PDB-3tsg: Crystal structure of GES-14

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3tsg

タイトル

Crystal structure of GES-14

要素

Extended-spectrum beta-lactamase GES-14

キーワード

HYDROLASE / Beta lactamase fold / beta lactams

機能・相同性

機能・相同性情報

beta-lactam antibiotic catabolic process / beta-lactamase / beta-lactamase activity / response to antibiotic
類似検索 - 分子機能

生物種

Acinetobacter baumannii (バクテリア)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Delbruck, H. / Hoffmann, K.M.V. / Bebrone, C.

引用

ジャーナル: Antimicrob.Agents Chemother. / 年: 2012
タイトル: Kinetic and crystallographic studies of extended-spectrum GES-11, GES-12, and GES-14 beta-lactamases.
著者: Delbruck, H. / Bogaerts, P. / Kupper, M.B. / Rezende de Castro, R. / Bennink, S. / Glupczynski, Y. / Galleni, M. / Hoffmann, K.M. / Bebrone, C.

履歴

登録	2011年9月13日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年9月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年6月19日	Group: Database references
改定 1.2	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.3	2024年10月9日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3tsg.cif.gz	227.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3tsg.ent.gz	185.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3tsg.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ts/3tsg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ts/3tsg	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3v3rC 2qpnS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5f83-2 6ts9-1 2zqa-d 3ni9-2 4h8r-2 6ts9-2 6q35-2 3v3r-2 4h8r-1 5f82-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#164 - 2013年8月セロトニン受容体 (Serotonin Receptor) 類似性 (3) #187 - 2015年7月ニューデリーメタロβラクタマーゼ (New Delhi Metallo-β-Lactamase) 類似性 (2) #29 - 2002年5月ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Extended-spectrum beta-lactamase GES-14

B: Extended-spectrum beta-lactamase GES-14

ヘテロ分子

70.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Extended-spectrum beta-lactamase GES-14

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
35.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Extended-spectrum beta-lactamase GES-14

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
35.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	70.745, 84.098, 85.026
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P22₁2₁

#1: タンパク質	Extended-spectrum beta-lactamase GES-14 分子量: 31236.492 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Acinetobacter baumannii (バクテリア) 遺伝子: blaGES-14 / プラスミド: pet28a/blaGES-14 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: D3X610, beta-lactamase
#2: 化合物	... ChemComp-IOD / IODIDE ION / ヨ-ジド分子量: 126.904 Da / 分子数: 55 / 由来タイプ: 合成 / 式: I
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 280 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.02 Å³/Da / 溶媒含有率: 39.24 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.1 M Na iodide, 30 % PEG 3350, 5 % Glycerol, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: ENRAF-NONIUS FR591 / 波長: 1.5418 Å
検出器	タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2011年7月7日 / 詳細: mirror
放射	モノクロメーター: mirror / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→19.61 Å / Num. all: 40716 / Num. obs: 40657 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.1 % / B_iso Wilson estimate: 18.3 Å² / R_sym value: 0.124 / Net I/σ(I): 11.6
反射シェル	解像度: 1.9→2 Å / 冗長度: 7 % / Mean I/σ(I) obs: 3.6 / Num. unique all: 5838 / R_sym value: 0.608 / % possible all: 97.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MAR345dtb		データ収集
PHASER		位相決定
REFMAC	5.5.0110	精密化
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2QPN

2qpn

解像度: 1.9→19.61 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.959 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.936 / SU B: 5.9 / SU ML: 0.099 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.138 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.20473	2042	5 %	RANDOM
R_work	0.16314	-	-	-
all	0.16525	40716	-	-
obs	0.16525	38560	99.85 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 21.629 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-3.07 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	2.78 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.28 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→19.61 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4060	0	121	280	4461

