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- PDB-1dy6: Structure of the imipenem-hydrolyzing beta-lactamase SME-1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1dy6
タイトルStructure of the imipenem-hydrolyzing beta-lactamase SME-1
要素CARBAPENEM-HYDROLYSING BETA-LACTAMASE SME-1
キーワードHYDROLASE / LACTAMASE / ANTIBIOTIC / CARBAPENEM / IMIPENEM
機能・相同性
機能・相同性情報


beta-lactam antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / beta-lactamase / response to antibiotic
類似検索 - 分子機能
Beta-lactamase class A, catalytic domain / Beta-lactamase enzyme family / Beta-lactamase, class-A / Beta-lactamase / DD-peptidase/beta-lactamase superfamily / Beta-lactamase/transpeptidase-like / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Beta-lactamase SME-1
類似検索 - 構成要素
生物種SERRATIA MARCESCENS (霊菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.13 Å
データ登録者Sougakoff, W. / L'Hermite, G. / Billy, I. / Guillet, V. / Naas, T. / Nordman, P. / Jarlier, V. / Delettre, J.
引用
ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2002
タイトル: Structure of the Imipenem-Hydrolyzing Class a Beta-Lactamase Sme-1 from Serratia Marcescens.
著者: Sougakoff, W. / L'Hermite, G. / Billy, I. / Pernot, L. / Guillet, V. / Naas, T. / Nordmann, P. / Jarlier, V. / Delettre, J.
#1: ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 1996
タイトル: Purification, Crystallization, and Preliminary X-Ray Diffraction Analysis of the Carbapenem-Hydrolyzing Class a Beta-Lactamase Sme-1 from Serratia Marcescens
著者: Sougakoff, W. / Jarlier, V. / Delettre, J. / Colloc'H, N. / L'Hermite, G. / Nordmann, P. / Naas, T.
履歴
登録2000年1月27日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02001年1月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月7日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年7月5日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_detector / diffrn_source / Item: _diffrn_detector.detector / _diffrn_source.type
改定 1.42017年7月12日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.52019年5月22日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: refine / Item: _refine.pdbx_ls_cross_valid_method
改定 1.62023年12月6日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.72024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CARBAPENEM-HYDROLYSING BETA-LACTAMASE SME-1
B: CARBAPENEM-HYDROLYSING BETA-LACTAMASE SME-1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,7722
ポリマ－58,7722
非ポリマー00
水7,152397
1
A: CARBAPENEM-HYDROLYSING BETA-LACTAMASE SME-1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,3861
ポリマ－29,3861
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
B: CARBAPENEM-HYDROLYSING BETA-LACTAMASE SME-1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,3861
ポリマ－29,3861
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)81.500, 51.720, 71.690
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 118.62, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.986365, 0.004914, 0.164497), (-0.006451, 0.99994, 0.008811), (-0.164444, -0.009752, 0.986338)
ベクター: -34.1322, -49.7673, -29.0392)
詳細BIOLOGICAL UNIT: MONOMER

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要素

#1: タンパク質 CARBAPENEM-HYDROLYSING BETA-LACTAMASE SME-1


分子量: 29386.180 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: APO FORM / 由来: (組換発現) SERRATIA MARCESCENS (霊菌) / 株: S6 / プラスミド: PPTN103 / 遺伝子 (発現宿主): BLASME / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM109 / 参照: UniProt: Q54488, beta-lactamase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 397 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
配列の詳細SEQUENCE DESCRIBED IN NAAS T., VANDEL L., SOUGAKOFF W., LIVERMORE D.M., NORDMANN P. ANTIMICROB. ...SEQUENCE DESCRIBED IN NAAS T., VANDEL L., SOUGAKOFF W., LIVERMORE D.M., NORDMANN P. ANTIMICROB. AGENTS CHEMOTHER. 38:1262-1270(1994). NUMBERING IN THE PDB SEGMENT IS ACCORDING TO AMBLER ET AL. (BIOCHEM. J., 276 (1991) 269-272). THEREFORE, THERE ARE NO RESIDUES NUMBERED 58 AND 253, AND TWO RESIDUES HAVE BEEN ASSIGNED THE SAME NUMBER IN THE PDB ENTRY (ARG141 AND PHE141B). THE 27 FIRST RESIDUES IN THE SWS SEQUENCE ARE CLEAVED IN THE SME-1 MATURE PROTEIN. MOREOVER, NO DENSITY WAS OBSERVED FOR THE SIDE CHAINS OF THE TWO FIRST RESIDUES ASN24 AND LYS25 IN THE MATURE PROTEIN. ILE 245 WAS NOT IDENTIFIED IN THE EXPERIMENT. INSTEAD, A DENSITY FOR A TYROSINE WAS CLEARLY LOCATED, CORRESPONDING TO TYR A 241 AND TYR B 241 IN THE PDB ENTRY. THIS CORRESPONDS TO THE SWISSPROT ENTRY Q54488. THE SEQUENCE WITH ILE 245 IS GIVEN IN SWISSPROT ENTRY P52682

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 40 %
結晶化pH: 8.5
詳細: PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM 17% PEG 4000, 0.2 M AMMONIUM ACETATE, 0.1 M TRIS-HCL, PH 8.5
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
117 %PEG40001reservoir
20.2 Mammonium acetate1reservoir
30.1 MTris-HCl1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 291 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: ENRAF-NONIUS FR571 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: ENRAF-NONIUS FAST / 検出器: DIFFRACTOMETER
放射モノクロメーター: NI FILTER / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.13→20 Å / Num. obs: 24447 / % possible obs: 82 % / 冗長度: 2.3 % / Rsym value: 0.049
反射
*PLUS
% possible obs: 82 % / Num. measured all: 55772 / Rmerge(I) obs: 0.049
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 2.13 Å / 最低解像度: 2.28 Å / % possible obs: 30.1 % / 冗長度: 2.1 % / Num. unique obs: 1601 / Num. measured obs: 3390 / Rmerge(I) obs: 0.216

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLOR3.1精密化
MADNESSデータ削減
Agrovataデータスケーリング
X-PLOR3.1位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: MODIFIED NMC-A BETA-LACTAMASE (1BUE) SOFTWARE USED: AMORE

1bue


解像度: 2.13→10 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Data cutoff low absF: 0.001 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
詳細: A FLAT TWO-LOBE ELECTRON DENSITY IS LOCATED IN A AND IN B BETWEEN SER130, THR235 AND SER237. IT HAS BEEN ASSOCIATED WITH A MODEL OF TWO WATER MOLECULES, 111 AND 186 IN MOLECULE A AND 89 AND 143 IN MOLECULE B.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.244 2445 10 %RANDOM
Rwork0.184 ---
obs0.184 24447 82 %-
原子変位パラメータBiso mean: 19.2 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.13→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4116 0 0 397 4513
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.44
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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