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データを開く
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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7cy2 | ||||||
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タイトル | The open conformation of MSMEG_1954 from Mycobacterium smegmatis | ||||||
![]() | ABC1 family protein | ||||||
![]() | ![]() ![]() ![]() | ||||||
機能・相同性 | ABC1 atypical kinase-like domain / ADCK3-like domain / ABC1 atypical kinase-like domain / Protein kinase-like domain superfamily / ABC1 family protein![]() | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Zhang, Q. / Rao, Z.H. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Conformational Changes in a Macrolide Antibiotic Binding Protein From Mycobacterium smegmatis Upon ADP Binding. 著者: Zhang, Q. / Liu, X. / Liu, H. / Zhang, B. / Yang, H. / Mi, K. / Guddat, L.W. / Rao, Z. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 145 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 112 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 47915.148 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: MSMEG_1954 発現宿主: ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: A0QTT2 |
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#2: 化合物 | ChemComp-SO4 / ![]() |
#3: 水 | ChemComp-HOH / ![]() |
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
配列の詳細 | The protein was expression with following sequence: ...The protein was expression with following sequence: MSPILGYWKI |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.5 % |
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結晶化![]() | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 0.2M ammonium sulfate, 0.1M Tris (pH8.5), 25% w/v PEG 3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年12月18日 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.75→50 Å / Num. obs: 12763 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 24.5 % / Biso Wilson estimate: 44.45 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.122 / Rpim(I) all: 0.025 / Rrim(I) all: 0.125 / Χ2: 1.123 / Net I/σ(I): 5.6 / Num. measured all: 312083 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法![]() ![]() 開始モデル: 5YJZ 解像度: 2.75→49.94 Å / FOM work R set: 0.7872 / SU ML: 0.36 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.57 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 184.78 Å2 / Biso mean: 55.75 Å2 / Biso min: 12.07 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.75→49.94 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: -30.8371 Å / Origin y: -9.2898 Å / Origin z: -12.7848 Å
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精密化 TLSグループ |
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