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万見
- PDB-5g15: Structure Aurora A (122-403) bound to activating monobody Mb1 and... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5g15
タイトルStructure Aurora A (122-403) bound to activating monobody Mb1 and AMPPCP
要素
  • AURORA A KINASE
  • MB1 MONOBODY
キーワードTRANSFERASE / AURORA A / MONOBODY / AMPPCP / KINASE / ACTIVATION / ALLOSTERY / CELL CYCLE / CANCER
機能・相同性
機能・相同性情報


Interaction between PHLDA1 and AURKA / regulation of centrosome cycle / axon hillock / spindle assembly involved in female meiosis I / cilium disassembly / spindle pole centrosome / chromosome passenger complex / positive regulation of oocyte maturation / pronucleus / mitotic centrosome separation ...Interaction between PHLDA1 and AURKA / regulation of centrosome cycle / axon hillock / spindle assembly involved in female meiosis I / cilium disassembly / spindle pole centrosome / chromosome passenger complex / positive regulation of oocyte maturation / pronucleus / mitotic centrosome separation / germinal vesicle / meiotic spindle / protein localization to centrosome / anterior/posterior axis specification / centrosome localization / neuron projection extension / spindle organization / positive regulation of mitochondrial fission / mitotic spindle pole / SUMOylation of DNA replication proteins / spindle midzone / regulation of G2/M transition of mitotic cell cycle / negative regulation of protein binding / centriole / protein serine/threonine/tyrosine kinase activity / positive regulation of mitotic nuclear division / positive regulation of mitotic cell cycle / TP53 Regulates Transcription of Genes Involved in G2 Cell Cycle Arrest / molecular function activator activity / AURKA Activation by TPX2 / liver regeneration / regulation of cytokinesis / regulation of signal transduction by p53 class mediator / mitotic spindle organization / FBXL7 down-regulates AURKA during mitotic entry and in early mitosis / APC/C:Cdh1 mediated degradation of Cdc20 and other APC/C:Cdh1 targeted proteins in late mitosis/early G1 / regulation of protein stability / kinetochore / response to wounding / spindle / spindle pole / G2/M transition of mitotic cell cycle / mitotic spindle / Regulation of PLK1 Activity at G2/M Transition / positive regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / mitotic cell cycle / peptidyl-serine phosphorylation / microtubule cytoskeleton / midbody / protein autophosphorylation / basolateral plasma membrane / Regulation of TP53 Activity through Phosphorylation / microtubule / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / eukaryotic translation initiation factor 2alpha kinase activity / 3-phosphoinositide-dependent protein kinase activity / DNA-dependent protein kinase activity / ribosomal protein S6 kinase activity / histone H3S10 kinase activity / histone H2AXS139 kinase activity / histone H3S28 kinase activity / histone H4S1 kinase activity / histone H2BS14 kinase activity / histone H3T3 kinase activity / histone H2AS121 kinase activity / Rho-dependent protein serine/threonine kinase activity / histone H2BS36 kinase activity / histone H3S57 kinase activity / histone H2AT120 kinase activity / AMP-activated protein kinase activity / histone H2AS1 kinase activity / histone H3T6 kinase activity / histone H3T11 kinase activity / histone H3T45 kinase activity / non-specific serine/threonine protein kinase / protein kinase activity / postsynaptic density / ciliary basal body / protein phosphorylation / protein heterodimerization activity / cell division / negative regulation of gene expression / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / apoptotic process / centrosome / ubiquitin protein ligase binding / negative regulation of apoptotic process / protein kinase binding / perinuclear region of cytoplasm / glutamatergic synapse / nucleoplasm / ATP binding / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Aurora kinase A / Aurora kinase / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain ...Aurora kinase A / Aurora kinase / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENYLATE ESTER / Aurora kinase A
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.06 Å
データ登録者Zorba, A. / Kutter, S. / Kern, D. / Koide, S. / Koide, A.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2019
タイトル: Allosteric modulation of a human protein kinase with monobodies.
著者: Zorba, A. / Nguyen, V. / Koide, A. / Hoemberger, M. / Zheng, Y. / Kutter, S. / Kim, C. / Koide, S. / Kern, D.
履歴
登録2016年3月23日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年3月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年5月8日Group: Data collection / Experimental preparation
カテゴリ: database_PDB_rev / database_PDB_rev_record / exptl_crystal_grow
Item: _exptl_crystal_grow.method / _exptl_crystal_grow.temp
改定 1.22019年7月24日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: audit_author / citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.32024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: AURORA A KINASE
B: MB1 MONOBODY
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,1818
ポリマ－43,2672
非ポリマー9146
水2,612145
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3440 Å2
ΔGint-74.7 kcal/mol
Surface area17040 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)75.339, 91.361, 143.715
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-2110-

