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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3tsg | ||||||
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Title | Crystal structure of GES-14 | ||||||
![]() | Extended-spectrum beta-lactamase GES-14 | ||||||
![]() | HYDROLASE / Beta lactamase fold / beta lactams | ||||||
Function / homology | ![]() beta-lactam antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / beta-lactamase / response to antibiotic Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Delbruck, H. / Hoffmann, K.M.V. / Bebrone, C. | ||||||
![]() | ![]() Title: Kinetic and crystallographic studies of extended-spectrum GES-11, GES-12, and GES-14 beta-lactamases. Authors: Delbruck, H. / Bogaerts, P. / Kupper, M.B. / Rezende de Castro, R. / Bennink, S. / Glupczynski, Y. / Galleni, M. / Hoffmann, K.M. / Bebrone, C. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
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PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
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Full document | ![]() | 467 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 26.6 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 37.8 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 3v3rC ![]() 2qpnS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 31236.492 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() #2: Chemical | ChemComp-IOD / #3: Chemical | ChemComp-GOL / #4: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.02 Å3/Da / Density % sol: 39.24 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop Details: 0.1 M Na iodide, 30 % PEG 3350, 5 % Glycerol, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
---|---|
Diffraction source | Source: ![]() |
Detector | Type: MAR scanner 345 mm plate / Detector: IMAGE PLATE / Date: Jul 7, 2011 / Details: mirror |
Radiation | Monochromator: mirror / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.5418 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.9→19.61 Å / Num. all: 40716 / Num. obs: 40657 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Redundancy: 7.1 % / Biso Wilson estimate: 18.3 Å2 / Rsym value: 0.124 / Net I/σ(I): 11.6 |
Reflection shell | Resolution: 1.9→2 Å / Redundancy: 7 % / Mean I/σ(I) obs: 3.6 / Num. unique all: 5838 / Rsym value: 0.608 / % possible all: 97.2 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 2QPN Resolution: 1.9→19.61 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.959 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.936 / SU B: 5.9 / SU ML: 0.099 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.138 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.4 Å / Solvent model: BABINET MODEL WITH MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 21.629 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.9→19.61 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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