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万見
- PDB-7c51: Crystal structure of a Simpl-like protein from Campylobacter jeju... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7c51
タイトルCrystal structure of a Simpl-like protein from Campylobacter jejuni (native protein)
要素SIMPL domain-containing protein
キーワードUNKNOWN FUNCTION / Campylobacter jejuni / Simpl-like protein
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA damage response
類似検索 - 分子機能
Protein of unknown function (DUF541), domain 2 / Uncharacterised conserved protein UCP029033, periplasmic protein / Interleukin-1 receptor-associated kinase 1-binding protein 1/DUF541 / : / Protein of unknown function (DUF541) / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
SIMPL domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Campylobacter jejuni (カンピロバクター)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.46 Å
データ登録者Oh, H.B. / Yoon, S.I.
引用ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2020
タイトル: Structural analysis of a Simpl-like protein from Campylobacter jejuni.
著者: Oh, H.B. / Yoon, S.I.
履歴
登録2020年5月18日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年8月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SIMPL domain-containing protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,5021
ポリマ－24,5021
非ポリマー00
水30617
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)82.864, 82.864, 201.284
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number155
Space group name H-MH32
Space group name HallR32"
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x-y,z
#3: -x+y,-x,z
#4: x-y,-y,-z
#5: -x,-x+y,-z
#6: y,x,-z
#7: x+1/3,y+2/3,z+2/3
#8: -y+1/3,x-y+2/3,z+2/3
#9: -x+y+1/3,-x+2/3,z+2/3
#10: x-y+1/3,-y+2/3,-z+2/3
#11: -x+1/3,-x+y+2/3,-z+2/3
#12: y+1/3,x+2/3,-z+2/3
#13: x+2/3,y+1/3,z+1/3
#14: -y+2/3,x-y+1/3,z+1/3
#15: -x+y+2/3,-x+1/3,z+1/3
#16: x-y+2/3,-y+1/3,-z+1/3
#17: -x+2/3,-x+y+1/3,-z+1/3
#18: y+2/3,x+1/3,-z+1/3

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要素

#1: タンパク質 SIMPL domain-containing protein / Simpl-like protein


分子量: 24501.633 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Campylobacter jejuni (カンピロバクター)
遺伝子: EAS83_04275, EID16_09040 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A3Z9IF87
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.68 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: polyethylene glycol 8000, calcium acetate, imidazole

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 7A (6B, 6C1) / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2019年11月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.46→30 Å / Num. obs: 9885 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 5.9 % / Biso Wilson estimate: 45.59 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 35.1
反射 シェル解像度: 2.46→2.5 Å / 冗長度: 6 % / Rmerge(I) obs: 0.543 / Mean I/σ(I) obs: 4.8 / Num. unique obs: 504 / % possible all: 99.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.15.2_3472精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7C50

7c50


解像度: 2.46→29.21 Å / SU ML: 0.2842 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.694
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2641 484 4.9 %
Rwork0.2261 9401 -
obs0.228 9885 98.89 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 61.4 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.46→29.21 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1470 0 0 17 1487
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00381488
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.58012020
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0478243
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0035260
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.1146914
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.46-2.820.32261730.27393093X-RAY DIFFRACTION99.66
2.82-3.550.29631770.24443098X-RAY DIFFRACTION99.33
3.55-29.210.22541340.20673210X-RAY DIFFRACTION97.72
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.701015809110.68969006667-1.2711046075.481103627473.285461718823.09876556968-0.465601523897-0.179539816810.1482956411620.378464785673-0.2695531792180.06156939074080.1787711651380.3264575457580.8626812147190.2765999453370.0161307187114-0.03383456421930.644907115747-0.08727856643160.39082153056528.6022444996-3.9511895749257.1405859598
24.900442519025.504388238192.152298090827.839996269922.924479532094.13481784783-0.173944180263-0.279528120064-0.141157044744-0.2474914120390.01802162614651.19587073999-0.3373377705370.03166486660940.2889901851390.3391508791470.0138136743752-0.1222691670780.3232068773610.08907510410940.57714369845311.6367252032-27.201963862619.2518507293
35.106903540675.014327838921.038707186177.699474994782.233196050413.22022952773-0.9407374753460.6142092166590.0450364566566-1.742108197460.8083132864070.677478294488-0.4169104274580.2690118452090.0360082920540.596412834803-0.149178523859-0.2607417216190.4430529595920.1532422249350.54340232156113.0334694932-29.53428166429.74459047804
48.576199961313.862669765232.870277671526.763038047921.555012941773.439998269530.320929101935-0.137217160341-0.5837117926250.144379423412-0.2952488445010.351754170774-0.301795844150.664152781916-0.03041550399950.338675839413-0.075993482722-0.05085481791660.3749711346120.1023689622040.38095040261617.0853009071-30.356301175917.9786030758
51.24421675033-1.82807994483-2.692742150032.664356025233.902201076095.82319341482-0.07657047907340.12613538105-0.505592870368-0.998284595719-0.1278677790761.24792243403-1.19829397314-2.191097978120.5437686455480.576619238170.100303525433-0.2465112652131.083068047010.298598440641.84187319642-9.59387049408-38.447347524412.9635751998
62.531985388151.576598253421.085376621665.106609537921.326028024143.64482294249-0.3464325693120.1626302525150.440047081915-0.2950208327330.1688878028721.00502740246-0.8752431846450.3048939983830.2152354269050.46369917204-0.0576116934799-0.1091758877550.3584022300610.1086786776860.49858299608714.2513431546-20.878818677320.1096184983
73.1256623142.854112623440.5128295087047.074764011252.524480730455.53353732585-0.243493644166-0.5977843971280.228221489632-0.1600007353310.584333788234-0.432236813163-0.1638048673291.35268006004-0.4180240268630.349749907821-0.01898271897350.03531927055030.934230219922-0.1076437868890.30931893629933.7451376477-10.354099835848.1020537493
88.691660228816.027264316283.009351674258.048662976363.275574743417.3849859307-0.5909226762970.1633886999750.3808390157970.6217561900570.579487256237-0.4257743620530.3342077532961.318413983310.0412558141230.584686894460.140234115309-0.1265604978930.942679668180.02573082554390.54391102718632.5120465074-8.1930377182264.0576988917
92.625978891690.263405178029-0.07307982567195.855438061893.524041263612.729149923920.145813758572-0.1402650537630.248217635611-0.7073851243120.112592312211.14004236639-1.24194050608-0.8563998920610.1217519709110.5402719417530.0764988893835-0.1024108872210.56011798040.08635043154670.44170613479120.5392415752-9.5791106098937.3738301814
101.192944039460.836884720870.6676551998455.285227722332.9418702061.677132497510.110658756611-0.6477263131290.03621326215230.3245963275560.605932122164-0.002561771466620.1924124921151.3457912206-0.231367787530.2508618145510.01845573343240.05559707913811.13528336608-0.03633324040790.18943988283328.2723616161-7.7493479502253.428058103
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 31 through 48 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 49 through 64 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 65 through 85 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 86 through 102 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 103 through 117 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 118 through 161 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 162 through 185 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 186 through 203 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 204 through 217 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'A' and (resid 218 through 230 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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