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- PDB-5lr6: Crystal Structure of COMT in complex with [3-(2,4-dimethyl-1,3-th... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5lr6 | ||||||
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Title | Crystal Structure of COMT in complex with [3-(2,4-dimethyl-1,3-thiazol-5-yl)-1H-pyrazol-5-yl]-(4-phenylpiperazin-1-yl)methanone | ||||||
![]() | Catechol O-methyltransferase | ||||||
![]() | TRANSFERASE / METHYLTRANSFERASE / NEUROTRANSMITTER DEGRADATION | ||||||
Function / homology | ![]() Enzymatic degradation of dopamine by COMT / Enzymatic degradation of Dopamine by monoamine oxidase / positive regulation of homocysteine metabolic process / Methylation / norepinephrine secretion / response to dopamine / mastication / catechol-containing compound metabolic process / catecholamine catabolic process / catechol O-methyltransferase activity ...Enzymatic degradation of dopamine by COMT / Enzymatic degradation of Dopamine by monoamine oxidase / positive regulation of homocysteine metabolic process / Methylation / norepinephrine secretion / response to dopamine / mastication / catechol-containing compound metabolic process / catecholamine catabolic process / catechol O-methyltransferase activity / renal sodium excretion / S-adenosylhomocysteine metabolic process / catechol O-methyltransferase / renal filtration / developmental process / renin secretion into blood stream / dopamine secretion / negative regulation of dopamine metabolic process / renal albumin absorption / catecholamine metabolic process / habituation / artery development / response to salt / short-term memory / S-adenosylmethionine metabolic process / cerebellar cortex morphogenesis / cellular response to phosphate starvation / norepinephrine metabolic process / dopamine catabolic process / glomerulus development / fear response / synaptic transmission, dopaminergic / response to angiotensin / cellular response to cocaine / estrogen metabolic process / exploration behavior / response to food / cholesterol efflux / response to temperature stimulus / response to corticosterone / prostaglandin metabolic process / response to pain / glycogen metabolic process / dopamine metabolic process / startle response / detection of temperature stimulus involved in sensory perception of pain / : / behavioral fear response / multicellular organismal response to stress / response to amphetamine / : / learning / kidney development / response to cytokine / female pregnancy / negative regulation of smooth muscle cell proliferation / visual learning / multicellular organism growth / response to organic cyclic compound / response to toxic substance / memory / cognition / regulation of blood pressure / response to wounding / response to estrogen / gene expression / cell body / postsynaptic membrane / methylation / vesicle / response to oxidative stress / postsynapse / response to lipopolysaccharide / dendritic spine / learning or memory / response to hypoxia / response to xenobiotic stimulus / axon / glutamatergic synapse / dendrite / magnesium ion binding / membrane / cytosol Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Ehler, A. / Lerner, C. / Rudolph, M.G. | ||||||
![]() | ![]() Title: Crystal Structure of COMT in complex with [3-(2,4-dimethyl-1,3-thiazol-5-yl)-1H-pyrazol-5-yl]-(4-phenylpiperazin-1-yl)methanone Authors: Lerner, C. / Rudolph, M.G. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 351.5 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 288 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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3 | ![]()
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 24694.332 Da / Num. of mol.: 4 / Fragment: SOLUBLE FORM, RESIDUES 44-264 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: Chemical | ChemComp-731 / [ #3: Chemical | ChemComp-NHE / #4: Chemical | ChemComp-CL / #5: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.92 Å3/Da / Density % sol: 57.87 % |
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Crystal grow | Temperature: 295 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 9 / Details: AMMONIUM SULPHATE, CHES, PH 9 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: PSI PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Aug 17, 2016 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection twin | Operator: h,-k,-l / Fraction: 0.48 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.3→46.94 Å / Num. obs: 50076 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 3.36 % / Biso Wilson estimate: 45.59 Å2 / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.108 / Net I/σ(I): 7.51 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: inhouse model Resolution: 2.3→46.938 Å / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / Phase error: 30.31 Details: twinned p21 with beta=90. P222 pseudo-symmetry, but structure will not refine in any orthorhombic setting, although the data reduce nicely in P222. Best higher metric symmetry space group ...Details: twinned p21 with beta=90. P222 pseudo-symmetry, but structure will not refine in any orthorhombic setting, although the data reduce nicely in P222. Best higher metric symmetry space group based on MR LLG. Pseudotranslation in P21 is at 0.038 0.500 0.548. Ligand can be placed with confidence.
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 159.65 Å2 / Biso mean: 39.0013 Å2 / Biso min: 4.63 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.3→46.938 Å
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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