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- PDB-7cp1: Crystal structure of isocitrate lyase in complex with succinate a... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7cp1
タイトルCrystal structure of isocitrate lyase in complex with succinate and itaconate
要素Isocitrate lyase
キーワードLYASE / Glyoxylate cycle / Isocitrate lyase / Succinate / Itaconate / Mycobacterium tuberculosis
機能・相同性
機能・相同性情報


isocitrate lyase / methylisocitrate lyase activity / isocitrate lyase activity / isocitrate metabolic process / glyoxylate cycle / zymogen binding / tricarboxylic acid cycle / cellular response to hypoxia / extracellular region / metal ion binding ...isocitrate lyase / methylisocitrate lyase activity / isocitrate lyase activity / isocitrate metabolic process / glyoxylate cycle / zymogen binding / tricarboxylic acid cycle / cellular response to hypoxia / extracellular region / metal ion binding / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Isocitrate lyase / Isocitrate lyase family / Isocitrate lyase/phosphorylmutase, conserved site / Isocitrate lyase signature. / Phosphoenolpyruvate-binding domains / Pyruvate kinase-like domain superfamily / Pyruvate/Phosphoenolpyruvate kinase-like domain superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2-methylidenebutanedioic acid / SUCCINIC ACID / Isocitrate lyase
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.58 Å
データ登録者Kwon, S. / Park, H.H.
資金援助 韓国, 2件
組織認可番号国
National Research Foundation (NRF, Korea)2017M3A9D8062960
National Research Foundation (NRF, Korea)2018R1A4A1023822 韓国
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2021
タイトル: Heterogeneous multimeric structure of isocitrate lyase in complex with succinate and itaconate provides novel insights into its inhibitory mechanism.
著者: Kwon, S. / Chun, H.L. / Ha, H.J. / Lee, S.Y. / Park, H.H.
履歴
登録2020年8月5日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年5月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Isocitrate lyase
B: Isocitrate lyase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)96,7086
ポリマ－96,4112
非ポリマー2974
水11,367631
1
A: Isocitrate lyase
B: Isocitrate lyase
ヘテロ分子

A: Isocitrate lyase
B: Isocitrate lyase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)193,41612
ポリマ－192,8224
非ポリマー5948
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation12_564x,x-y+1,-z-1/61
Buried area30000 Å2
ΔGint-185 kcal/mol
Surface area52550 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)131.320, 131.320, 284.882
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number179
Space group name H-MP6522
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-717-

HOH

21B-676-

HOH

31B-726-

HOH

41B-823-

HOH

51B-903-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and resid 2 through 418)
21(chain B and (resid 2 through 192 or (resid 193...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11SERSERLEULEU(chain A and resid 2 through 418)AA2 - 4182 - 418
21SERSERGLYGLY(chain B and (resid 2 through 192 or (resid 193...BB2 - 1922 - 192
22HISHISLEULEU(chain B and (resid 2 through 192 or (resid 193...BB193 - 194193 - 194
23SERSERLEULEU(chain B and (resid 2 through 192 or (resid 193...BB2 - 4182 - 418
24SERSERLEULEU(chain B and (resid 2 through 192 or (resid 193...BB2 - 4182 - 418
25SERSERLEULEU(chain B and (resid 2 through 192 or (resid 193...BB2 - 4182 - 418
26SERSERLEULEU(chain B and (resid 2 through 192 or (resid 193...BB2 - 4182 - 418
詳細dimer in the aymmetric unit; tetramer in solution

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要素

#1: タンパク質 Isocitrate lyase / ICL / Isocitrase / Isocitratase


分子量: 48205.531 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Some parts at the ends were not assigned due to poor electron density.
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌)
株: H37Rv / 遺伝子: icl, Rv0467, MTV038.11 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P9WKK7, isocitrate lyase
#2: 化合物 ChemComp-SIN / SUCCINIC ACID / コハク酸


分子量: 118.088 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H6O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-ITN / 2-methylidenebutanedioic acid / イタコン酸


分子量: 130.099 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H6O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 631 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.55 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.6 M sodium phosphate, 1.2 M potassium phosphate, 0.1 M imidazole (pH 8.5), 250 mM sodium chloride

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データ収集

回折平均測定温度: 95 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 5C (4A) / 波長: 0.9779 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年7月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9779 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.577→50 Å / Num. obs: 44429 / % possible obs: 95.1 % / 冗長度: 10.4 % / Rmerge(I) obs: 0.151 / Rpim(I) all: 0.043 / Rrim(I) all: 0.158 / Χ2: 0.93 / Net I/σ(I): 5.9
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.58-2.649.40.6728000.8220.1930.7020.92592.4
2.64-2.719.80.5828590.8630.1610.6060.96394
2.71-2.789.70.50329000.8760.1410.5260.97694.9
2.78-2.8610.10.43629360.9060.1190.4561.01496
2.86-2.9510.20.38229340.9230.1040.41.03396.4
2.95-3.069.40.32129850.950.0890.3371.05197
3.06-3.188.70.27529760.960.0810.291.11397.2
3.18-3.3380.20329720.9750.0630.2151.01597.1
3.33-3.57.20.16829840.9820.0570.1790.96396.6
3.5-3.726.70.13329950.9870.050.1430.90896.3
3.72-4.016.80.11430010.990.0450.1230.80796.2
4.01-4.417.70.10829690.9910.0390.1160.81594.7
4.41-5.059.70.09629350.9940.030.1010.86692.9
5.05-6.3615.80.10329600.9960.0250.1060.85192.4
6.36-5025.90.06632230.9990.0130.0680.84893.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.14_3260精密化
HKL-2000データスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-2000データ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1F8M

1f8m


解像度: 2.58→43.033 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 17.76 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1935 2119 4.92 %
Rwork0.1536 40952 -
obs0.1556 43071 92.36 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 90.14 Å2 / Biso mean: 32.997 Å2 / Biso min: 15.55 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.58→43.033 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6442 0 19 641 7102
Biso mean--37.94 36.36 -
残基数----832
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A2538X-RAY DIFFRACTION3.879TORSIONAL
12B2538X-RAY DIFFRACTION3.879TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.58-2.63740.27931340.228263991
2.6374-2.70330.23211300.206271894
2.7033-2.77640.23111530.2017274995
2.7764-2.85810.28171540.1926277396
2.8581-2.95030.26691430.1863278896
2.9503-3.05570.22561420.1804283597
3.0557-3.1780.27531330.1868285497
3.178-3.32260.19611500.1569281797
3.3226-3.49770.1991420.1513283996
3.4977-3.71670.19951540.142282796
3.7167-4.00350.18311480.1287285096
4.0035-4.40610.16561350.1278281394
4.4061-5.04280.14561510.1214275892
5.0428-6.35010.161070.1356249081
6.3501-43.0330.13211430.1321220269

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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