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- PDB-7c7i: Crystal structure of SHANK3 SPN domain in complex with GTP-bound ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7c7i
タイトルCrystal structure of SHANK3 SPN domain in complex with GTP-bound Rap1b(E30D,K31E)
要素
  • Ras-related protein Rap-1b
  • SH3 and multiple ankyrin repeat domains protein 3
キーワードPROTEIN BINDING / SHANK3 / Rap1b / SPN / Ras
機能・相同性
機能・相同性情報


guanylate kinase-associated protein clustering / striatal medium spiny neuron differentiation / synaptic receptor adaptor activity / Rap protein signal transduction / postsynaptic density assembly / positive regulation of synapse structural plasticity / vocal learning / negative regulation of actin filament bundle assembly / regulation of cell junction assembly / positive regulation of long-term neuronal synaptic plasticity ...guanylate kinase-associated protein clustering / striatal medium spiny neuron differentiation / synaptic receptor adaptor activity / Rap protein signal transduction / postsynaptic density assembly / positive regulation of synapse structural plasticity / vocal learning / negative regulation of actin filament bundle assembly / regulation of cell junction assembly / positive regulation of long-term neuronal synaptic plasticity / modification of postsynaptic structure / NMDA glutamate receptor clustering / vocalization behavior / negative regulation of calcium ion-dependent exocytosis / negative regulation of cell volume / positive regulation of integrin activation / calcium-ion regulated exocytosis / positive regulation of glutamate receptor signaling pathway / negative regulation of synaptic vesicle exocytosis / neuron spine / AMPA glutamate receptor clustering / regulation of dendritic spine morphogenesis / dendritic spine morphogenesis / brain morphogenesis / Rap1 signalling / establishment of endothelial barrier / regulation of long-term synaptic potentiation / MET activates RAP1 and RAC1 / Neurexins and neuroligins / regulation of establishment of cell polarity / azurophil granule membrane / ciliary membrane / regulation of long-term synaptic depression / positive regulation of dendritic spine development / p130Cas linkage to MAPK signaling for integrins / social behavior / adult behavior / GRB2:SOS provides linkage to MAPK signaling for Integrins / RET signaling / neuromuscular process controlling balance / positive regulation of excitatory postsynaptic potential / synapse assembly / ionotropic glutamate receptor binding / cellular response to cAMP / lipid droplet / Integrin signaling / Gene and protein expression by JAK-STAT signaling after Interleukin-12 stimulation / positive regulation of synaptic transmission, glutamatergic / learning / small monomeric GTPase / positive regulation of long-term synaptic potentiation / establishment of localization in cell / Signaling by high-kinase activity BRAF mutants / MAP2K and MAPK activation / SH3 domain binding / memory / Signaling by RAF1 mutants / Signaling by moderate kinase activity BRAF mutants / Paradoxical activation of RAF signaling by kinase inactive BRAF / Signaling downstream of RAS mutants / GDP binding / Signaling by BRAF and RAF1 fusions / MAPK cascade / cell-cell junction / actin binding / G protein activity / scaffold protein binding / dendritic spine / cell population proliferation / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / neuron projection / postsynaptic density / GTPase activity / Neutrophil degranulation / protein-containing complex