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- PDB-7c9v: E30 F-particle in complex with FcRn -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7c9v
タイトルE30 F-particle in complex with FcRn
要素
  • Beta-2-microglobulin
  • IgG receptor FcRn large subunit p51
  • VP1
  • VP2
  • VP3
  • VP4
キーワードVIRUS / Echovirus B / mature / receptor
機能・相同性
機能・相同性情報


IgG immunoglobulin transcytosis in epithelial cells mediated by FcRn immunoglobulin receptor / IgG binding / beta-2-microglobulin binding / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of RIG-I activity / negative regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / DAP12 interactions / transferrin transport / cellular response to iron ion ...IgG immunoglobulin transcytosis in epithelial cells mediated by FcRn immunoglobulin receptor / IgG binding / beta-2-microglobulin binding / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of RIG-I activity / negative regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / DAP12 interactions / transferrin transport / cellular response to iron ion / Endosomal/Vacuolar pathway / picornain 2A / symbiont-mediated suppression of host mRNA export from nucleus / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / picornain 3C / cellular response to iron(III) ion / MHC class II protein complex / negative regulation of forebrain neuron differentiation / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / ER to Golgi transport vesicle membrane / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / regulation of iron ion transport / regulation of erythrocyte differentiation / HFE-transferrin receptor complex / response to molecule of bacterial origin / MHC class I peptide loading complex / T cell mediated cytotoxicity / positive regulation of T cell cytokine production / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / positive regulation of immune response / MHC class I protein complex / positive regulation of T cell activation / host cell cytoplasmic vesicle membrane / peptide antigen binding / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / negative regulation of neurogenesis / cellular response to nicotine / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / specific granule lumen / phagocytic vesicle membrane / recycling endosome membrane / Interferon gamma signaling / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / negative regulation of epithelial cell proliferation / MHC class II protein complex binding / Modulation by Mtb of host immune system / late endosome membrane / sensory perception of smell / viral capsid / positive regulation of cellular senescence / tertiary granule lumen / DAP12 signaling / T cell differentiation in thymus / host cell / nucleoside-triphosphate phosphatase / negative regulation of neuron projection development / channel activity / ER-Phagosome pathway / protein refolding / early endosome membrane / monoatomic ion transmembrane transport / protein homotetramerization / amyloid fibril formation / intracellular iron ion homeostasis / learning or memory / DNA replication / RNA helicase activity / endosome membrane / immune response / endocytosis involved in viral entry into host cell / endoplasmic reticulum lumen / Amyloid fiber formation / symbiont-mediated suppression of host gene expression / Golgi membrane / symbiont-mediated activation of host autophagy / lysosomal membrane / external side of plasma membrane / RNA-directed RNA polymerase / cysteine-type endopeptidase activity / viral RNA genome replication / focal adhesion / RNA-directed RNA polymerase activity / DNA-templated transcription / Neutrophil degranulation / virion attachment to host cell / host cell nucleus / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / structural molecule activity / endoplasmic reticulum / Golgi apparatus / protein homodimerization activity / ATP hydrolysis activity / proteolysis / extracellular space / RNA binding
類似検索 - 分子機能
Picornavirus coat protein VP4 superfamily / Poliovirus 3A protein-like / Poliovirus 3A protein like / Picornavirus 2B protein / Poliovirus core protein 3a, soluble domain / Picornavirus 2B protein / Peptidase C3, picornavirus core protein 2A / Picornavirus core protein 2A / Picornavirus coat protein VP4 / Picornavirus coat protein (VP4) ...Picornavirus coat protein VP4 superfamily / Poliovirus 3A protein-like / Poliovirus 3A protein like / Picornavirus 2B protein / Poliovirus core protein 3a, soluble domain / Picornavirus 2B protein / Peptidase C3, picornavirus core protein 2A / Picornavirus core protein 2A / Picornavirus coat protein VP4 / Picornavirus coat protein (VP4) / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Peptidase C3A/C3B, picornaviral / 3C cysteine protease (picornain 3C) / Picornavirales 3C/3C-like protease domain / Picornavirales 3C/3C-like protease domain profile. / Beta-2-Microglobulin / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / Picornavirus capsid / picornavirus capsid protein / Helicase, superfamily 3, single-stranded RNA virus / Superfamily 3 helicase of positive ssRNA viruses domain profile. / Helicase, superfamily 3, single-stranded DNA/RNA virus / RNA helicase / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / Picornavirus/Calicivirus coat protein / : / Viral coat protein subunit / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / RNA-directed RNA polymerase, C-terminal domain / Viral RNA-dependent RNA polymerase / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / Immunoglobulin-like fold / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / DNA/RNA polymerase superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
MYRISTIC ACID / Genome polyprotein / Genome polyprotein / IgG receptor FcRn large subunit p51 / Beta-2-microglobulin / Genome polyprotein / VP4
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Echovirus E30 (ウイルス)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Wang, K. / Zhu, L. / Sun, Y. / Li, M. / Zhao, X. / Cui, L. / Zhang, L. / Gao, G. / Zhai, W. / Zhu, F. ...Wang, K. / Zhu, L. / Sun, Y. / Li, M. / Zhao, X. / Cui, L. / Zhang, L. / Gao, G. / Zhai, W. / Zhu, F. / Rao, Z. / Wang, X.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
Chinese Academy of SciencesKJZD-SW-L05 中国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020
タイトル: Structures of Echovirus 30 in complex with its receptors inform a rational prediction for enterovirus receptor usage.
著者: Kang Wang / Ling Zhu / Yao Sun / Minhao Li / Xin Zhao / Lunbiao Cui / Li Zhang / George F Gao / Weiwei Zhai / Fengcai Zhu / Zihe Rao / Xiangxi Wang /
要旨: Receptor usage that determines cell tropism and drives viral classification closely correlates with the virus structure. Enterovirus B (EV-B) consists of several subgroups according to receptor ...Receptor usage that determines cell tropism and drives viral classification closely correlates with the virus structure. Enterovirus B (EV-B) consists of several subgroups according to receptor usage, among which echovirus 30 (E30), a leading causative agent for human aseptic meningitis, utilizes FcRn as an uncoating receptor. However, receptors for many EVs remain unknown. Here we analyzed the atomic structures of E30 mature virion, empty- and A-particles, which reveals serotype-specific epitopes and striking conformational differences between the subgroups within EV-Bs. Of these, the VP1 BC loop markedly distinguishes E30 from other EV-Bs, indicative of a role as a structural marker for EV-B. By obtaining cryo-electron microscopy structures of E30 in complex with its receptor FcRn and CD55 and comparing its homologs, we deciphered the underlying molecular basis for receptor recognition. Together with experimentally derived viral receptor identifications, we developed a structure-based in silico algorithm to inform a rational prediction for EV receptor usage.
履歴
登録2020年6月7日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年7月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年9月16日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22024年10月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / em_admin / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _em_admin.last_update / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _pdbx_struct_oper_list.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _pdbx_struct_oper_list.type
改定 1.32024年11月13日Group: Author supporting evidence / Data collection / Structure summary
カテゴリ: em_admin / em_entity_assembly_molwt / em_virus_natural_host
Item: _em_admin.last_update / _em_entity_assembly_molwt.entity_assembly_id ..._em_admin.last_update / _em_entity_assembly_molwt.entity_assembly_id / _em_entity_assembly_molwt.id / _em_virus_natural_host.id / _em_virus_natural_host.ncbi_tax_id / _em_virus_natural_host.organism

