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Yorodumi- PDB-7c50: Crystal structure of a Simpl-like protein from Campylobacter jeju... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7c50 | ||||||
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Title | Crystal structure of a Simpl-like protein from Campylobacter jejuni (selenomethionine-incorporated protein) | ||||||
Components | SIMPL domain-containing protein | ||||||
Keywords | UNKNOWN FUNCTION / Campylobacter jejuni / Simpl-like protein | ||||||
Function / homology | Uncharacterised conserved protein UCP029033, periplasmic protein / Interleukin-1 receptor-associated kinase 1-binding protein 1/DUF541 / : / Protein of unknown function (DUF541) / DNA damage response / SIMPL domain-containing protein Function and homology information | ||||||
Biological species | Campylobacter jejuni (Campylobacter) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / SAD / Resolution: 1.93 Å | ||||||
Authors | Oh, H.B. / Yoon, S.I. | ||||||
Citation | Journal: Biochem.Biophys.Res.Commun. / Year: 2020 Title: Structural analysis of a Simpl-like protein from Campylobacter jejuni. Authors: Oh, H.B. / Yoon, S.I. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 7c50.cif.gz | 106.8 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb7c50.ent.gz | 72.1 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 7c50.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 7c50_validation.pdf.gz | 425 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 7c50_full_validation.pdf.gz | 427 KB | Display | |
Data in XML | 7c50_validation.xml.gz | 9.6 KB | Display | |
Data in CIF | 7c50_validation.cif.gz | 12.6 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c5/7c50 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c5/7c50 | HTTPS FTP |
-Related structure data
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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-Components
#1: Protein | Mass: 24548.527 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Campylobacter jejuni (Campylobacter) / Gene: EAS83_04275, EID16_09040 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: A0A3Z9IF87 |
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#2: Water | ChemComp-HOH / |
Has ligand of interest | Y |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.71 Å3/Da / Density % sol: 54.56 % |
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Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, sitting drop Details: polyethylene glycol 8000, calcium acetate, imidazole |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: PAL/PLS / Beamline: 7A (6B, 6C1) / Wavelength: 0.9791 Å |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 270 / Detector: CCD / Date: Apr 19, 2019 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9791 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.93→30 Å / Num. obs: 20244 / % possible obs: 99.5 % / Redundancy: 5.9 % / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 41.1 |
Reflection shell | Resolution: 1.93→1.96 Å / Redundancy: 6 % / Rmerge(I) obs: 0.49 / Mean I/σ(I) obs: 4.1 / Num. unique obs: 1001 / % possible all: 100 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: SAD / Resolution: 1.93→29.21 Å / SU ML: 0.2411 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 26.1324 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 49.51 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.93→29.21 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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