binding / GTP binding / glutamatergic synapse / extracellular exosome / zinc ion binding / membrane / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Ras-related protein Rap1 / : / PDZ domain 6 / PDZ domain / Variant SH3 domain / SAM domain (Sterile alpha motif) / Small GTPase, Ras-type / SAM domain profile. / Small GTPase Ras domain profile. / Sterile alpha motif. ...Ras-related protein Rap1 / : / PDZ domain 6 / PDZ domain / Variant SH3 domain / SAM domain (Sterile alpha motif) / Small GTPase, Ras-type / SAM domain profile. / Small GTPase Ras domain profile. / Sterile alpha motif. / Sterile alpha motif domain / Ran (Ras-related nuclear proteins) /TC4 subfamily of small GTPases / Sterile alpha motif/pointed domain superfamily / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1 / PDZ domain profile. / Domain present in PSD-95, Dlg, and ZO-1/2. / Rho (Ras homology) subfamily of Ras-like small GTPases / Ras subfamily of RAS small GTPases / PDZ domain / Small GTPase / Ras family / PDZ superfamily / Ankyrin repeats (3 copies) / Ankyrin repeat profile. / Ankyrin repeat region circular profile. / ankyrin repeats / Rab subfamily of small GTPases / Ankyrin repeat / Ankyrin repeat-containing domain superfamily / Src homology 3 domains / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3 domain / Ubiquitin-like (UB roll) / Small GTP-binding protein domain / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Roll / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / Ras-related protein Rap-1b / SH3 and multiple ankyrin repeat domains protein 3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.28 Å
データ登録者Xiao, L.X. / Pan, L.F.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)21822705 中国
引用
ジャーナル: Chin.J.Chem. / 年: 2020
タイトル: Mechanistic Insights into the Interactions of Ras Subfamily GTPases with the SPN Domain of Autism-associated SHANK3.
著者: Xu, X.L. / Liu, J.P. / Wang, Y.L. / Wang, Y. / Gong, X. / Pan, L.F.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr. D Biol. Crystallogr. / 年: 2012
タイトル: Towards automated crystallographic structure refinement with phenix.refine.
著者: Afonine, P.V. / Grosse-Kunstleve, R.W. / Echols, N. / Headd, J.J. / Moriarty, N.W. / Mustyakimov, M. / Terwilliger, T.C. / Urzhumtsev, A. / Zwart, P.H. / Adams, P.D.
#2: ジャーナル: Acta Crystallogr. D Biol. Crystallogr. / 年: 2010
タイトル: PHENIX: a comprehensive Python-based system for macromolecular structure solution.
著者: Adams, P.D. / Afonine, P.V. / Bunkoczi, G. / Chen, V.B. / Davis, I.W. / Echols, N. / Headd, J.J. / Hung, L.W. / Kapral, G.J. / Grosse-Kunstleve, R.W. / McCoy, A.J. / Moriarty, N.W. / Oeffner, ...著者: Adams, P.D. / Afonine, P.V. / Bunkoczi, G. / Chen, V.B. / Davis, I.W. / Echols, N. / Headd, J.J. / Hung, L.W. / Kapral, G.J. / Grosse-Kunstleve, R.W. / McCoy, A.J. / Moriarty, N.W. / Oeffner, R. / Read, R.J. / Richardson, D.C. / Richardson, J.S. / Terwilliger, T.C. / Zwart, P.H.
履歴
登録2020年5月25日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年5月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ras-related protein Rap-1b
B: Ras-related protein Rap-1b
C: SH3 and multiple ankyrin repeat domains protein 3
D: SH3 and multiple ankyrin repeat domains protein 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,5369
ポリマ－60,4014
非ポリマー1,1355
水3,387188
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: equilibrium centrifugation
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)48.502, 55.619, 189.884
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

