PDB-3v3r: Crystal Structure of GES-11

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3v3r

タイトル

Crystal Structure of GES-11

要素

Extended spectrum class A beta-lactamase GES-11

キーワード

HYDROLASE / Beta lactamase fold / Beta Lactams

機能・相同性

機能・相同性情報

beta-lactam antibiotic catabolic process / beta-lactamase / beta-lactamase activity / response to antibiotic
類似検索 - 分子機能

生物種

Acinetobacter baumannii (バクテリア)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.898 Å

データ登録者

Delbruck, H. / Hoffmann, K.M.V. / Bebrone, C.

引用

ジャーナル: Antimicrob.Agents Chemother. / 年: 2012
タイトル: Kinetic and crystallographic studies of extended-spectrum GES-11, GES-12, and GES-14 beta-lactamases.
著者: Delbruck, H. / Bogaerts, P. / Kupper, M.B. / Rezende de Castro, R. / Bennink, S. / Glupczynski, Y. / Galleni, M. / Hoffmann, K.M. / Bebrone, C.

履歴

登録	2011年12月14日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年9月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年6月19日	Group: Database references
改定 1.2	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.3	2024年10月9日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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PDB形式	pdb3v3r.ent.gz	179.7 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

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アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v3/3v3r ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v3/3v3r	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	3tsgC 2qpnS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4ehn-d 4ehl-2 3v3s-2 4h8r-1 4euz-d 3gjt-2 4eha-1 3gjr-1 6kzq-d 6kmu-4 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#164 - 2013年8月セロトニン受容体 (Serotonin Receptor) 類似性 (3) #187 - 2015年7月ニューデリーメタロβラクタマーゼ (New Delhi Metallo-β-Lactamase) 類似性 (2) #29 - 2002年5月ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Extended spectrum class A beta-lactamase GES-11

B: Extended spectrum class A beta-lactamase GES-11

ヘテロ分子

65.4 kDa, 2 ポリマー
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1

A: Extended spectrum class A beta-lactamase GES-11

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
32.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Extended spectrum class A beta-lactamase GES-11

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
32.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	70.680, 85.240, 85.120
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P22₁2₁

#1: タンパク質	Extended spectrum class A beta-lactamase GES-11 / Extended-spectrum beta-lactamase / GES-11 分子量: 31206.465 Da / 分子数: 2 / 断片: BETA-LACTAMASE / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Acinetobacter baumannii (バクテリア) 遺伝子: blaGES-11, GES11 / プラスミド: PET28/GES11 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: C5HUY1, beta-lactamase
#2: 化合物	... ChemComp-IOD / IODIDE ION / ヨ-ジド分子量: 126.904 Da / 分子数: 23 / 由来タイプ: 合成 / 式: I
#3: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 264 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.05 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.12 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.1 M NA IODIDE, 30 % PEG 3350, 5 % GLYCEROL, pH none, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K PH範囲: none

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

回転陽極 / タイプ: ENRAF-NONIUS FR591 / 波長: 1.5418 Å

検出器

タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2011年11月2日 / 詳細: Mirror

放射

モノクロメーター: Mirror / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.5418 Å / 相対比: 1

Reflection twin

Crystal-ID	ID	Operator	Domain-ID	Fraction
1	1	H, K, L	1	0.926
1	1	-H, L, K	2	0.074

反射

解像度: 1.88→20 Å / Num. all: 42480 / Num. obs: 40335 / % possible obs: 94.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4 % / R_sym value: 0.114 / Net I/σ(I): 8.98

反射シェル

解像度: 1.88→1.92 Å / 冗長度: 3.3 % / R_merge(I) obs: 0.523 / Mean I/σ(I) obs: 2.35 / % possible all: 87.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MAR345dtb		データ収集
PHASER		位相決定
REFMAC	5.6.0119	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2QPN

2qpn

解像度: 1.898→20 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.939 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.902 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.038 / ESU R Free: 0.033 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.23168	1988	5.1 %	RANDOM
R_work	0.19202	-	-	-
obs	0.19398	37055	94.51 %	-
all	-	39043	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 18.058 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-8.19 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-5.71 Å²	0 Å²
3-	-	-	13.9 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.898→20 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4041	0	24	264	4329

