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万見
- PDB-4rtp: Complex of Escherichia coli DNA Adenine Methyltransferase (DAM) w... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4rtp
タイトルComplex of Escherichia coli DNA Adenine Methyltransferase (DAM) with AdoMet and with DNA Containing Proximal Pap Regulon Sequence
要素
  • DNA (5'-D(*AP*CP*GP*AP*TP*CP*TP*TP*TP*AP*A)-3')
  • DNA (5'-D(*TP*TP*TP*AP*AP*AP*GP*AP*TP*CP*G)-3')
  • DNA adenine methylase
キーワードTransferase/DNA / DAM METHYLATION / GATC RECOGNITION / BASE FLIPPING / BACTERIAL VIRULENCE / methylation-independent transcriptional repressor / Transferase-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


bacterial-type DNA replication initiation / macromolecule modification / site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific) / site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific) activity / S-adenosyl-L-methionine binding / mismatch repair / response to UV / DNA-templated DNA replication / methylation / sequence-specific DNA binding
類似検索 - 分子機能
Adenine-specific Methyltransferase; domain 2 / Adenine-specific Methyltransferase, Domain 2 / Adenine modification methylase, M.EcoRV-type / D12 class N6 adenine-specific DNA methyltransferase / Adenine-specific methyltransferase, domain 2 / D12 class N6 adenine-specific DNA methyltransferase / N-6 Adenine-specific DNA methylases signature. / DNA methylase, N-6 adenine-specific, conserved site / Vaccinia Virus protein VP39 / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily ...Adenine-specific Methyltransferase; domain 2 / Adenine-specific Methyltransferase, Domain 2 / Adenine modification methylase, M.EcoRV-type / D12 class N6 adenine-specific DNA methyltransferase / Adenine-specific methyltransferase, domain 2 / D12 class N6 adenine-specific DNA methyltransferase / N-6 Adenine-specific DNA methylases signature. / DNA methylase, N-6 adenine-specific, conserved site / Vaccinia Virus protein VP39 / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
S-ADENOSYLMETHIONINE / DNA / DNA (> 10) / : / DNA adenine methylase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.39 Å
データ登録者Horton, J.R. / Cheng, X.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2015
タイトル: Structures of Escherichia coli DNA adenine methyltransferase (Dam) in complex with a non-GATC sequence: potential implications for methylation-independent transcriptional repression.
著者: Horton, J.R. / Zhang, X. / Blumenthal, R.M. / Cheng, X.
履歴
登録2014年11月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年4月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年4月22日Group: Database references
改定 1.22015年5月20日Group: Database references
改定 1.32023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA adenine methylase
F: DNA (5'-D(*TP*TP*TP*AP*AP*AP*GP*AP*TP*CP*G)-3')
G: DNA (5'-D(*AP*CP*GP*AP*TP*CP*TP*TP*TP*AP*A)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,4344
ポリマ－41,0353
非ポリマー3981
水45025
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)35.817, 63.225, 144.102
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 DNA adenine methylase


分子量: 34330.961 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K-12 substr. MDS42 / 遺伝子: dam, ECMDS42_2833 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): HMS174(DE3) / 参照: UniProt: H0Q7C9, UniProt: P0AEE8*PLUS
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*TP*TP*TP*AP*AP*AP*GP*AP*TP*CP*G)-3')


分子量: 3372.234 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(*AP*CP*GP*AP*TP*CP*TP*TP*TP*AP*A)-3')


分子量: 3332.210 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#4: 化合物 ChemComp-SAM / S-ADENOSYLMETHIONINE


分子量: 398.437 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H22N6O5S
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 25 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細AUTHOR STATES THAT RESIDUES 175 WERE MODELED AS SER INSTEAD OF ALA BECAUSE OF EXTRA DENSITY.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.13 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.8
詳細: 20% PEG200, 100mM KCl, 10mM MgSO4, 100mM HEPES buffer, pH 6.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2006年12月15日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.39→34.8 Å / Num. all: 13573 / Num. obs: 13573 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.9 % / Biso Wilson estimate: 50 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.069 / Net I/σ(I): 17.3
反射 シェル解像度: 2.39→2.48 Å / 冗長度: 6.3 % / Rmerge(I) obs: 0.311 / Mean I/σ(I) obs: 6.5 / Num. unique all: 1312 / % possible all: 99.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SERGUIデータ収集
GLRF位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.9_1692)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 2G1P

