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- PDB-4h8r: Imipenem complex of GES-5 carbapenemase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4h8r
タイトルImipenem complex of GES-5 carbapenemase
要素Extended-spectrum beta-lactamase GES-5
キーワードHYDROLASE/ANTIBIOTIC / beta-lactamase / carbapenemase / carbapenem antibiotics / HYDROLASE-ANTIBIOTIC complex
機能・相同性
機能・相同性情報


beta-lactam antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / beta-lactamase / response to antibiotic / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Beta-lactamase class A, catalytic domain / Beta-lactamase enzyme family / Beta-lactamase, class-A / Beta-lactamase / DD-peptidase/beta-lactamase superfamily / Beta-lactamase/transpeptidase-like / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-IM2 / IODIDE ION / Beta-lactamase GES-5
類似検索 - 構成要素
生物種Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.25 Å
データ登録者Smith, C.A. / Vakulenko, S.B.
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2012
タイトル: Structural basis for progression toward the carbapenemase activity in the GES family of beta-lactamases.
著者: Smith, C.A. / Frase, H. / Toth, M. / Kumarasiri, M. / Wiafe, K. / Munoz, J. / Mobashery, S. / Vakulenko, S.B.
履歴
登録2012年9月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年7月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年4月3日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_conn_type / struct_site
Item: _chem_comp.name / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.name / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn_type.id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.22024年11月27日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Extended-spectrum beta-lactamase GES-5
B: Extended-spectrum beta-lactamase GES-5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,29725
ポリマ－62,4452
非ポリマー2,85223
水9,476526
1
A: Extended-spectrum beta-lactamase GES-5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,56211
ポリマ－31,2221
非ポリマー1,34010
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Extended-spectrum beta-lactamase GES-5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,73514
ポリマ－31,2221
非ポリマー1,51213
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)42.940, 81.240, 71.930
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 102.04, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Extended-spectrum beta-lactamase GES-5


分子量: 31222.465 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌) / 遺伝子: blaGES-5 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q09HD0
#2: 化合物 ChemComp-IM2 / (5R)-5-[(1S,2R)-1-formyl-2-hydroxypropyl]-3-[(2-{[(E)-iminomethyl]amino}ethyl)sulfanyl]-4,5-dihydro-1H-pyrrole-2-carbox ylic acid / IMIPENEM, open form / N-FORMIMIDOYL-THIENAMYCINE, open form


分子量: 301.362 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H19N3O4S / コメント: 抗生剤*YM
#3: 化合物
ChemComp-IOD / IODIDE ION


分子量: 126.904 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 合成 / 式: I
#4: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION


分子量: 22.990 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 526 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.96 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.4 %
結晶化温度: 278 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: unbuffered 0.2% sodium iodide and 18-20% PEG 3350, pH 7, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 278K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年6月6日 / 詳細: KB mirrors
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.25→35.8 Å / Num. all: 126748 / Num. obs: 126748 / % possible obs: 95.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.058 / Net I/σ(I): 11.7
反射 シェル解像度: 1.25→1.28 Å / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.557 / Mean I/σ(I) obs: 2.46 / % possible all: 88.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-Iceデータ収集
MOLREP位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.7.3_928)精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: apo GES-5

解像度: 1.25→35.819 Å / SU ML: 0.13 / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 15.14 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1704 6393 5.04 %random 5%
Rwork0.1477 ---
obs0.1488 126746 95.24 %-
all-126746 --
溶媒の処理減衰半径: 0.73 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 52.326 Å2 / ksol: 0.354 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.9717 Å2-0 Å2-1.078 Å2
2---1.5309 Å20 Å2
3---0.5593 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.25→35.819 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4065 0 61 526 4652
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0074439
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2226039
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.1611717
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.078697
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006795
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.2501-1.26430.30151890.26393604X-RAY DIFFRACTION85
1.2643-1.27920.26171890.25273822X-RAY DIFFRACTION92
1.2792-1.29480.29151950.2193888X-RAY DIFFRACTION92
1.2948-1.31110.23732300.19793918X-RAY DIFFRACTION93
1.3111-1.32840.20852080.18443895X-RAY DIFFRACTION93
1.3284-1.34660.20841890.1733916X-RAY DIFFRACTION93
1.3466-1.36580.19892120.15833967X-RAY DIFFRACTION95
1.3658-1.38620.18672220.15433921X-RAY DIFFRACTION93
1.3862-1.40790.19562180.15363977X-RAY DIFFRACTION96
1.4079-1.4310.17422170.1363922X-RAY DIFFRACTION93
1.431-1.45560.15522090.12863967X-RAY DIFFRACTION95
1.4556-1.48210.15681960.12853972X-RAY DIFFRACTION94
1.4821-1.51060.15952020.12394055X-RAY DIFFRACTION97
1.5106-1.54150.15922240.12464041X-RAY DIFFRACTION96
1.5415-1.5750.15562220.11824107X-RAY DIFFRACTION97
1.575-1.61160.15682040.12054068X-RAY DIFFRACTION97
1.6116-1.65190.14372200.11534108X-RAY DIFFRACTION97
1.6519-1.69660.16132440.11854084X-RAY DIFFRACTION98
1.6966-1.74650.15372200.1284078X-RAY DIFFRACTION97
1.7465-1.80290.13632080.12784027X-RAY DIFFRACTION95
1.8029-1.86730.15872220.12824083X-RAY DIFFRACTION96
1.8673-1.94210.15852170.13524139X-RAY DIFFRACTION98
1.9421-2.03040.15472300.1354074X-RAY DIFFRACTION98
2.0304-2.13750.15022360.13054123X-RAY DIFFRACTION98
2.1375-2.27140.14661930.13014151X-RAY DIFFRACTION98
2.2714-2.44670.1611940.14474075X-RAY DIFFRACTION97
2.4467-2.69290.16532300.15633963X-RAY DIFFRACTION94
2.6929-3.08230.18582210.16514108X-RAY DIFFRACTION97
3.0823-3.88270.15782280.14824129X-RAY DIFFRACTION97
3.8827-35.83420.19822040.16864171X-RAY DIFFRACTION96

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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