe, J. / Greenwald, J. / Wiater, E. / Rodriguez-Leon, J. / Economides, A.N. / Kwiatkowski, W. / Affolter, M. / Vale, W.W. / Izpisua-Belmonte, J.C. / Choe, S.
引用
ジャーナル: Nature / 年: 2002
タイトル: Structural Basis of BMP Signalling Inhibition by the Cystine Knot Protein Noggin
著者: Groppe, J. / Greenwald, J. / Wiater, E. / Rodriguez-Leon, J. / Economides, A.N. / Kwiatkowski, W. / Affolter, M. / Vale, W.W. / Izpisua-Belmonte, J.C. / Choe, S.
#1: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1996
タイトル: Three-dimensional structure of recombinant human osteogenic protein 1: Structural paradigm for the transforming growth factor beta superfamily
著者: Griffith, D.L. / Keck, P.C. / Sampath, T.K. / Rueger, D.C. / Carlson, W.D.
履歴
登録2002年7月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年12月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月28日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id ..._atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12022年12月21日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: chem_comp / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 2.22024年10月30日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
L: Bone Morphogenetic Protein-7
A: Noggin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,3373
ポリマ－38,9132
非ポリマー4241
水82946
1
L: Bone Morphogenetic Protein-7
A: Noggin
ヘテロ分子

L: Bone Morphogenetic Protein-7
A: Noggin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)78,6746
ポリマ－77,8254
非ポリマー8492
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_555-y,-x,-z+1/21
Buried area12100 Å2
ΔGint-63 kcal/mol
Surface area34570 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)99.834, 99.834, 150.327
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
詳細The second part of the biological assembly is generated by the two fold axis: -y,-x,-z+.5

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要素

#1: タンパク質 Bone Morphogenetic Protein-7 / BMP-7 / Osteogenic protein 1 / OP-1


分子量: 15699.730 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 解説: DHFR- / 遺伝子: BMP7 / Cell (発現宿主): OVARY CELLS
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
参照: UniProt: P18075
#2: タンパク質 Noggin


分子量: 23212.848 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
解説: high copy number derivative of pBR322 with a lacUV5 promoter
遺伝子: NOG / プラスミド: pRG301 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): W3110 lacIq / 参照: UniProt: Q13253
#3: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 46 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.81 Å3/Da / 溶媒含有率: 74.43 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.6 M disodium, 1.0 M monopotassium phosphate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
結晶化
*PLUS
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
110 mg/mlprotein1drop
20.6 Mdisodium1reservoir
31.0 Mmonopotassium phosphate1reservoirpH6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 1.04888, 0.91987, 0.91957, 0.88557
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2001年4月15日
放射モノクロメーター: Double crystal / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.048881
20.919871
30.919571
40.885571
反射解像度: 2.42→60 Å / Num. all: 29713 / Num. obs: 28463 / % possible obs: 96.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / Rsym value: 0.054
反射 シェル解像度: 2.42→2.483 Å / % possible all: 99.5
反射
*PLUS
最低解像度: 60 Å / Num. measured all: 92080 / Rmerge(I) obs: 0.054
反射 シェル
*PLUS
最低解像度: 2.48 Å / % possible obs: 99.5 % / Rmerge(I) obs: 0.331

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
TRUNCATEデータ削減
MLPHARE位相決定
REFMAC5精密化
HKL-2000データ削減
CCP4(TRUNCATE)データスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.42→60.05 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.92 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.898 / SU B: 9.409 / SU ML: 0.223 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.235 / ESU R Free: 0.21 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27303 1441 5.1 %RANDOM
Rwork0.24078 ---
obs0.24243 27000 95.73 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 60.096 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.96 Å20 Å20 Å2
2--0.96 Å20 Å2
3----1.93 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.42→60.05 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2485 0 28 46 2559
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0350.0212590
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.022288
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg3.0341.973515
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.34535346
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.1733308
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg24.63215476
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.2010.2369
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0130.022820
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.02520
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.280.3637
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2820.32444
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.3430.54
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2370.5174
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other0.2260.53
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.3360.372
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.3470.3187
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.310.513
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other0.0620.51
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.781.51557
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.22722515
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.11631033
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it6.6024.51000
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.42→2.483 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.314 120
Rwork0.287 2026
精密化
*PLUS
最低解像度: 60 Å / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor Rfree: 0.273 / Rfactor Rwork: 0.241
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_d0.035
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_deg3

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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