2g1p


解像度: 2.39→34.759 Å / SU ML: 0.26 / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 25.2 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2486 684 5.06 %RANDOM
Rwork0.2165 ---
obs0.2182 13526 99.36 %-
all-13526 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.39→34.759 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1936 445 27 25 2433
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0022523
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5453528
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.04920
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.024382
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003380
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.39-2.57450.32291280.25512530X-RAY DIFFRACTION100
2.5745-2.83350.27911390.27422512X-RAY DIFFRACTION100
2.8335-3.24320.30161490.25062536X-RAY DIFFRACTION100
3.2432-4.08510.2421220.19962590X-RAY DIFFRACTION100
4.0851-34.76310.21751460.19812674X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.01952.41353.47851.60412.17662.9533-0.33380.99830.1085-0.3290.18170.99180.3062-0.01460.12850.52540.0367-0.07040.60070.06170.6244-13.24323.223991.8708
23.4582-1.1216-0.7285.02880.80934.68510.27010.2842-0.8442-0.58480.04940.98230.4505-0.6989-0.28610.4408-0.0446-0.17330.35780.0590.6142-9.3548-7.321194.4852
36.48052.5017-0.62146.2796-1.24936.74690.0058-1.11120.36261.53840.00370.8017-0.2368-0.76240.11740.39480.08050.07280.5854-0.00750.4155-10.291210.2795111.1808
46.60910.0377-2.42415.5004-1.86435.5449-0.0358-0.23460.45580.41930.125-0.1538-0.32270.1338-0.09110.24530.0386-0.02510.248-0.03940.3247-0.255712.213104.0441
54.96411.0199-1.65316.0121-1.09854.453-0.0804-0.15270.64550.30110.22870.0642-0.5269-0.3012-0.21340.39930.0641-0.04230.26760.00940.2601-3.236314.503199.6244
66.8441-3.16310.54129.06232.22144.69740.0545-0.617-1.38620.489-0.0261.58770.6492-0.622-0.03380.3835-0.107-0.05570.49250.12450.5718-11.9402-5.3583103.0917
75.112-1.53520.64942.68221.17364.91340.3920.82-0.6994-0.7492-0.33530.20020.85270.4293-0.13050.7270.1816-0.08580.6336-0.14580.5065-0.9195-9.987183.4524
81.0218-0.0865-1.27642.00590.90031.85470.33260.6635-0.2376-1.2095-0.37480.54120.9107-0.28420.08871.30760.4899-0.18851.2669-0.20060.5144-5.4756-6.296571.8048
95.4335-3.9621-0.36549.00250.89892.67980.67540.8155-0.08531.0053-0.6363-0.61860.4369-0.20580.0830.78360.1049-0.31230.9385-0.17030.7124-10.0183-5.213275.5983
102.49680.2524-1.98762.3336-0.54182.6173-0.42251.27380.7669-0.51940.0259-0.36630.06270.0430.36740.4738-0.04730.08520.81740.190.770119.831818.707285.9639
112.2431-2.83750.26814.7734-1.25164.2346-0.04920.73970.9331-0.69580.1145-0.6654-0.00340.05020.09140.4834-0.09890.07520.76380.07740.759417.001918.555586.1399
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND RESID 3:17 )A3 - 17
2X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN A AND RESID 18:68 )A18 - 68
3X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN A AND RESID 69:87 )A69 - 87
4X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN A AND RESID 88:126 )A88 - 126
5X-RAY DIFFRACTION5( CHAIN A AND RESID 127:144 )A127 - 144
6X-RAY DIFFRACTION6( CHAIN A AND RESID 145:162 )A145 - 162
7X-RAY DIFFRACTION7( CHAIN A AND RESID 163:228 )A163 - 228
8X-RAY DIFFRACTION8( CHAIN A AND RESID 229:245 )A229 - 245
9X-RAY DIFFRACTION9( CHAIN A AND RESID 246:270 )A246 - 270
10X-RAY DIFFRACTION10( CHAIN F AND RESID 1:11 )F1 - 11
11X-RAY DIFFRACTION11( CHAIN G AND RESID 1:11 )G1 - 11

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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