PDB-5ck9: E. coli MazF form I

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5ck9

タイトル

E. coli MazF form I

要素

Endoribonuclease MazF

キーワード

HYDROLASE / Toxin-Antitoxin / mRNA interferase / ribonuclease / persistence / bacterial stress response

機能・相同性

機能・相同性情報

toxin-antitoxin complex / quorum sensing / rRNA catabolic process / single-species biofilm formation / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 3'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ / regulation of growth / positive regulation of programmed cell death / mRNA catabolic process / RNA endonuclease activity / molecular function activator activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli K-12 (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.898 Å

データ登録者

Zorzini, V. / Loris, R.

資金援助

ベルギー, 2件

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2016
タイトル: Substrate Recognition and Activity Regulation of the Escherichia coli mRNA Endonuclease MazF.
著者: Zorzini, V. / Mernik, A. / Lah, J. / Sterckx, Y.G. / De Jonge, N. / Garcia-Pino, A. / De Greve, H. / Versees, W. / Loris, R.

履歴

登録	2015年7月15日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2016年4月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年4月13日	Group: Database references
改定 1.2	2016年6月8日	Group: Database references
改定 1.3	2024年1月10日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5ck9.cif.gz	99.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5ck9.ent.gz	77.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5ck9.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ck/5ck9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ck/5ck9	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5ckbC 5ckdC 5ckeC 5ckfC 5ckhC 5co7C 5cqxC 5cqyC 5cr2C 1ub4S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3bfc-4 3bfd-1 3bff-4 5wew-3 5cix-d 3my6-d 1yly-1 5gl9-d 1dy6-2 3bfg-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Endoribonuclease MazF

B: Endoribonuclease MazF

ヘテロ分子

26.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	52.190, 52.190, 197.840
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	169
Space group name H-M	P6₁

#1: タンパク質	Endoribonuclease MazF / Toxin MazF / mRNA interferase MazF 分子量: 12940.904 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 遺伝子: mazF, chpA, chpAK, b2782, JW2753 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P0AE70, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 3'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ
#2: 化合物	ChemComp-1PE / PENTAETHYLENE GLYCOL / PEG400 / ペンタエチレングリコ-ル分子量: 238.278 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₂₂O₆ / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 112 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.01 Å³/Da / 溶媒含有率: 59.07 %
結晶化	温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6 詳細: 0.1M Disodium Citrate pH 5.6, 0.2M Ammonium Acetate, 30%MPD

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.98011 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年2月24日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.98011 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.898→41.11 Å / Num. obs: 23960 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 11.2 % / R_sym value: 0.092 / Net I/σ(I): 17.68
反射シェル	解像度: 1.898→2.01 Å / 冗長度: 6.9 % / Mean I/σ(I) obs: 1.64 / R_sym value: 1.328 / % possible all: 97

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.7.1_743	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1UB4

1ub4

解像度: 1.898→41.11 Å / SU ML: 0.59 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 2 / 位相誤差: 25.77 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2364	1194	5 %
R_work	0.1938	-	-
obs	0.1959	23878	99.45 %

溶媒の処理

減衰半径: 1.13 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 90.766 Å² / k_sol: 0.391 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	7.6496 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	7.6496 Å²	0 Å²
3-	-	-	-15.2993 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.898→41.11 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1563	0	48	112	1723

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	1677
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.052	2267
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.622	626
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.072	257
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	283

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.898-1.9737	0.3939	130	0.3423	2459	X-RAY DIFFRACTION	97
1.9737-2.0635	0.2716	132	0.2596	2523	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0635-2.1723	0.2832	134	0.224	2531	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1723-2.3084	0.236	132	0.193	2495	X-RAY DIFFRACTION	99
2.3084-2.4866	0.2275	134	0.1699	2543	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4866-2.7367	0.2352	133	0.1819	2530	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7367-3.1326	0.1946	133	0.1593	2517	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1326-3.9463	0.2223	133	0.1698	2541	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9463-41.1195	0.2386	133	0.204	2545	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.1228	1.1601	1.3417	2.6392	1.6024	5.9332	0.0913	0.3761	0.2407	-0.0489	0.0003	0.0824	-0.0116	0.0958	-0.1046	0.1166	0.0009	-0.0043	0.2382	0.0014	0.1661	-9.1466	21.2753	4.894
2	2.1406	1.8978	1.0558	4.438	1.0003	4.3683	0.2658	-0.1867	0.2069	0.7075	-0.0615	0.1183	0.2	0.4414	-0.1142	0.2729	-0.076	0.0186	0.0896	-0.0075	0.1253	-3.1139	27.0305	24.209

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	Chain 'A'
2	X-RAY DIFFRACTION	2	Chain 'B'

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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