HOH

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要素

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タンパク質 / 抗体 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 AURORA A KINASE / AURORA 2 / AURORA/IPL1-RELATED KINASE 1 / ARK-1 / AURORA-RELATED KINASE 1 / HARK1 / BREAST TUMOR- ...AURORA 2 / AURORA/IPL1-RELATED KINASE 1 / ARK-1 / AURORA-RELATED KINASE 1 / HARK1 / BREAST TUMOR-AMPLIFIED KINASE / SERINE/THREO -PROTEIN KINASE 15 / SERINE/THREONINE-PROTEIN KINASE 6 / SERINE/ THREONINE-PROTEIN KINASE AURORA-A / AURORA A KINASE


分子量: 32689.459 Da / 分子数: 1 / 断片: KINASE DOMAIN, UNP RESIDUES 122-403 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PET28A / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: O14965, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 抗体 MB1 MONOBODY


分子量: 10577.592 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物) / プラスミド: PET28A / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI BL21(DE3) (大腸菌)

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非ポリマー , 4種, 151分子

#3: 化合物 ChemComp-ACP / PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENYLATE ESTER / ADENOSINE-5'-[BETA, GAMMA-METHYLENE]TRIPHOSPHATE / β,γ-メチレンATP


分子量: 505.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H18N5O12P3
コメント: AMP-PCP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 145 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.86 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.04 % / 解説: NONE
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: AURORA A AND MONOBODIES WERE ALIQUOTED IN STORAGE BUFFER (20MM TRISHCL, 200MM NACL, 10% (V/V) GLYCEROL, 20MM MGCL2, 5MM TCEP, PH 7.50) AND KEPT AT -80C. AMPPCP WAS PREPARED FRESH FROM POWDER ...詳細: AURORA A AND MONOBODIES WERE ALIQUOTED IN STORAGE BUFFER (20MM TRISHCL, 200MM NACL, 10% (V/V) GLYCEROL, 20MM MGCL2, 5MM TCEP, PH 7.50) AND KEPT AT -80C. AMPPCP WAS PREPARED FRESH FROM POWDER THE DAY OF CRYSTALLIZATION IN CONCENTRATIONS OF 100-120MM IN STORAGE BUFFER. CRYSTALS OF AURA IN COMPLEX WITH AMPPCP AND ACTIVATING MONOBODY, MB1, WERE OBTAINED BY COMBINING 0.5UL OF [300UM AURA WITH 5MM AMPPCP AND 300UM MB1] WITH 0.5UL OF MOTHER LIQUOR (0.1M MES SODIUM SALT PH 6.50, 0.2M AMMONIUM SULFATE, 4% (V/V) 1,3-PROPANEDIOL, 30% (W/V) PEG8000). CRYSTALS WERE GROWN AT 18C BY VAPOR DIFFUSION AND THE SITTING DROP METHOD. THE CRYSTALS WERE WASHED WITH MOTHER LIQUOR AND FLASH FROZEN IN LIQUID NITROGEN IN PREPARATION FOR DATA COLLECTION.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.2 / 波長: 0.99992
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2015年5月9日
放射モノクロメーター: DOUBLE-CRYSTAL SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.99992 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.06→58.13 Å / Num. obs: 30879 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 1.8 / 冗長度: 7.2 % / Rmerge(I) obs: 0.13 / Net I/σ(I): 10.3
反射 シェル解像度: 2.06→2.12 Å / 冗長度: 7.2 % / Rmerge(I) obs: 1.21 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / % possible all: 99.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DIALSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
MOLREP位相決定
PHASER位相決定
REFMAC5.8.0135精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRIES 4C3R AND 3K2M

4c3r

3k2m


解像度: 2.06→77.1 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.937 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.912 / SU B: 7.946 / SU ML: 0.185 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.2 / ESU R Free: 0.184 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27388 1052 3.4 %RANDOM
Rwork0.22687 ---
obs0.22853 29755 99.71 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 34.133 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.02 Å20 Å20 Å2
2--0.01 Å20 Å2
3---0.01 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.06→77.1 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2873 0 52 145 3070
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0193019
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.022809
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9161.9834113
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.04636472
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.2355359
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.40222.857140
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.37915503
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.6111523
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1070.2445
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.0213337
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02717
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.9143.1891418
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.8953.1871417
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.454.7641771
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.5363.61600
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.064→2.118 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.405 81 -
Rwork0.425 2170 -
obs--99.08 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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