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構造の表示

ムービー
  • 生物学的単位 - complete icosahedral assembly
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 生物学的単位 - icosahedral pentamer
  • Jmolによる作画
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  • 生物学的単位 - icosahedral 23 hexamer
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  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-30318
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  • マップデータ: EMDB-30318
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: VP1
B: VP2
C: VP3
D: VP4
E: IgG receptor FcRn large subunit p51
F: Beta-2-microglobulin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)136,8367
ポリマ－136,6076
非ポリマー2281
水00
1
A: VP1
B: VP2
C: VP3
D: VP4
E: IgG receptor FcRn large subunit p51
F: Beta-2-microglobulin
ヘテロ分子
x 60


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,210,141420
ポリマ－8,196,439360
非ポリマー13,70260
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation59
2


  • 登録構造と同一
  • icosahedral asymmetric unit
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
A: VP1
B: VP2
C: VP3
D: VP4
E: IgG receptor FcRn large subunit p51
F: Beta-2-microglobulin
ヘテロ分子
x 5


  • icosahedral pentamer
  • 684 kDa, 30 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)684,17835
ポリマ－683,03730
非ポリマー1,1425
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation4
4
A: VP1
B: VP2
C: VP3
D: VP4
E: IgG receptor FcRn large subunit p51
F: Beta-2-microglobulin
ヘテロ分子
x 6


  • icosahedral 23 hexamer
  • 821 kDa, 36 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)821,01442
ポリマ－819,64436
非ポリマー1,3706
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation5
5


  • 登録構造と同一（異なる座標系）
  • icosahedral asymmetric unit, std point frame
タイプ名称対称操作数
transform to point frame1
6
A: VP1
B: VP2
C: VP3
D: VP4
E: IgG receptor FcRn large subunit p51
F: Beta-2-microglobulin
ヘテロ分子
x 60


