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- PDB-3kmw: Crystal structure of the ILK/alpha-parvin core complex (MgATP) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3kmw
タイトルCrystal structure of the ILK/alpha-parvin core complex (MgATP)
要素
  • Alpha-parvin
  • Integrin-linked kinase
キーワードCELL ADHESION / ANK repeat / ATP-binding / Cell junction / Cell membrane / Integrin-binding protein / Membrane / Nucleotide-binding / Phosphoprotein / Pseudokinase / Actin-binding / Alternative splicing / Cytoplasm / Cytoskeleton
機能・相同性
機能・相同性情報


smooth muscle cell chemotaxis / establishment or maintenance of cell polarity regulating cell shape / caveola assembly / protein localization to cell cortex / Regulation of cytoskeletal remodeling and cell spreading by IPP complex components / Localization of the PINCH-ILK-PARVIN complex to focal adhesions / actin-mediated cell contraction / negative regulation of neural precursor cell proliferation / positive regulation of signal transduction / nerve development ...smooth muscle cell chemotaxis / establishment or maintenance of cell polarity regulating cell shape / caveola assembly / protein localization to cell cortex / Regulation of cytoskeletal remodeling and cell spreading by IPP complex components / Localization of the PINCH-ILK-PARVIN complex to focal adhesions / actin-mediated cell contraction / negative regulation of neural precursor cell proliferation / positive regulation of signal transduction / nerve development / fibroblast migration / establishment or maintenance of epithelial cell apical/basal polarity / Cell-extracellular matrix interactions / cell projection organization / myelination in peripheral nervous system / outflow tract septum morphogenesis / positive regulation of BMP signaling pathway / neural precursor cell proliferation / sprouting angiogenesis / heterotypic cell-cell adhesion / branching involved in ureteric bud morphogenesis / establishment or maintenance of cell polarity / protein kinase inhibitor activity / outflow tract morphogenesis / cilium assembly / positive regulation of osteoblast differentiation / tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / positive regulation of substrate adhesion-dependent cell spreading / substrate adhesion-dependent cell spreading / sarcomere / cell-matrix adhesion / mitotic spindle organization / integrin-mediated signaling pathway / phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / cell morphogenesis / Z disc / platelet aggregation / integrin binding / positive regulation of canonical Wnt signaling pathway / lamellipodium / actin cytoskeleton / actin binding / actin cytoskeleton organization / cell cortex / protein-macromolecule adaptor activity / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / cell differentiation / protein kinase activity / protein stabilization / cadherin binding / signaling receptor binding / focal adhesion / positive regulation of cell population proliferation / centrosome / protein kinase binding / chromatin / positive regulation of DNA-templated transcription / magnesium ion binding / nucleoplasm / ATP binding / nucleus / membrane / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Integrin-linked protein kinase, pseudokinase domain / Parvin / Calponin-like domain / Actin-binding Protein, T-fimbrin; domain 1 / Calponin homology domain / Calponin homology (CH) domain / : / Calponin homology domain / CH domain superfamily / Calponin homology (CH) domain profile. ...Integrin-linked protein kinase, pseudokinase domain / Parvin / Calponin-like domain / Actin-binding Protein, T-fimbrin; domain 1 / Calponin homology domain / Calponin homology (CH) domain / : / Calponin homology domain / CH domain superfamily / Calponin homology (CH) domain profile. / Ankyrin repeats (3 copies) / Ankyrin repeat profile. / Ankyrin repeat region circular profile. / ankyrin repeats / Ankyrin repeat / Ankyrin repeat-containing domain superfamily / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / Scaffold protein ILK / Alpha-parvin
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Fukuda, K. / Qin, J.
引用ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2009
タイトル: The pseudoactive site of ILK is essential for its binding to alpha-Parvin and localization to focal adhesions.
著者: Fukuda, K. / Gupta, S. / Chen, K. / Wu, C. / Qin, J.
履歴
登録2009年11月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年12月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22021年10月13日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32023年9月6日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Integrin-linked kinase
B: Alpha-parvin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,3474
ポリマ－45,8152
非ポリマー5312
水5,567309
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1900 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area18590 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)44.134, 117.103, 47.393
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 101.96, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
詳細The heterodimeric complex observed in the asymmetric unit is relevant to the biological assembly unit in vivo.

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要素

#1: タンパク質 Integrin-linked kinase / ILK


分子量: 30972.014 Da / 分子数: 1
断片: C-terminal pseudokinase domain: UNP residues 183-452
変異: C346S, C422S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ILK, ILK1, ILK2 / プラスミド: pST39 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysS / 参照: UniProt: Q13418
#2: タンパク質 Alpha-parvin / Calponin-like integrin-linked kinase-binding protein / CH-ILKBP / Matrix-remodeling-associated ...Calponin-like integrin-linked kinase-binding protein / CH-ILKBP / Matrix-remodeling-associated protein 2 / Actopaxin


分子量: 14843.072 Da / 分子数: 1
断片: C-terminal calponin homology domain: UNP residues 248-372
由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PARVA, MXRA2 / プラスミド: pST39 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysS / 参照: UniProt: Q9NVD7
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP


分子量: 507.181 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O13P3 / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 309 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.96 %
結晶化温度: 277 K / pH: 6.8
詳細: 0.05 M Bis-Tris, 12% PEG 5000 MME, 5% 1-propyl alcohol, pH 6.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2008年12月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→46.36 Å / Num. obs: 31165 / % possible obs: 98.3 % / 冗長度: 5.53 % / Rsym value: 0.098 / Net I/σ(I): 12.2
反射 シェル解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 6.09 % / Mean I/σ(I) obs: 7.8 / Rsym value: 0.136 / % possible all: 98.8

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解析

ソフトウェア
名称分類
StructureStudioデータ収集
AMoRE位相決定
CNS精密化
d*TREKデータ削減
d*TREKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3KMU

3kmu


解像度: 2→46.36 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.203 1539 -RANDOM
Rwork0.199 ---
obs0.199 31052 98 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→46.36 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3157 0 32 309 3498
LS精密化 シェル解像度: 2→2.02 Å /
Rfactor反射数
Rfree0.2475 51
Rwork0.2296 -

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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