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.022	4428
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	3102
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.22	1.974	6025
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.865	3	7588
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.49	5	603
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.519	23.692	195
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.426	15	789
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.984	15	40
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.069	0.2	685
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	4967
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	895
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.363	1.5	2748
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.096	1.5	1124
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.647	2	4458
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.19	3	1680
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.902	4.5	1529
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.236	133	-
R_work	0.212	2784	-
obs	-	2784	99.97 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.0728	0.0798	1.4425	0.7496	-0.0789	2.8298	-0.0697	0.1359	0.1557	-0.0886	-0.0228	0.1262	-0.093	-0.0826	0.0925	0.2553	0.0083	-0.0204	0.1225	0.0109	0.1666	30.928	23.515	3.339
2	1.2294	-0.5667	0.3842	0.7268	-0.3793	0.5471	0.0665	-0.2005	-0.1299	0.0408	0.0267	0.019	0.0657	-0.1053	-0.0932	0.282	-0.0156	-0.0039	0.0927	0.0221	0.1433	50.701	9.389	20.196
3	2.933	0.1406	0.3969	0.3955	-0.1352	0.5292	0.0666	-0.072	-0.2309	0.0293	-0.0129	0.0178	0.1072	-0.1487	-0.0537	0.2772	0.0042	-0.0264	0.0479	0.0199	0.1471	58.006	8.266	18.06
4	4.9007	-1.6685	-0.1983	3.2956	2.1792	4.2897	0.145	-0.2049	-0.368	-0.0538	-0.0044	0.1811	0.1653	-0.1022	-0.1407	0.2891	-0.0336	-0.0386	0.059	0.0691	0.1993	39.606	5.232	16.209
5	1.9358	0.2231	0.5174	0.5555	-0.1812	0.7657	-0.0071	-0.1176	0.1307	0.0291	-0.0394	0.0511	-0.0356	-0.0427	0.0465	0.227	0.002	-0.0145	0.0632	-0.004	0.1217	44.775	21.895	15.122
6	3.5874	-1.0552	-1.0397	4.4242	2.9977	6.5608	0.0321	-0.1411	0.3456	-0.0667	-0.0466	0.044	-0.2905	-0.0447	0.0145	0.1867	0.0043	-0.0375	0.0775	0.0226	0.142	41.821	24.516	10.193
7	2.5978	-0.2753	0.4151	2.1327	0.8343	3.0459	-0.0114	0.3741	0.1889	-0.2479	-0.0341	-0.0072	-0.025	0.1961	0.0455	0.2147	-0.008	-0.0336	0.1336	0.0239	0.0978	39.942	22.293	0.839
8	4.0416	-3.1555	2.1428	6.3786	-4.0529	1.7817	0.2553	0.5977	-0.0565	-0.1559	-0.3515	-0.1942	0.0811	0.2448	0.0963	0.3345	0.0308	0.021	0.173	-0.0607	0.1435	91.422	9.546	-1.325
9	2.2944	0.3981	-0.8735	1.6621	-0.3229	2.2409	0.0501	0.0379	0.1841	-0.0406	-0.1119	-0.1748	0.1286	0.2073	0.0618	0.2787	0.0037	-0.004	0.0382	-0.0286	0.1995	88.298	18.82	11.029
10	1.0117	-0.0481	-1.9681	2.42	0.2631	4.6021	-0.0503	-0.2953	0.2009	0.4008	0.1789	-0.1622	-0.1455	-0.0047	-0.1287	0.3478	0.0652	-0.0489	0.1319	-0.0641	0.2321	72.908	29.252	24.684
11	2.7277	-0.7709	-0.121	2.401	1.5275	1.8554	0.0504	0.1034	0.2265	-0.1782	-0.0275	0.1091	0.0189	-0.1509	-0.023	0.2715	-0.0123	-0.0047	0.0261	0.0078	0.1881	62.197	35.026	13.379
12	2.2302	-0.4465	0.4218	0.6591	0.2647	0.2573	-0.0443	0.0609	0.1678	0.0196	0.0443	-0.0257	-0.0017	0.0414	0	0.2753	0.0068	-0.0046	0.015	-0.0121	0.1566	66.735	31.275	15.095
13	3.3555	-0.7477	1.6813	3.1348	-0.4982	4.493	0.0956	0.2011	0.2061	-0.2711	0.0279	-0.3121	-0.0717	0.235	-0.1235	0.2799	0.0011	0.0341	0.0177	-0.0089	0.2661	82.714	32.917	9.255
14	1.6181	-0.1844	-0.0325	1.214	0.2003	0.7208	0.0267	0.0429	-0.0089	-0.0521	-0.0262	-0.0468	0.0453	0.0003	-0.0005	0.236	0.0081	-0.0058	0.0154	-0.006	0.1347	79.011	14.341	11.668

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	19 - 56
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	57 - 99
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	100 - 140
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	141 - 172
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	173 - 232
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	233 - 250
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	251 - 284
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	20 - 38
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	39 - 66
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	67 - 84
11	X-RAY DIFFRACTION	11	B	85 - 99
12	X-RAY DIFFRACTION	12	B	100 - 146
13	X-RAY DIFFRACTION	13	B	147 - 174
14	X-RAY DIFFRACTION	14	B	175 - 284

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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