  • crystal asymmetric unit, crystal frame
  • 8.21 MDa, 360 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,210,141420
ポリマ－8,196,439360
非ポリマー13,70260
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z2
point symmetry operation59
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
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44generate(1), (1), (1)
45generate(-0.5, 0.309017, 0.80901699), (0.309017, -0.80901699, 0.5), (0.80901699, 0.5, 0.309017)90.48011, 236.88, -146.39989
46generate(-0.50000001, -0.309017, 0.80901699), (0.30901699, 0.809017, 0.49999999), (-0.80901699, 0.5, -0.30901699)236.88, -146.39989, 383.27989
47generate(-0.809017, 0.5, 0.30901699), (0.5, 0.309017, 0.80901699), (0.309017, 0.809017, -0.5)236.88, -146.39989, 90.48011
48generate(1), (1), (1)
49generate(0.809017, 0.5, 0.30901699), (-0.5, 0.30901699, 0.809017), (0.30901699, -0.80901699, 0.5)-146.39989, 90.48011, 236.88
50generate(0.5, -0.309017, 0.80901699), (-0.309017, 0.80901699, 0.5), (-0.80901699, -0.5, 0.309017)473.76
51generate(0.809017, -0.49999999, -0.30901699), (-0.5, -0.30901699, -0.80901699), (0.309017, 0.80901699, -0.50000001)236.88, 620.15989, 90.48011
52generate(-1), (-1), (1)473.76, 473.76
53generate(-0.809017, -0.5, -0.30901699), (0.5, -0.30901699, -0.80901699), (0.30901699, -0.809017, 0.5)620.15989, 383.27989, 236.88
54generate(-0.5, 0.309017, -0.80901699), (0.30901699, -0.80901699, -0.5), (-0.809017, -0.5, 0.30901699)473.76, 473.76, 473.76
55generate(0.5, 0.309017, -0.80901699), (-0.309017, -0.80901699, -0.5), (-0.80901699, 0.5, -0.309017)236.88, 620.15989, 383.27989
56generate(-1), (1), (-1)473.76, 473.76
57generate(0.5, -0.30901699, -0.809017), (0.30901699, -0.809017, 0.5), (-0.80901699, -0.5, -0.30901699)383.27989, 236.88, 620.15989
58generate(0.309017, -0.80901699, -0.5), (-0.809017, -0.5, 0.309017), (-0.5, 0.30901699, -0.809017)473.76, 473.76, 473.76
59generate(-0.30901699, -0.809017, -0.5), (-0.80901699, 0.5, -0.309017), (0.5, 0.309017, -0.809017)620.15989, 383.27989, 236.88
60generate(-0.5, -0.309017, -0.80901699), (0.309017, 0.80901699, -0.5), (0.80901699, -0.5, -0.309017)620.15989, 90.48011, 236.88

-
要素

-
タンパク質 , 6種, 6分子 ABCDEF

#1: タンパク質 VP1


分子量: 33091.008 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Echovirus E30 (ウイルス) / 参照: UniProt: A0A0F6T703*PLUS
#2: タンパク質 VP2


分子量: 28878.502 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Echovirus E30 (ウイルス) / 参照: UniProt: A0A0F6T703*PLUS
#3: タンパク質 VP3


分子量: 26157.531 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Echovirus E30 (ウイルス) / 参照: UniProt: A8BJF8*PLUS
#4: タンパク質 VP4


分子量: 7437.145 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Echovirus E30 (ウイルス) / 参照: UniProt: Q33C85, UniProt: Q8QWB2*PLUS
#5: タンパク質 IgG receptor FcRn large subunit p51 / FCGRT / FcRn / Neonatal Fc receptor


分子量: 29294.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FCRN / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P55899
#6: タンパク質 Beta-2-microglobulin


分子量: 11748.160 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: B2M / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P61769

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非ポリマー , 1種, 1分子

#7: 化合物 ChemComp-MYR / MYRISTIC ACID


分子量: 228.371 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H28O2

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプ詳細Entity IDParent-ID由来
1Echovirus E30COMPLEXParticles purified from the cell cultures innoculated with the live E30.#1-#60NATURAL
2E30 F-particle in complex with FcRnCOMPLEX#1-#41NATURAL
3E30 F-particle in complex with FcRnCOMPLEX#5-#61RECOMBINANT
分子量
IDEntity assembly-ID実験値
11NO
22
33NO
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
21Echovirus E30 (ウイルス)41846
31Echovirus E30 (ウイルス)41846
41human (ヒト)41846
由来(組換発現)生物種: Homo sapiens (ヒト)
ウイルスについての詳細中空か: NO / エンベロープを持つか: NO / 単離: SEROTYPE / タイプ: VIRION
天然宿主
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
11Homo sapiens9606
22Homo sapiens9606
33Homo sapiens9606
ウイルス殻直径: 30 nm / 三角数 (T数): 3
緩衝液pH: 7.4
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: GOLD / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK I / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 %

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: DARK FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1200 nm
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影電子線照射量: 30 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
画像スキャン動画フレーム数/画像: 25

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1RELION粒子像選択
2RELION3画像取得
4GctfCTF補正
7UCSF Chimeraモデルフィッティング
9RELION初期オイラー角割当
10RELION最終オイラー角割当
11RELION分類
12RELION3３次元再構成
13PHENIXモデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING ONLY
3次元再構成解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 7299 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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