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.019	4252
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0	0.02	2926
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.377	1.963	5783
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	4.247	3.001	7136
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.97	5	570
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.201	23.548	186
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.066	15	751
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.342	15	39
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.078	0.2	662
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	4815
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.007	0.02	876
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.898→1.947 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.3	129	-
R_work	0.26	2550	-
obs	-	-	89.9 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.4527	-0.1077	3.136	3.3726	3.4724	5.9517	0.0789	-0.181	-0.262	0.0516	0.0966	-0.0117	0.1145	-0.0132	-0.1755	0.102	-0.0344	0.0039	0.0655	0.0836	0.2865	55.804	-0.424	75.479
2	1.7758	-0.4471	-0.2388	1.7567	0.8723	0.4359	-0.007	0.0821	0.1047	0.0497	0.0601	-0.12	0.028	0.0387	-0.0532	0.1403	-0.0108	-0.0028	0.0494	0.034	0.1873	52.785	11.747	66.102
3	3.053	-1.0346	0.7365	16.7583	0.8009	0.2507	-0.1674	0.2143	0.092	0.0861	0.1575	-0.0567	-0.0557	0.0892	0.0098	0.1315	-0.0614	0.0274	0.1183	-0.0026	0.2608	38.652	22.549	57.166
4	1.8883	1.1138	0.0804	2.1208	0.6319	0.6998	-0.0373	0.1419	0.1101	0.033	0.043	0.0513	0.0446	-0.0946	-0.0058	0.1137	-0.018	-0.0107	0.0721	0.0189	0.1799	26.668	17.06	52.908
5	0.7819	-0.2825	0.2644	0.2945	0.2134	0.8743	-0.1055	0.1275	0.1108	-0.0502	-0.0243	0.0361	-0.0315	0.0588	0.1297	0.1462	-0.0175	-0.0288	0.0656	0.0263	0.2103	39.365	17.162	52.769
6	3.4638	1.2024	0.094	4.2173	0.7418	1.9147	0.0053	0.3131	-0.1404	-0.0374	-0.0087	0.0378	0.2603	0.1991	0.0034	0.1107	0.0115	-0.0078	0.0775	0.027	0.1584	47.037	7.865	51.76
7	0.1632	-0.3046	0.1738	1.0622	-0.3226	0.1954	-0.0496	-0.0065	0.021	-0.0006	0.029	0.034	-0.0832	0.0153	0.0205	0.139	-0.0423	0.0058	0.0811	0.007	0.2379	45.376	21.924	64.863
8	1.7453	-0.2863	0.3737	2.0569	-0.7135	0.4191	0.0343	-0.1782	-0.0673	0.1331	-0.0604	0.0284	-0.0188	-0.0448	0.0262	0.1335	-0.0124	0.0076	0.0845	0.0226	0.1551	37.382	12.662	74.245
9	1.0145	-0.4823	-0.2545	1.3093	-0.1214	0.525	0.0108	-0.0955	-0.0641	0.0946	0.082	-0.0001	0.0815	-0.0027	-0.0929	0.1024	-0.0106	0.0052	0.0551	0.0146	0.1875	45.296	8.772	69.106
10	4.9455	3.5563	2.5549	5.4259	1.2509	1.4464	0.0421	-0.0988	-0.1933	-0.0436	0.0204	-0.155	0.0201	-0.0645	-0.0625	0.1293	-0.0005	-0.0004	0.0451	0.0397	0.2698	42.499	-2.01	71.726
11	10.5533	-1.5439	-1.909	9.9888	-4.0398	2.2931	-0.295	-0.1772	0.2913	0.2518	0.4886	0.0693	-0.0101	-0.2835	-0.1936	0.2069	-0.085	-0.0554	0.4364	0.2129	0.2796	50.577	9.248	82.066
12	2.1542	1.1462	-0.2221	2.3221	-0.616	0.1864	-0.0889	0.1426	-0.0829	0.0108	0.1417	0.0432	-0.0087	-0.0605	-0.0528	0.1385	-0.0197	0.0055	0.0698	-0.0026	0.2295	-4.421	4.04	61.2
