PDB-7czg: Crystal structure of FIP200 Claw domain apo form

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7czg

タイトル

Crystal structure of FIP200 Claw domain apo form

要素

RB1-inducible coiled-coil protein 1

キーワード

SIGNALING PROTEIN / autophagy / FIP200

機能・相同性

機能・相同性情報

Atg1/ULK1 kinase complex / ribophagy / glycophagy / phagophore assembly site membrane / autophagy of mitochondrion / pexophagy / piecemeal microautophagy of the nucleus / phagophore assembly site / reticulophagy / Macroautophagy ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Zhou, Z.X. / Pan, L.F.

資金援助

中国, 2件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021
タイトル: Phosphorylation regulates the binding of autophagy receptors to FIP200 Claw domain for selective autophagy initiation.
著者: Zhou, Z. / Liu, J. / Fu, T. / Wu, P. / Peng, C. / Gong, X. / Wang, Y. / Zhang, M. / Li, Y. / Wang, Y. / Xu, X. / Li, M. / Pan, L.

履歴

登録	2020年9月8日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2021年3月31日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月29日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7czg.cif.gz	216.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7czg.ent.gz	143.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7czg.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	7czg_validation.pdf.gz	462.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7czg_full_validation.pdf.gz	463.7 KB	表示
XML形式データ	7czg_validation.xml.gz	18.1 KB	表示
CIF形式データ	7czg_validation.cif.gz	25.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cz/7czg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cz/7czg	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	7czmC 7d0eC 6dceS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2j98-d 2g80-1 6d09-d 5wwe-d 3ofs-4 1ovz-2 5ap2-d 3ktm-8 3d7c-d 4lg3-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#203 - 2016年11月アミノペプチダーゼ1とオートファジー (Aminopeptidase 1 and Autophagy) 類似性 (1)

登録構造単位

A: RB1-inducible coiled-coil protein 1

B: RB1-inducible coiled-coil protein 1

C: RB1-inducible coiled-coil protein 1

D: RB1-inducible coiled-coil protein 1

ヘテロ分子

49.9 kDa, 4 ポリマー
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1

A: RB1-inducible coiled-coil protein 1

C: RB1-inducible coiled-coil protein 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: equilibrium centrifugation
24.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: RB1-inducible coiled-coil protein 1

D: RB1-inducible coiled-coil protein 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
25 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	64.544, 75.616, 99.364
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁
Space group name Hall	P2ac2ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x+1/2,-y,z+1/2

#1: タンパク質	RB1-inducible coiled-coil protein 1 / FAK family kinase-interacting protein of 200 kDa / FIP200 分子量: 12387.336 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RB1CC1, KIAA0203, RBICC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8TDY2
#2: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 209 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.48 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.44 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: Sodium citrate tribasic dihydrate pH 5.0, Jeffamine ED-2001 pH 7.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.97918 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年12月15日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.8→60.17 Å / Num. obs: 41526 / % possible obs: 90.6 % / 冗長度: 12.9 % / B_iso Wilson estimate: 27.14 Å² / CC_1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 16.7
反射シェル	解像度: 1.8→1.9 Å / Num. unique obs: 5232 / CC_1/2: 0.89

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.14_3260	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6DCE

6dce

解像度: 1.8→39.37 Å / SU ML: 0.1986 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 27.0055

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2295	1995	4.83 %
R_work	0.1892	39350	-
obs	0.1912	41345	90.45 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 41.21 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→39.37 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3188	0	21	209	3418

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0058	3283
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.7971	4420
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0551	482
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0056	549
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.3369	1980

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.8-1.85	0.3542	175	0.3066	3043	X-RAY DIFFRACTION	99.84
1.85-1.9	0.3219	91	0.2932	1760	X-RAY DIFFRACTION	99.2
1.9-1.95	0.3002	163	0.2512	3059	X-RAY DIFFRACTION	99.48
1.95-2.01	0.2284	163	0.2126	3019	X-RAY DIFFRACTION	99.78
2.01-2.09	0.2808	109	0.2154	2156	X-RAY DIFFRACTION	70.12
2.09-2.17	0.2883	136	0.196	3088	X-RAY DIFFRACTION	99.94
2.17-2.27	0.2466	119	0.198	2455	X-RAY DIFFRACTION	79.32
2.27-2.39	0.2553	139	0.206	3104	X-RAY DIFFRACTION	99.75
2.39-2.54	0.2553	166	0.2034	3067	X-RAY DIFFRACTION	99.85
2.54-2.73	0.2773	92	0.2282	1864	X-RAY DIFFRACTION	60.24
2.73-3.01	0.2153	153	0.2021	3145	X-RAY DIFFRACTION	100
3.01-3.44	0.2469	157	0.1871	3135	X-RAY DIFFRACTION	100
3.44-4.34	0.1929	165	0.1533	3169	X-RAY DIFFRACTION	99.97
4.34-39.37	0.1927	167	0.1705	3286	X-RAY DIFFRACTION	99.2

