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万見
- PDB-7d3d: Crystal structure of SPOP bound with a peptide -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7d3d
タイトルCrystal structure of SPOP bound with a peptide
要素
  • GLU-VAL-SER-ILE-ILE-GLN-GLY-ALA-ASP-SER-THR-THR
  • Speckle-type POZ protein
キーワードPROTEIN BINDING / ccRCC / E3 ligase adaptor SPOP / ubiquitination / SBC motif(F-pS-S/T-S/T / F is nonpolar / p is polar)
機能・相同性
機能・相同性情報


molecular function inhibitor activity / Cul3-RING ubiquitin ligase complex / regulation of proteolysis / Hedgehog 'on' state / protein polyubiquitination / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / nuclear speck / ubiquitin protein ligase binding / nucleoplasm / identical protein binding ...molecular function inhibitor activity / Cul3-RING ubiquitin ligase complex / regulation of proteolysis / Hedgehog 'on' state / protein polyubiquitination / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / nuclear speck / ubiquitin protein ligase binding / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
SPOP, C-terminal BACK domain / : / BPM/SPOP, BACK domain / MATH domain / MATH/TRAF domain / MATH/TRAF domain profile. / meprin and TRAF homology / TRAF-like / BTB/POZ domain / BTB domain profile. ...SPOP, C-terminal BACK domain / : / BPM/SPOP, BACK domain / MATH domain / MATH/TRAF domain / MATH/TRAF domain profile. / meprin and TRAF homology / TRAF-like / BTB/POZ domain / BTB domain profile. / Broad-Complex, Tramtrack and Bric a brac / BTB/POZ domain / SKP1/BTB/POZ domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Speckle-type POZ protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.45 Å
データ登録者Yang, C.-G. / Gan, J.H.
引用ジャーナル: Chin.J.Chem. / 年: 2021
タイトル: A peptide binder of E3 ligase adaptor SPOP disrupts oncogenic SPOP-protein interactions in kidney cancer cells.
著者: Wang, Z. / Zhang, H. / Chen, B. / Ouyang, T. / Zheng, T. / Zhou, R. / Dong, Z. / Huang, Y. / Zhang, T. / Jiang, H. / Gan, J. / Luo, C. / Yang, C.-G.
履歴
登録2020年9月18日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年11月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年6月9日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.year
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Speckle-type POZ protein
a: GLU-VAL-SER-ILE-ILE-GLN-GLY-ALA-ASP-SER-THR-THR
B: Speckle-type POZ protein
b: GLU-VAL-SER-ILE-ILE-GLN-GLY-ALA-ASP-SER-THR-THR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,8165
ポリマ－34,7244
非ポリマー921
水6,539363
1
A: Speckle-type POZ protein
a: GLU-VAL-SER-ILE-ILE-GLN-GLY-ALA-ASP-SER-THR-THR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,4543
ポリマ－17,3622
非ポリマー921
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1580 Å2
ΔGint-5 kcal/mol
Surface area8030 Å2
手法PISA
2
B: Speckle-type POZ protein
b: GLU-VAL-SER-ILE-ILE-GLN-GLY-ALA-ASP-SER-THR-THR


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,3622
ポリマ－17,3622
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1280 Å2
ΔGint-3 kcal/mol
Surface area7620 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)51.196, 58.555, 94.180
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: タンパク質 Speckle-type POZ protein / HIB homolog 1 / Roadkill homolog 1


分子量: 16141.605 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 28-166 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SPOP / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O43791
#2: タンパク質・ペプチド GLU-VAL-SER-ILE-ILE-GLN-GLY-ALA-ASP-SER-THR-THR


分子量: 1220.285 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 363 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.49 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 200 mM sodium acetate trihydrate, pH 7.0, 20%(w/v) polyethylene glycol 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.9735 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年2月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9735 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.44→49.73 Å / Num. obs: 50483 / % possible obs: 98.1 % / 冗長度: 11.9 % / Rmerge(I) obs: 0.073 / Rpim(I) all: 0.021 / Rrim(I) all: 0.076 / Χ2: 1.011 / Net I/σ(I): 8.4
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
1.45-1.56.90.47442770.8970.1890.5120.8984.4
1.5-1.568.50.36648920.9430.1290.3890.95996.3
1.56-1.6312.20.28850690.9780.0840.31.009100
1.63-1.7213.20.22550910.9870.0640.2341.054100
1.72-1.8312.60.17151120.9910.050.1791.106100
1.83-1.9713.30.12850980.9950.0360.1331.13100
1.97-2.1712.80.09851160.9960.0280.1021.151100
2.17-2.4813.20.08251670.9970.0230.0861.06100
2.48-3.12130.06652210.9980.0190.0690.917100
3.12-3012.60.05354400.9990.0160.0560.75100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0158精密化
HKL-2000データスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3IVV

3ivv


解像度: 1.45→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.966 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.957 / SU B: 2.153 / SU ML: 0.038 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.084 / ESU R Free: 0.068 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.189 2576 5.1 %RANDOM
Rwork0.1625 ---
obs0.1639 47732 97.54 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 62.99 Å2 / Biso mean: 15.766 Å2 / Biso min: 6.21 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.3 Å20 Å2-0 Å2
2--0.01 Å20 Å2
3---0.29 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.45→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2385 0 6 363 2754
Biso mean--29.65 28.75 -
残基数----301
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.022473
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.022305
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4041.9653340
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.86735356
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.8815315
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.05224.259108
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg10.48415453
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.1721513
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0840.2372
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.022739
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02530
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr1.31334778
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free25.559543
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded6.19755046
LS精密化 シェル解像度: 1.45→1.481 Å / Rfactor Rfree error: 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.26 184 -
Rwork0.203 2660 -
obs--76.1 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.3715-0.2180.0790.53080.28880.68320.0049-0.0154-0.01310.0176-0.0081-0.00580.0296-0.01940.00330.0134-0.00290.00590.0081-0.00180.00558.14960.7617.625
21.0099-0.2268-0.11640.6684-0.09380.47080.0935-0.0027-0.0093-0.0657-0.05390.05710.05560.0091-0.03960.03250.0114-0.00790.0109-0.00410.0071-11.08960.499-3.724
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A28 - 166
2X-RAY DIFFRACTION2B29 - 166

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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