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タンパク質 , 2種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質 Ras-related protein Rap-1b / GTP-binding protein smg p21B


分子量: 19006.416 Da / 分子数: 2 / 変異: E30D,K31E / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RAP1B, OK/SW-cl.11 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P61224
#2: タンパク質 SH3 and multiple ankyrin repeat domains protein 3 / Shank3 / Proline-rich synapse-associated protein 2 / ProSAP2


分子量: 11193.857 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9BYB0

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非ポリマー , 4種, 193分子

#3: 化合物 ChemComp-GTP / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP


分子量: 523.180 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: C10H16N5O14P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: GTP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: Ca
#5: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 188 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.51 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 14.4% (w/v) PEG 8000, Sodium cacodylate/Hydrochloric acid (pH 6.5), 160 mM Calcium acetate, 20% (v/v) Glycerol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.97891 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2019年6月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97891 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.28→50 Å / Num. obs: 23777 / % possible obs: 98.4 % / 冗長度: 8.8 % / Biso Wilson estimate: 31.93 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.153 / Net I/σ(I): 13.9
反射 シェル解像度: 2.3→2.34 Å / Rmerge(I) obs: 0.835 / Num. unique obs: 1181

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.15.2_3472精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5G4X, 4DXA

5g4x

4dxa


解像度: 2.28→29.9 Å / SU ML: 0.2591 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 24.6199
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2465 1125 4.78 %
Rwork0.1716 22430 -
obs0.1752 23555 96.6 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 37.51 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.28→29.9 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4049 0 67 188 4304
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00724183
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.97045671
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0548629
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005735
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.49862546
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.28-2.380.28921180.20792466X-RAY DIFFRACTION86.05
2.38-2.510.30181450.21182774X-RAY DIFFRACTION97.85
2.51-2.660.29841300.19732805X-RAY DIFFRACTION98
2.66-2.870.29851510.19412782X-RAY DIFFRACTION97.41
2.87-3.160.27441510.18672830X-RAY DIFFRACTION99
3.16-3.610.25031360.16412861X-RAY DIFFRACTION98.26
3.61-4.550.19781350.13512873X-RAY DIFFRACTION97.47
4.55-29.90.21751590.17133039X-RAY DIFFRACTION98.61
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.41356974469-0.216568652601-0.6393889160653.33736815684-0.5282219917172.406134658720.0568162271030.213022187072-0.250138563636-0.137790953489-0.004748266391960.145648141310.0272443999691-0.201200989167-0.05894977676010.17097303632-0.014914605345-0.02901040184760.23832130084-0.03707464026250.1761248713130.402853593416-7.28719804536-20.4947089126
28.203232067371.03121899121.381547724831.363002052450.8261656830263.0287816856-0.09165113997430.186212837086-0.771910398259-0.2168782637040.0530339640358-0.0610895321467-0.09000624037030.1092139129240.02329284634010.2512055046170.0307281847002-0.01335201809580.213635279076-0.03045171329420.2514953644949.15832573359-12.4317742-23.4357123049
33.77754253752-1.134748073015.270232751832.57132955391-3.112981682939.290832205340.093152398214-0.943743734913-1.267049403680.6139070638310.3668789939130.5124393472960.123145021889-1.04229452712-0.4781527423970.452554160159-0.05280267201010.05964655968730.3909932121640.02048258800650.475887712684-6.07423328525-20.2832485802-15.3603542571
42.04777330836-2.75449916775-0.6342596286447.31330733879-0.01808563171522.54281781103-0.0747438928993-0.0850418235182-0.09426764477890.1549820837010.1076625118480.1179639623080.110409182147-0.15347496618-0.03175091625440.180139938946-0.00511786070801-0.01765031377810.198336567317-0.004871937732160.194285077697-0.0457449757289-11.6248371653-6.46879393166
54.86858964649-2.279641888180.7161908895725.319530603-0.9067507875454.5012173976-0.0865918080861-0.4639458829230.2478375678550.520617755546-0.0309865679388-0.248618118392-0.0827693046054-0.1271251623660.1968040434640.2321722856130.00312022835292-0.001400777954540.27818459379-0.06880342375290.2055775632793.09112033273-2.74491936939-0.817863297239
62.50183786515-1.62793319318-1.341000655935.491156199320.7903583003022.3303990120.03679439827020.0656430281187-0.106800252420.235885417783-0.1421008868750.0723886194794-0.1597811060720.2759101737280.09535593973070.181689969403-0.0426992264094-0.03220323714280.241689772237-0.0314842002460.20719420388410.410573437-5.80285792138-14.3809485825
76.80128771729-1.433798779831.664084444773.448073931-0.4440755016622.68875958408-0.1428801081520.2102086433650.373261828536-0.373740906589-0.112636790229-0.243233237277-0.1321995614530.04880052765430.2616516529170.2495711761020.002035052550940.03012989914090.1556073705020.02190368462070.13635194707120.446112103510.2217107706-23.6233505314
87.724813529896.22066651439-0.331820738145.10412621295-0.02977161027220.562542107089-0.07325727556450.240661372102-0.813812878489-0.1356025689190.458932934333-0.716109719185-0.1995099666120.228445690754-0.3420525371670.198265602161-0.01295232980160.006092589894670.2857549442-0.05338119120230.35173296360930.71847250011.70494630125-23.7425701006
95.697974707660.771451138065-0.7714178220721.69868022220.1910802378293.32951016723-0.1020625156620.5680368536570.314304994846-0.121021059651-0.03118390918680.138269044710.166714707787-0.276047037730.104829565330.2413920713680.006586016147320.01641531311660.2810784319560.03863509909890.25638624939215.040970113711.0060394074-28.3492450914
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精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 36 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 37 through 58 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 59 through 74 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 75 through 120 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 121 through 145 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 146 through 167 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 1 through 25 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 26 through 36 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 37 through 58 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 59 through 74 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 75 through 120 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 121 through 137 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 138 through 167 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'C' and (resid 6 through 18 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'C' and (resid 19 through 43 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'C' and (resid 44 through 56 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'C' and (resid 57 through 66 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'C' and (resid 67 through 76 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'C' and (resid 77 through 85 )
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'C' and (resid 86 through 93 )
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'D' and (resid 4 through 26 )
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'D' and (resid 27 through 42 )
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'D' and (resid 43 through 49 )
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'D' and (resid 50 through 85 )
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'D' and (resid 86 through 94 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る