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.41043391006	-1.60588634814	-0.387371252587	3.96390786904	0.507945618397	3.09367533839	0.0384254587741	-0.648065752836	-0.0592715952116	0.251086940757	-0.179324818038	0.243099469888	0.524050927165	-0.420097802005	0.145152812149	0.330942691254	-0.0558797201957	-0.0186795801095	0.415733874903	0.0048407219713	0.237480541007	2.6816095402	-9.58257025916	-34.3912508299
2	5.498709484	1.09154194624	-1.37123465281	2.47666020758	-0.637549757031	6.84372857098	-0.0518774214051	0.372415531958	0.223706520794	-0.190498019999	0.189759607356	0.190827986979	-0.199481191298	-0.176642075973	0.00715391543275	0.249636905212	-0.00188213859915	-0.0444460538232	0.24459661508	0.0320322690743	0.221560776587	8.7259998434	-7.87335405612	-49.1737798865
3	3.02817333703	0.804083258762	0.72270654719	2.49125504709	0.434429195742	2.05045946474	0.0860648848894	0.135292476936	-0.165084414022	-0.159630730735	0.0202772481588	-0.163899888262	0.279579365033	-0.0840031853016	-0.0933454489847	0.26145600573	-0.0144353053738	-0.0270741042903	0.23355169725	-0.00369109964303	0.234809610652	10.4050827293	-11.4054340274	-44.6462790902
4	1.81363451722	-1.34017636856	0.685927444726	6.83534203663	-1.60764139395	6.67922647437	0.0474953634012	0.407512009114	-0.391763933511	-0.399741060823	-0.105808159758	-0.740163482603	0.915762493187	0.438902213336	0.085072966747	0.325690413009	0.0603146347965	-0.0408287465472	0.458976847465	-0.0688100760605	0.404461300916	4.9529002252	-14.3689248625	-56.5475529095
5	4.86732544777	-0.262693828022	1.3842670454	1.22971837872	-0.20154736429	2.06967862275	0.296944368534	-0.416806563302	-0.503582399299	0.132133659255	-0.0889111404376	-0.0990361289295	0.228914203406	-0.10217065359	-0.184291596989	0.278185748511	-0.024847427187	-0.0365836672932	0.262481175138	-0.000642467485569	0.265735494765	10.3370817839	-14.0033139307	-40.7286550306
6	8.12098246866	-0.921825500255	1.67264791171	6.19034703392	1.17271085804	8.95545253932	-0.303619092857	1.36100611033	-0.179004821209	-0.689322399486	-0.21169233224	-0.70228675204	0.386511254814	1.03276452783	0.414990133219	0.341493687792	-0.000176534692504	0.0624388092189	0.516576790318	0.0394215366842	0.383294993521	24.4312999346	-7.55955908958	-48.9142279665
7	2.98135597122	0.628236074004	-0.174699879011	5.03188873174	0.0192708088069	4.03879440922	0.103158705851	-0.264123862342	-0.55245566057	-0.0527415930023	-0.204019537192	0.0564234470557	0.598081438661	-0.393151332859	-0.0116287331726	0.280183772124	-0.0318113347437	-0.0366362173772	0.257846458652	-0.00240405683379	0.235925392588	9.4826878223	-14.7814126741	-41.5267531233
8	4.25744654708	0.146078286991	-0.233936958713	1.15574579297	-0.451324000423	3.423562419	-0.127789134649	-0.0591875423547	0.133939865131	-0.0256402424812	0.119517674837	0.0111184421592	0.0331260472136	0.0982385534624	-0.000669207982022	0.226403380185	-0.0055671417121	-0.0126614569667	0.163029615085	-0.00513444093158	0.205778572282	-3.93282437082	-6.53815117362	-74.5354282731
9	4.38540722291	0.0775791762927	-1.14963338901	2.69142403524	1.10683716507	4.51733236084	-0.23003380122	-0.341705407379	-0.140827791016	0.330658164681	0.113342813626	0.113458082257	0.416629590252	-0.188871666609	0.138409508137	0.279743492102	0.0229416783439	0.0310573813314	0.231162740855	0.0124465514116	0.227000970236	-8.97381610761	-9.63023554194	-69.7181011706
10	2.258299096	0.456074527864	1.70928748699	6.60191867074	1.7564631134	1.61452903067	0.0380350619349	-1.12142234621	-0.604043656222	0.692389891826	-0.288609612862	0.482313489705	1.5333305056	0.149565332548	0.232817726129	0.574859469271	0.00380243645063	0.05418258587	0.532459595687	0.102063871854	0.391596230303	-4.53809319962	-15.7309824587	-57.2853096587
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精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1493 through 1505 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 1506 through 1520 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 1521 through 1538 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 1539 through 1553 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 1554 through 1566 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 1567 through 1580 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 1581 through 1591 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 1493 through 1515 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 1516 through 1538 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 1539 through 1553 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 1554 through 1580 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 1581 through 1592 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'C' and (resid 1487 through 1512 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'C' and (resid 1513 through 1534 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'C' and (resid 1535 through 1553 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'C' and (resid 1554 through 1566 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'C' and (resid 1567 through 1580 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'C' and (resid 1581 through 1592 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'D' and (resid 1487 through 1505 )
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'D' and (resid 1506 through 1534 )
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'D' and (resid 1535 through 1553 )
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'D' and (resid 1554 through 1566 )
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'D' and (resid 1567 through 1592 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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