PDB-5f82: Apo GES-5 C69G mutant

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5f82

タイトル

Apo GES-5 C69G mutant

要素

Beta-lactamase

キーワード

HYDROLASE / carbapenemase / antibiotic resistance

機能・相同性

機能・相同性情報

beta-lactam antibiotic catabolic process / beta-lactamase / beta-lactamase activity / response to antibiotic
類似検索 - 分子機能

生物種

Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 0.96 Å

データ登録者

Smith, C.A. / Vakulenko, S.B.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2016
タイトル: Role of the Conserved Disulfide Bridge in Class A Carbapenemases.
著者: Smith, C.A. / Nossoni, Z. / Toth, M. / Stewart, N.K. / Frase, H. / Vakulenko, S.B.

履歴

登録	2015年12月8日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年9月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年9月21日	Group: Database references
改定 1.2	2016年10月26日	Group: Database references
改定 1.3	2024年3月6日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / diffrn_detector / pdbx_struct_oper_list Item: _citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_detector.type / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5f82.cif.gz	353.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5f82.ent.gz	293.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5f82.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f8/5f82 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f8/5f82	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5f83C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6h2a-1 1pau-d 4de1-1 3ni9-2 4pma-d 6d7h-d 4h8r-1 5f83-2 3tsg-1 5gl9-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#164 - 2013年8月セロトニン受容体 (Serotonin Receptor) 類似性 (3) #187 - 2015年7月ニューデリーメタロβラクタマーゼ (New Delhi Metallo-β-Lactamase) 類似性 (2) #29 - 2002年5月ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Beta-lactamase

B: Beta-lactamase

ヘテロ分子

63.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Beta-lactamase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
31.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Beta-lactamase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
31.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	42.711, 80.939, 71.052
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 101.36, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Beta-lactamase / GES-5 分子量: 31176.375 Da / 分子数: 2 / 変異: C69G / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 遺伝子: blaGES-5 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0EL75, beta-lactamase
#2: 化合物	ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES 分子量: 238.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₈N₂O₄S / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 935 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.93 Å³/Da / 溶媒含有率: 36.3 %
結晶化	温度: 278 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 0.2 M D,L-malic acid, 20% PEG3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL14-1 / 波長: 0.9495 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年6月27日
放射	モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9495 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 0.96→37.2 Å / Num. obs: 280826 / % possible obs: 97.6 % / 冗長度: 3.5 % / Net I/σ(I): 13.6
反射シェル	解像度: 0.96→0.98 Å / 冗長度: 2.6 % / R_merge(I) obs: 0.502 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / % possible all: 73.5

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
Aimless		データスケーリング
MOLREP		位相決定
PDB_EXTRACT	3.15	データ抽出
XDS		データ削減
Blu-Ice		データ収集

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 0.96→37.192 Å / SU ML: 0.07 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.67 / 位相誤差: 10.91 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1339	14245	5.07 %	RANDOM
R_work	0.1179	-	-	-
obs	0.1187	281215	97.8 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 0.96→37.192 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4043	0	45	935	5023

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	4438
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.399	6059
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.588	1715
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.077	690
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	791

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
0.96-0.9709	0.2446	330	0.2393	6345	X-RAY DIFFRACTION	70
0.9709-0.9823	0.2289	353	0.2139	7096	X-RAY DIFFRACTION	78
0.9823-0.9943	0.2082	445	0.1973	8516	X-RAY DIFFRACTION	94
0.9943-1.0069	0.1975	467	0.1769	9073	X-RAY DIFFRACTION	100
1.0069-1.0202	0.1747	506	0.1622	9052	X-RAY DIFFRACTION	100
1.0202-1.0341	0.1643	487	0.1511	9050	X-RAY DIFFRACTION	100
1.0341-1.0489	0.1657	478	0.1383	9019	X-RAY DIFFRACTION	100
1.0489-1.0646	0.1435	484	0.1323	9087	X-RAY DIFFRACTION	100
1.0646-1.0812	0.1461	455	0.1232	9040	X-RAY DIFFRACTION	100
1.0812-1.0989	0.1346	510	0.1209	9075	X-RAY DIFFRACTION	100
1.0989-1.1179	0.1296	488	0.1113	9033	X-RAY DIFFRACTION	100
1.1179-1.1382	0.1161	458	0.1076	9079	X-RAY DIFFRACTION	100
1.1382-1.1601	0.118	493	0.1021	9089	X-RAY DIFFRACTION	100
1.1601-1.1838	0.1292	484	0.1008	9072	X-RAY DIFFRACTION	100
1.1838-1.2095	0.1072	493	0.0998	9015	X-RAY DIFFRACTION	100
1.2095-1.2377	0.113	512	0.1015	9029	X-RAY DIFFRACTION	100
1.2377-1.2686	0.121	525	0.1016	9017	X-RAY DIFFRACTION	100
1.2686-1.3029	0.1202	467	0.1019	9061	X-RAY DIFFRACTION	100
1.3029-1.3413	0.1124	501	0.1018	9038	X-RAY DIFFRACTION	99
1.3413-1.3845	0.1132	471	0.1011	9095	X-RAY DIFFRACTION	100
1.3845-1.434	0.1116	463	0.1005	9051	X-RAY DIFFRACTION	100
1.434-1.4914	0.1193	511	0.0989	9053	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4914-1.5593	0.1156	522	0.0992	9051	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5593-1.6415	0.1153	454	0.1021	9160	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6415-1.7444	0.1313	485	0.1089	9045	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7444-1.8791	0.1298	459	0.1167	9151	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8791-2.0682	0.1326	508	0.1172	9085	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0682-2.3674	0.1232	454	0.1126	9166	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3674-2.9825	0.138	485	0.1214	9112	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9825-37.2195	0.1493	497	0.1292	9215	X-RAY DIFFRACTION	99

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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