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- PDB-7cq2: Crystal structure of Slx1-Slx4 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7cq2
タイトルCrystal structure of Slx1-Slx4
要素
  • SLX4 isoform 1
  • Structure-specific endonuclease subunit SLX1
キーワードHYDROLASE / endonuclease complex / Holliday Junction / SLX1-SLX4
機能・相同性
機能・相同性情報


Slx1-Slx4 complex / crossover junction DNA endonuclease activity / 5'-flap endonuclease activity / double-strand break repair via homologous recombination / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Structure-specific endonuclease subunit SLX1, C-terminal / Structure-specific endonuclease subunit Slx1 / : / GIY-YIG type nucleases (URI domain) / GIY-YIG endonuclease / GIY-YIG endonuclease superfamily / GIY-YIG catalytic domain / GIY-YIG domain profile. / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Structure-specific endonuclease subunit SLX1
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Xu, X. / Wang, M. / Sun, J. / Li, G. / Yang, N. / Xu, R.M.
資金援助 中国, 7件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31521002 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31870737 中国
Ministry of Science and Technology (MoST, China)2019YFA0508900 中国
Ministry of Science and Technology (MoST, China)2018YFA0107004 中国
Ministry of Science and Technology (MoST, China)2017YFA0103304 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31170704 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31470719 中国
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2021
タイトル: Structure specific DNA recognition by the SLX1-SLX4 endonuclease complex.
著者: Xu, X. / Wang, M. / Sun, J. / Yu, Z. / Li, G. / Yang, N. / Xu, R.M.
履歴
登録2020年8月8日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年6月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年12月29日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22024年5月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Structure-specific endonuclease subunit SLX1
B: Structure-specific endonuclease subunit SLX1
C: SLX4 isoform 1
D: SLX4 isoform 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)106,27810
ポリマ－105,8324
非ポリマー4466
水2,252125
1
A: Structure-specific endonuclease subunit SLX1
C: SLX4 isoform 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,1395
ポリマ－52,9162
非ポリマー2233
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2770 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area18430 Å2
手法PISA
2
B: Structure-specific endonuclease subunit SLX1
D: SLX4 isoform 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,1395
ポリマ－52,9162
非ポリマー2233
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2570 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area19880 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)61.284, 75.960, 186.966
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Structure-specific endonuclease subunit SLX1


分子量: 35900.621 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: SF file contains Friedel pairs.
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain YJM789) (パン酵母)
株: YJM789 / 遺伝子: SLX1, SCY_0436 / プラスミド: pCDF-Duet / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: A6ZLG6, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素
#2: タンパク質 SLX4 isoform 1


分子量: 17015.336 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: SLX4, GI526_G0003928 / プラスミド: pCDF-Duet / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A6A5PU22
#3: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 125 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.17 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.2 M potassium sodium tartrate tetrahydrate, 0.1M sodium cacodylate trihydrate, 20% PEG 3350 and 0.2 M NDSB-201

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年7月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→50 Å / Num. obs: 58698 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 5.5 % / Biso Wilson estimate: 44.74 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.104 / Χ2: 1.093 / Net I/σ(I): 9.4
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsΧ2Diffraction-ID% possible all
2.5-2.595.60.38330760.941198.3
2.59-2.695.60.32130530.992198.7
2.69-2.825.60.25931101.043199.1
2.82-2.965.60.20631111.095199.4
2.96-3.155.70.16230911.093199.5
3.15-3.395.60.12831701.081199.7
3.39-3.735.60.10731501.1199.9
3.73-4.275.50.09531961.086199.9
4.27-5.385.40.08932051.255199.6
5.38-505.40.0733731.237198.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX1.7.3_928精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.5→42.486 Å / SU ML: 0.34 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.91 / 位相誤差: 27.41 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2623 2951 5.14 %
Rwork0.2014 54466 -
obs0.2044 57417 98.41 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 37.442 Å2 / ksol: 0.326 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 102.3 Å2 / Biso mean: 54.04 Å2 / Biso min: 30.5 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-11.7622 Å20 Å2-0 Å2
2--6.4412 Å20 Å2
3----18.2034 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.5→42.486 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5928 0 16 125 6069
Biso mean--58.98 47.27 -
残基数----716
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0046111
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.748214
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.054883
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0031053
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.2532302
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.5-2.58940.32683050.2636539097
2.5894-2.6930.33062630.256544198
2.693-2.81560.32813110.2488544998
2.8156-2.9640.27152860.2293544799
2.964-3.14960.31783380.24545799
3.1496-3.39270.30082920.2171548699
3.3927-3.7340.25422890.1849548399
3.734-4.27380.23843010.1797546199
4.2738-5.38290.23632930.1719538997
5.3829-42.40.2182730.1913546398

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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