13	1.7433	2.2729	-0.7658	3.9134	-1.1754	0.3696	-0.0151	0.0386	0.1033	0.0077	0.0323	-0.0394	-0.0025	-0.0133	-0.0172	0.12	-0.0261	0.0053	0.0485	-0.0221	0.2303	5.793	14.732	72.775
14	9.5489	-2.9276	6.7896	4.9245	-1.9329	4.8334	-0.2565	-0.2353	0.2795	0.0601	0.058	0.1803	-0.1831	-0.1668	0.1985	0.098	-0.0148	0.051	0.0179	-0.0376	0.3975	17.884	31.997	72.557
15	1.5997	-1.3332	0.2799	2.8812	-0.6789	1.496	0.154	-0.2581	0.088	-0.0392	-0.2433	0.0627	0.2037	0.1385	0.0894	0.1447	-0.049	0.0043	0.2321	-0.0324	0.2095	25.011	15.176	81.053
16	1.6383	0.2822	-0.2578	0.6768	0.4662	0.4585	0.1036	-0.1823	0.0836	-0.0097	-0.0892	0.0315	-0.0376	-0.0069	-0.0145	0.1035	-0.0204	-0.0075	0.0917	-0.0159	0.2027	23.893	18.266	75.028
17	4.5136	-0.1469	0.897	1.6419	0.2215	0.5887	0.0661	-0.4288	0.2809	0.2131	-0.0969	0.0928	0.0032	-0.0314	0.0308	0.1234	-0.0347	0.0195	0.0766	-0.0504	0.229	7.107	19.649	79.666
18	1.1413	0.9212	-0.4696	1.1586	0.8599	4.6861	0.146	-0.1912	0.1453	0.0389	-0.1972	0.2527	0.0896	-0.0392	0.0513	0.2407	0.0017	-0.0932	0.0828	-0.0078	0.3287	0.288	13.738	73.502
19	3.5438	0.8244	1.2938	0.9367	1.8272	4.1858	0.0352	0.3049	0.5881	-0.1482	0.1119	-0.0599	0.1361	-0.0364	-0.1471	0.3855	-0.1789	0.029	0.1278	0.0337	0.3303	10.504	26.664	60.737
20	1.7226	2.6637	-0.4634	5.664	0.9356	2.0565	-0.1093	0.0754	-0.0599	-0.1397	0.1253	0.0593	0.0137	-0.0061	-0.016	0.0888	-0.0215	0.0257	0.0289	-0.0022	0.2661	14.971	11.216	60.921
21	1.4466	0.5258	0.3424	0.9142	0.7879	1.595	-0.0314	0.086	-0.0096	-0.0999	0.0468	-0.0534	-0.1375	-0.0021	-0.0154	0.0918	-0.001	0.0053	0.0449	-0.0029	0.2277	8.547	9.477	60.188
22	1.8009	-0.1105	0.379	1.2181	-1.2137	2.8694	0.015	0.05	-0.1357	-0.1085	-0.0094	-0.0227	0.3237	-0.0362	-0.0055	0.0837	-0.0405	-0.0088	0.0307	-0.0154	0.262	4.753	1.789	62.618

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	19 - 39
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	40 - 66
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	67 - 78
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	79 - 119
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	120 - 149
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	150 - 174
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	175 - 203
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	204 - 228
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	229 - 261
10	X-RAY DIFFRACTION	10	A	262 - 275
11	X-RAY DIFFRACTION	11	A	276 - 284
12	X-RAY DIFFRACTION	12	B	19 - 55
13	X-RAY DIFFRACTION	13	B	56 - 74
14	X-RAY DIFFRACTION	14	B	75 - 87
15	X-RAY DIFFRACTION	15	B	88 - 104
16	X-RAY DIFFRACTION	16	B	105 - 132
17	X-RAY DIFFRACTION	17	B	133 - 166
18	X-RAY DIFFRACTION	18	B	167 - 188
19	X-RAY DIFFRACTION	19	B	189 - 201
20	X-RAY DIFFRACTION	20	B	202 - 220
21	X-RAY DIFFRACTION	21	B	221 - 249
22	X-RAY DIFFRACTION	22	B	250 - 283

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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