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- PDB-7d28: Crystal structure of MazF (Form-I) from Deinococcus radiodurans -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7d28
タイトルCrystal structure of MazF (Form-I) from Deinococcus radiodurans
要素Endoribonuclease MazF
キーワードTOXIN / MazEF toxin system / endonuclease
機能・相同性
機能・相同性情報


rRNA catabolic process / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 3'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ / mRNA catabolic process / RNA endonuclease activity / hydrolase activity / DNA binding
類似検索 - 分子機能
mRNA interferase PemK-like / PemK-like, MazF-like toxin of type II toxin-antitoxin system / Plasmid maintenance toxin/Cell growth inhibitor
類似検索 - ドメイン・相同性
Endoribonuclease MazF / PpGpp-regulated growth inhibitor ChpA/MazF, putative
類似検索 - 構成要素
生物種Deinococcus radiodurans (放射線耐性)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Dhanasingh, I. / Lee, S.H.
引用ジャーナル: J.Microbiol / 年: 2021
タイトル: Functional and structural characterization of Deinococcus radiodurans R1 MazEF toxin-antitoxin system, Dr0416-Dr0417.
著者: Dhanasingh, I. / Choi, E. / Lee, J. / Lee, S.H. / Hwang, J.
履歴
登録2020年9月16日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年2月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Endoribonuclease MazF
B: Endoribonuclease MazF
C: Endoribonuclease MazF
D: Endoribonuclease MazF
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,82610
ポリマ－49,8614
非ポリマー9656
水8,899494
1
A: Endoribonuclease MazF
D: Endoribonuclease MazF
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,4135
ポリマ－24,9302
非ポリマー4833
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3350 Å2
ΔGint-5 kcal/mol
Surface area9900 Å2
手法PISA
2
B: Endoribonuclease MazF
C: Endoribonuclease MazF
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,4135
ポリマ－24,9302
非ポリマー4833
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2670 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area10190 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)48.542, 74.976, 120.103
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
Endoribonuclease MazF


分子量: 12465.216 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Deinococcus radiodurans (放射線耐性)
遺伝子: mazF, HAV23_04965, HAV35_11860 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌)
参照: UniProt: A0A6G9BVQ8, UniProt: Q9RX98*PLUS, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 3'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ
#2: 化合物
ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸


分子量: 195.237 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO4S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 494 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.88 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 20% PEG 5000 MME, 100 mM MES pH 6.5 and 200 mM Ammonium sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 193 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 7A (6B, 6C1) / 波長: 0.97933 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2017年7月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97933 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→50 Å / Num. obs: 71103 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 14.4 % / Rmerge(I) obs: 0.078 / Rpim(I) all: 0.021 / Rrim(I) all: 0.081 / Χ2: 0.997 / Net I/σ(I): 7.2 / Num. measured all: 1021009
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
1.5-1.5314.40.90835200.9220.2460.9410.9100
1.53-1.5514.50.78834860.9280.2130.8170.93100
1.55-1.5814.50.72235010.940.1950.7480.947100
1.58-1.6214.50.61535240.960.1660.6370.966100
1.62-1.6514.50.51434980.9660.1390.5331.011100
1.65-1.6914.50.4235240.9790.1130.4351.014100
1.69-1.7314.50.35335170.9830.0950.3661.032100
1.73-1.7814.50.28435260.9880.0770.2941.052100
1.78-1.8314.50.24535180.9920.0660.2541.071100
1.83-1.8914.50.20535140.9940.0550.2131.1100
1.89-1.9614.50.16235360.9960.0440.1681.067100
1.96-2.0414.50.12935480.9970.0350.1341.064100
2.04-2.1314.50.10835520.9970.0290.1121.056100
2.13-2.2414.50.09435350.9980.0250.0971.054100
2.24-2.3814.50.08235590.9980.0220.0851.009100
2.38-2.5614.50.06935870.9980.0190.0710.97100
2.56-2.8214.40.05835790.9990.0160.0610.934100
2.82-3.2314.30.0536200.9990.0140.0510.933100
3.23-4.07140.04236530.9990.0120.0440.928100
4.07-5012.60.04138060.9990.0120.0430.90399.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
REFMAC5.8.0258精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5ck9

5ck9


解像度: 1.5→28.82 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.965 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.953 / SU B: 1.208 / SU ML: 0.045 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.071 / ESU R Free: 0.073 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2 3502 4.9 %RANDOM
Rwork0.1709 ---
obs0.1723 67509 99.86 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 117.98 Å2 / Biso mean: 17.64 Å2 / Biso min: 5.57 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å2-0 Å2
3----0 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.5→28.82 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3308 0 60 494 3862
Biso mean--64.56 33.4 -
残基数----442
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0133446
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0173228
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8741.6354690
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.5171.5727456
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.5535438
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg28.09620172
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.31615502
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.8441532
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1020.2410
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.023874
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02734
LS精密化 シェル解像度: 1.5→1.538 Å / Rfactor Rfree error: 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.25 249 -
Rwork0.243 4876 -
obs--99.11 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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