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- PDB-7d5l: Discovery of BMS-986144, a Third Generation, Pan Genotype NS3/4A ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7d5l
タイトルDiscovery of BMS-986144, a Third Generation, Pan Genotype NS3/4A Protease Inhibitor for the Treatment of Hepatitis C Virus Infection
要素NS3/4A Protease
キーワードVIRAL PROTEIN / NS3/4A Protease
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated transformation of host cell / host cell membrane / serine-type peptidase activity / host cell / symbiont entry into host cell / virion attachment to host cell / virion membrane / proteolysis / metal ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Thrombin, subunit H - #120 / Hepatitis C virus, NS3 protease, Peptidase S29 / Hepatitis C virus NS3 protease / Hepacivirus/Pegivirus NS3 protease domain profile. / Trypsin-like serine proteases / Thrombin, subunit H / Peptidase S1, PA clan / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-GXO / NS3 protease
類似検索 - 構成要素
生物種Hepacivirus C (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.15 Å
データ登録者Ghosh, K. / Anumula, R. / Kumar, A.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2020
タイトル: Discovery of BMS-986144, a Third-Generation, Pan-Genotype NS3/4A Protease Inhibitor for the Treatment of Hepatitis C Virus Infection.
著者: Sun, L.Q. / Mull, E. / D'Andrea, S. / Zheng, B. / Hiebert, S. / Gillis, E. / Bowsher, M. / Kandhasamy, S. / Baratam, V.R. / Puttaswamy, S. / Pulicharla, N. / Vishwakrishnan, S. / Reddy, S. / ...著者: Sun, L.Q. / Mull, E. / D'Andrea, S. / Zheng, B. / Hiebert, S. / Gillis, E. / Bowsher, M. / Kandhasamy, S. / Baratam, V.R. / Puttaswamy, S. / Pulicharla, N. / Vishwakrishnan, S. / Reddy, S. / Trivedi, R. / Sinha, S. / Sivaprasad, S. / Rao, A. / Desai, S. / Ghosh, K. / Anumula, R. / Kumar, A. / Rajamani, R. / Wang, Y.K. / Fang, H. / Mathur, A. / Rampulla, R. / Zvyaga, T.A. / Mosure, K. / Jenkins, S. / Falk, P. / Tagore, D.M. / Chen, C. / Rendunchintala, K. / Loy, J. / Meanwell, N.A. / McPhee, F. / Scola, P.M.
履歴
登録2020年9月26日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年12月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年12月23日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年3月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NS3/4A Protease
B: NS3/4A Protease
D: NS3/4A Protease
E: NS3/4A Protease
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)96,72312
ポリマ－93,0454
非ポリマー3,6778
水3,207178
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)46.526, 61.635, 76.374
Angle α, β, γ (deg.)90.420, 105.120, 93.650
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質
NS3/4A Protease


分子量: 23261.316 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: BMS-986144, a Third Generation, Pan Genotype NS3/4A Protease Inhibitor
由来: (組換発現) Hepacivirus C (ウイルス) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0B4WYC6*PLUS
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物
ChemComp-GXO / [1,1,1-tris(fluoranyl)-2-methyl-propan-2-yl] ~{N}-[(1~{S},4~{R},6~{S},7~{Z},11~{R},13~{R},14~{S},18~{R})-13-ethyl-18-(7-fluoranyl-6-methoxy-isoquinolin-1-yl)oxy-11-methyl-4-[(1-methylcyclopropyl)sulfonylcarbamoyl]-2,15-bis(oxidanylidene)-3,16-diazatricyclo[14.3.0.0^{4,6}]nonadec-7-en-14-yl]carbamate


分子量: 853.920 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H51F4N5O9S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 178 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.74 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 50mM Ammonium sulphate, 0.1M MES pH6.0, 20% PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-BM / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2013年11月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.15→50 Å / Num. obs: 43830 / % possible obs: 98.2 % / 冗長度: 2.2 % / Biso Wilson estimate: 33.88 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.069 / Χ2: 1.046 / Net I/σ(I): 7.2 / Num. measured all: 96616
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsΧ2Diffraction-ID% possible all
2.15-2.232.20.43543861.055197.1
2.23-2.322.20.38943511.065197.4
2.32-2.422.20.31143141.049197.6
2.42-2.552.20.24243831.071197.9
2.55-2.712.20.17343661.049197.9
2.71-2.922.20.11544081.044198.3
2.92-3.212.20.0843591.042198.5
3.21-3.682.20.05144061.025198.7
3.68-4.632.20.03844291.02198.8
4.63-502.20.02944281.04199.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.7精密化
HKL-2000データスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-2000データ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.15→21.27 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.927 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.898 / SU R Cruickshank DPI: 0.227 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.217 / SU Rfree Blow DPI: 0.184 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.19
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.238 2196 5.03 %RANDOM
Rwork0.192 ---
obs0.195 43626 98.2 %-
原子変位パラメータBiso max: 130.34 Å2 / Biso mean: 36.83 Å2 / Biso min: 11.83 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--10.339 Å24.0438 Å2-8.8607 Å2
2--10.3 Å21.3928 Å2
3---0.0391 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.28 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.15→21.27 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5533 0 240 178 5951
Biso mean--29.46 40.39 -
残基数----772
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1987SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1062HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it5885HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd1SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion792SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact6868SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d5885HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg8087HARMONIC21.16
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.66
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion15.5
LS精密化 シェル解像度: 2.15→2.17 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 50
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2963 53 6.07 %
Rwork0.2349 820 -
all0.2385 873 -
obs--96.44 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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