+
Open data
-
Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7cq3 | ||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | Crystal structure of Slx1-Slx4 | ||||||||||||||||||||||||
![]() |
| ||||||||||||||||||||||||
![]() | HYDROLASE / endonuclease complex / Holliday Junction / SLX1-SLX4 | ||||||||||||||||||||||||
Function / homology | ![]() Slx1-Slx4 complex / crossover junction DNA endonuclease activity / 5'-flap endonuclease activity / double-strand break repair via homologous recombination / Hydrolases; Acting on ester bonds / metal ion binding Similarity search - Function | ||||||||||||||||||||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||
![]() | Xu, X. / Wang, M. / Sun, J. / Li, G. / Yang, N. / Xu, R.M. | ||||||||||||||||||||||||
Funding support | ![]()
| ||||||||||||||||||||||||
![]() | ![]() Title: Structure specific DNA recognition by the SLX1-SLX4 endonuclease complex. Authors: Xu, X. / Wang, M. / Sun, J. / Yu, Z. / Li, G. / Yang, N. / Xu, R.M. | ||||||||||||||||||||||||
History |
|
-
Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
---|
-
Downloads & links
-
Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 208 KB | Display | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB format | ![]() | 163.5 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 1.3 MB | Display | ![]() |
---|---|---|---|---|
Full document | ![]() | 1.3 MB | Display | |
Data in XML | ![]() | 23.2 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 36.6 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 7cq2SC ![]() 7cq4C S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
---|---|
Similar structure data |
-
Links
-
Assembly
Deposited unit | ![]()
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
Unit cell |
|
-
Components
#1: Protein | Mass: 35900.621 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() Strain: YJM789 / Gene: SLX1, SCY_0436 / Plasmid: pCDF-Duet / Production host: ![]() ![]() References: UniProt: A6ZLG6, Hydrolases; Acting on ester bonds | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
#2: Protein | Mass: 10089.367 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() Gene: SLX4, GI526_G0003928 / Plasmid: pCDF-Duet / Production host: ![]() ![]() | ||||||
#3: Chemical | #4: Chemical | #5: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
---|
-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.81 Å3/Da / Density % sol: 56.16 % |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 289 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 8.5 Details: 0.2 M ammonium sulfate, 0.1 M Tris 8.5 and 20% PEG 3350 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Jun 22, 2012 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9789 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.449→50 Å / Num. obs: 92349 / % possible obs: 99.8 % / Redundancy: 5.6 % / Biso Wilson estimate: 14.79 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Χ2: 1.08 / Net I/σ(I): 11.1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell |
|
-
Processing
Software |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 7CQ2 Resolution: 1.449→42.821 Å / SU ML: 0.1 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / Phase error: 13.29 / Stereochemistry target values: ML
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 70.53 Å2 / Biso mean: 24.27 Å2 / Biso min: 8.56 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.449→42.821 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
|