PDB-3mhz: 1.7A structure of 2-fluorohistidine labeled Protective Antigen

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3mhz

タイトル

1.7A structure of 2-fluorohistidine labeled Protective Antigen

要素

Protective antigen

キーワード

TOXIN / anthrax / 2-fluorohistidine / pore / histidine / receptor / hydrogen bonding

機能・相同性

機能・相同性情報

: / host cell cytosol / Uptake and function of anthrax toxins / negative regulation of MAPK cascade / host cell endosome membrane / protein homooligomerization / toxin activity / host cell plasma membrane / extracellular region / identical protein binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Bacillus anthracis (炭疽菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / Direct Replacement /

分子置換 / 解像度: 1.7 Å

データ登録者

Lovell, S. / Battaile, K.P. / Wimalasena, D.S. / Janowiak, B.E. / Miyagi, M. / Sun, J. / Hajduch, J. / Pooput, C. / Kirk, K.L. / Bann, J.G.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2010
タイトル: Evidence that histidine protonation of receptor-bound anthrax protective antigen is a trigger for pore formation.
著者: Wimalasena, D.S. / Janowiak, B.E. / Lovell, S. / Miyagi, M. / Sun, J. / Zhou, H. / Hajduch, J. / Pooput, C. / Kirk, K.L. / Battaile, K.P. / Bann, J.G.

履歴

登録	2010年4月9日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2010年8月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2017年11月8日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.3	2023年9月6日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.4	2024年11月27日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3mhz.cif.gz	287.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3mhz.ent.gz	230.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3mhz.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3mhz_validation.pdf.gz	447.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3mhz_full_validation.pdf.gz	456 KB	表示
XML形式データ	3mhz_validation.xml.gz	29.6 KB	表示
CIF形式データ	3mhz_validation.cif.gz	43.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mh/3mhz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mh/3mhz	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1accS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4ee2-d 3q8b-d 1acc-d 3tez-d 3tex-d 5fr3-d 3tew-d 3tey-d 6p67-1 6e56-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#28 - 2002年4月炭疽毒素 (Anthrax Toxin) 類似性 (16) #44 - 2003年8月カルモジュリン (Calmodulin) 類似性 (1) #195 - 2016年3月 RAFタンパク質キナーゼ (RAF Protein Kinases) 類似性 (1) #196 - 2016年4月鉛の毒 (Lead Poisoning) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Protective antigen

ヘテロ分子

83.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	71.368, 93.975, 119.115
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Protective antigen / PA / PA-83 / PA83 / Anthrax toxins translocating protein / Protective antigen PA-20 / PA20 / ...PA / PA-83 / PA83 / Anthrax toxins translocating protein / Protective antigen PA-20 / PA20 / Protective antigen PA-63 / PA63 分子量: 82948.742 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus anthracis (炭疽菌) / 遺伝子: pagA, pag, pXO1-110, BXA0164, GBAA_pXO1_0164 / プラスミド: pQE80 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): UTH780 / 参照: UniProt: P13423
#2: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物	ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₈O₅ / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 400 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.41 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.91 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8.2 詳細: 30% PEG 400, 0.1M Tris, pH 8.2, vapor diffusion, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-BM / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2009年8月12日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.7→50 Å / Num. all: 88352 / Num. obs: 88352 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 6.6 % / R_merge(I) obs: 0.093 / Χ²: 2.148 / Net I/σ(I): 9.8
反射シェル	解像度: 1.7→1.76 Å / 冗長度: 4.7 % / R_merge(I) obs: 0.589 / Mean I/σ(I) obs: 1.897 / Num. unique all: 7898 / Χ²: 0.728 / % possible all: 89.5

