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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7cz2 | ||||||
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タイトル | The complex structure of MSMEG_1954-ADP from Mycobacterium smegmatis | ||||||
要素 | ABC1 family protein | ||||||
キーワード | TRANSPORT PROTEIN (運搬体タンパク質) / antibiotic binding (抗生物質) / ADP binding (アデノシン二リン酸) | ||||||
機能・相同性 | ABC1 atypical kinase-like domain / ADCK3-like domain / ABC1 atypical kinase-like domain / Protein kinase-like domain superfamily / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ABC1 family protein 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Mycolicibacterium smegmatis (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å | ||||||
データ登録者 | Zhang, Q. / Rao, Z.H. | ||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: Front Microbiol / 年: 2021 タイトル: Conformational Changes in a Macrolide Antibiotic Binding Protein From Mycobacterium smegmatis Upon ADP Binding. 著者: Zhang, Q. / Liu, X. / Liu, H. / Zhang, B. / Yang, H. / Mi, K. / Guddat, L.W. / Rao, Z. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7cz2.cif.gz | 89.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7cz2.ent.gz | 63.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7cz2.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cz/7cz2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cz/7cz2 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 47915.148 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Mycolicibacterium smegmatis (strain ATCC 700084 / mc(2)155) (バクテリア) 遺伝子: MSMEG_1954 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: A0QTT2 | ||||||||
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#2: 化合物 | ChemComp-ADP / | ||||||||
#3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-GOL / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | 配列の詳細 | The protein was expression with following sequence: ...The protein was expression with following sequence: MSPILGYWKI | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.09 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 0.2M calcium acetate hydrate, 0.1M sodium cacodylate trihydrate (pH6.5), 18% PEG 8000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.97853 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年1月24日 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.97853 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.8→50 Å / Num. obs: 38277 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 9.9 % / Rmerge(I) obs: 0.068 / Rpim(I) all: 0.023 / Rrim(I) all: 0.072 / Χ2: 0.979 / Net I/σ(I): 7.8 / Num. measured all: 377947 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 5YJZ 解像度: 1.8→38.66 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.95 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.927 / SU B: 2.709 / SU ML: 0.084 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.121 / ESU R Free: 0.117 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 108.01 Å2 / Biso mean: 27.533 Å2 / Biso min: 4.38 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.8→38.66 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.801→1.848 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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