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万見
- PDB-3of9: Structural Basis for Irreversible Inhibition of Human Cathepsin L... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3of9
タイトルStructural Basis for Irreversible Inhibition of Human Cathepsin L by a Diazomethylketone Inhibitor
要素Cathepsin L1
キーワードHYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


enkephalin processing / cathepsin L / CD4-positive, alpha-beta T cell lineage commitment / macrophage apoptotic process / chromaffin granule / elastin catabolic process / antigen processing and presentation of peptide antigen / RUNX1 regulates transcription of genes involved in differentiation of keratinocytes / endolysosome lumen / cellular response to thyroid hormone stimulus ...enkephalin processing / cathepsin L / CD4-positive, alpha-beta T cell lineage commitment / macrophage apoptotic process / chromaffin granule / elastin catabolic process / antigen processing and presentation of peptide antigen / RUNX1 regulates transcription of genes involved in differentiation of keratinocytes / endolysosome lumen / cellular response to thyroid hormone stimulus / Trafficking and processing of endosomal TLR / zymogen activation / proteoglycan binding / Assembly of collagen fibrils and other multimeric structures / antigen processing and presentation / Collagen degradation / protein autoprocessing / fibronectin binding / collagen catabolic process / serpin family protein binding / collagen binding / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / Attachment and Entry / Degradation of the extracellular matrix / multivesicular body / endocytic vesicle lumen / MHC class II antigen presentation / cysteine-type peptidase activity / lysosomal lumen / proteolysis involved in protein catabolic process / Endosomal/Vacuolar pathway / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / : / adaptive immune response / histone binding / Attachment and Entry / lysosome / apical plasma membrane / symbiont entry into host cell / fusion of virus membrane with host plasma membrane / cysteine-type endopeptidase activity / intracellular membrane-bounded organelle / fusion of virus membrane with host endosome membrane / Golgi apparatus / proteolysis / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / nucleus / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Cathepsin propeptide inhibitor domain (I29) / Cathepsin propeptide inhibitor domain (I29) / Cathepsin propeptide inhibitor domain (I29) / Papain-like cysteine endopeptidase / Cysteine peptidase, asparagine active site / Eukaryotic thiol (cysteine) proteases asparagine active site. / Cysteine peptidase, histidine active site / Eukaryotic thiol (cysteine) proteases histidine active site. / : / Peptidase C1A, papain C-terminal ...Cathepsin propeptide inhibitor domain (I29) / Cathepsin propeptide inhibitor domain (I29) / Cathepsin propeptide inhibitor domain (I29) / Papain-like cysteine endopeptidase / Cysteine peptidase, asparagine active site / Eukaryotic thiol (cysteine) proteases asparagine active site. / Cysteine peptidase, histidine active site / Eukaryotic thiol (cysteine) proteases histidine active site. / : / Peptidase C1A, papain C-terminal / Papain family cysteine protease / Papain family cysteine protease / Cysteine proteinases / Cysteine peptidase, cysteine active site / Eukaryotic thiol (cysteine) proteases cysteine active site. / Cathepsin B; Chain A / Papain-like cysteine peptidase superfamily / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NALPHA-[(BENZYLOXY)CARBONYL]-N-[(1S)-1-(4-TERT-BUTOXYBENZYL)-3-DIAZO-2-OXOPROPYL]-L-PHENYLALANINAMIDE / Chem-I0X / Procathepsin L
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.761 Å
データ登録者Shenoy, R.T. / Sivaraman, J.
引用ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2011
タイトル: Structural basis for reversible and irreversible inhibition of human cathepsin L by their respective dipeptidyl glyoxal and diazomethylketone inhibitors.
著者: Shenoy, R.T. / Sivaraman, J.
履歴
登録2010年8月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年12月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22012年12月12日Group: Other
改定 1.32017年11月8日Group: Advisory / Refinement description / カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software
改定 1.42019年7月17日Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: software / struct_conn
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.52023年9月6日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.62024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cathepsin L1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,8632
ポリマ－24,3211
非ポリマー5431
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)85.557, 85.557, 50.201
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number170
Space group name H-MP65

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要素

#1: タンパク質 Cathepsin L1 / Major excreted protein / MEP / Cathepsin L1 heavy chain / Cathepsin L1 light chain


分子量: 24320.814 Da / 分子数: 1 / 断片: Cathepsin L / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CTSL1, CTSL / プラスミド: pPIC9 / 発現宿主: Pichia pastoris (菌類) / 参照: UniProt: P07711, cathepsin L
#2: 化合物 ChemComp-I0X / Nalpha-[(benzyloxy)carbonyl]-N-[(1S)-1-(4-tert-butoxybenzyl)-3-diazo-2-oxopropyl]-L-phenylalaninamide / Z-Phe-Tyr(t-Bu)-diazomethylketone / Z-Phe-Tyr(t-Bu)-CHN2


タイプ: peptide-like, Peptide-like / クラス: 酵素阻害剤 / 分子量: 542.625 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C31H34N4O5
参照: NALPHA-[(BENZYLOXY)CARBONYL]-N-[(1S)-1-(4-TERT-BUTOXYBENZYL)-3-DIAZO-2-OXOPROPYL]-L-PHENYLALANINAMIDE
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.85 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.2
詳細: 30%( w/v) PEG 8K and 200mM Ammonium sulfate, pH 5.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年3月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→50 Å / Num. all: 22014 / % possible obs: 95 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIX1.6_289精密化
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
CNS精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
CBASSデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
DENZOデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1CS8

1cs8


解像度: 1.761→29.809 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU ML: 0.23 / σ(F): 0.12 / 位相誤差: 23.43 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2494 1930 9.64 %
Rwork0.2244 --
obs0.2268 20017 95.83 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 34.709 Å2 / ksol: 0.434 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.0211 Å2-0 Å20 Å2
2--0.0211 Å2-0 Å2
3----0.0422 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.761→29.809 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1706 0 38 0 1744
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0071792
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1182419
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.154647
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.074238
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005322
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.7608-1.80480.29371220.23741056X-RAY DIFFRACTION78
1.8048-1.85360.25871290.19911190X-RAY DIFFRACTION91
1.8536-1.90810.21721320.19531275X-RAY DIFFRACTION93
1.9081-1.96970.23051340.19251258X-RAY DIFFRACTION95
1.9697-2.04010.25241410.19921301X-RAY DIFFRACTION97
2.0401-2.12170.27141360.21541286X-RAY DIFFRACTION96
2.1217-2.21830.23911430.21361309X-RAY DIFFRACTION98
2.2183-2.33520.24081370.21871319X-RAY DIFFRACTION98
2.3352-2.48140.25841430.22831335X-RAY DIFFRACTION99
2.4814-2.67290.24871400.24481331X-RAY DIFFRACTION98
2.6729-2.94170.26011450.23051336X-RAY DIFFRACTION99
2.9417-3.36680.28441410.23681338X-RAY DIFFRACTION100
3.3668-4.23990.21951450.20961366X-RAY DIFFRACTION100
4.2399-29.81320.24021420.2361387X-RAY DIFFRACTION99
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1CNS_TOPPAR:protein_rep.param
X-RAY DIFFRACTION2CNS_TOPPAR:water_rep.param
X-RAY DIFFRACTION3inh3.par

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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