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
MOLREP		位相決定
REFMAC	refmac_5.5.0109	精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法: Direct Replacement
開始モデル: A lower resolution structure was initially solved from in-house diffraction data by molecular replacement using 1ACC as the starting model. The resulting model was then refined ...
解像度: 1.7→50 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.96 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.948 / WR_factor R_free: 0.216 / WR_factor R_work: 0.186 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.103 / ESU R Free: 0.101 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2217	4400	5.027 %
R_work	0.1917	-	-
all	-	87519	-
obs	-	87519	98.669 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL PLUS MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 27.856 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.809 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.604 Å²	0 Å²
3-	-	-	2.413 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.7→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5281	0	15	400	5696

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.016	0.022	5414
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	3577
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.733	1.974	7358
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.956	3	8804
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.435	5	678
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	41.155	25.804	255
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.972	15.037	935
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	12.072	15	22
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.106	0.2	849
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.021	6003
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1006
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.209	0.2	914
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.173	0.2	2629
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.139	0.2	323
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.086	0.2	12
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.119	0.2	16
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.192	0.2	48
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.12	0.2	18
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other	0.037	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.91	1.5	3375
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.282	1.5	1354
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.583	2	5489
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	0.716	2	4480
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.452	3	2039
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	0.499	3	2223
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.852	4.5	1862
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	1.866	4.5	4324

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.7-1.744	0.299	284	0.241	5458	6503	88.298
1.744-1.792	0.267	312	0.223	5770	6290	96.693
1.792-1.844	0.262	324	0.222	5849	6178	99.919
1.844-1.9	0.251	290	0.212	5667	5960	99.95
1.9-1.963	0.227	298	0.19	5493	5793	99.965
1.963-2.031	0.224	298	0.192	5300	5598	100
2.031-2.108	0.241	282	0.191	5156	5438	100
2.108-2.194	0.211	240	0.185	4952	5193	99.981
2.194-2.291	0.233	246	0.187	4802	5056	99.842
2.291-2.403	0.246	217	0.183	4540	4768	99.769
2.403-2.532	0.278	227	0.196	4348	4584	99.804
2.532-2.686	0.223	220	0.209	4101	4336	99.654
2.686-2.87	0.237	210	0.211	3849	4083	99.412
2.87-3.1	0.227	183	0.202	3621	3823	99.503
3.1-3.394	0.217	169	0.192	3357	3530	99.887
3.394-3.793	0.184	176	0.179	3034	3211	99.969
3.793-4.375	0.194	146	0.162	2687	2839	99.789
4.375-5.348	0.189	126	0.16	2311	2441	99.836
5.348-7.52	0.209	104	0.206	1818	1923	99.948
7.52-50	0.234	48	0.231	1006	1153	91.414

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.8759	0.5137	-2.1607	1.2234	-1.8212	5.1534	-0.1781	-0.0835	-0.0933	0.2082	0.0921	0.1121	0.2801	-0.3711	0.086	0.1916	-0.0487	0.0587	0.1963	-0.0283	0.1073	-39.6881	11.7589	-5.0833
2	4.019	0.1325	-1.2027	0.4104	0.0225	0.6804	-0.1186	0.0105	-0.2738	0.0109	0.0388	-0.1326	0.0803	0.1004	0.0798	0.0801	-0.0091	-0.0003	0.0512	-0.0079	0.0586	4.5927	15.5154	-26.3954
3	1.4109	-0.1192	-0.1921	0.7841	0.1587	0.3543	-0.0359	0.0639	0.0792	0.0411	0.032	0.011	-0.0152	-0.0244	0.0038	0.0755	-0.0181	-0.0039	0.0521	0.0065	0.0055	-10.2698	26.014	-27.0276
4	3.8085	0.1671	0.4994	3.2132	0.8398	1.5755	-0.0455	-0.2526	0.1123	0.2728	0.0685	-0.1983	0.0485	0.1073	-0.0231	0.0948	-0.0006	-0.0222	0.074	-0.0043	0.0613	20.6163	44.4525	-22.5799

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	A	15 - 228
2	X-RAY DIFFRACTION	2	ALL	A	229 - 407
3	X-RAY DIFFRACTION	3	ALL	A	408 - 606
4	X-RAY DIFFRACTION	4	ALL	A	607 - 734

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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