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万見
- PDB-7c23: Crystal structure of CrmE10, a SGNH-hydrolase family esterase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7c23
タイトルCrystal structure of CrmE10, a SGNH-hydrolase family esterase
要素Carboxylesterase
キーワードHYDROLASE / esterase / SGNH-hydrolase family / marine
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphatidylcholine lysophospholipase activity / carboxylic ester hydrolase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / SGNH hydrolase-type esterase domain / GDSL-like Lipase/Acylhydrolase family / SGNH hydrolase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / IMIDAZOLE / Carboxylesterase
類似検索 - 構成要素
生物種Croceicoccus marinus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Li, Z. / Li, J.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
Ministry of Science and Technology (MoST, China)2016YFA0500600 中国
引用ジャーナル: Biotechnol Biofuels / 年: 2020
タイトル: Structure-guided protein engineering increases enzymatic activities of the SGNH family esterases.
著者: Li, Z. / Li, L. / Huo, Y. / Chen, Z. / Zhao, Y. / Huang, J. / Jian, S. / Rong, Z. / Wu, D. / Gan, J. / Hu, X. / Li, J. / Xu, X.W.
履歴
登録2020年5月7日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
置き換え2020年5月20日ID: 6M41
改定 1.02020年5月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年7月8日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Carboxylesterase
B: Carboxylesterase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,40415
ポリマ－44,7462
非ポリマー65813
水6,503361
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8370 Å2
ΔGint-85 kcal/mol
Surface area17050 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)116.655, 37.019, 99.747
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 99.055, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Space group name HallC2y
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z
#4: -x+1/2,y+1/2,-z

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Carboxylesterase / SGNH-hydrolase family esterase / CrmE10


分子量: 22372.922 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Croceicoccus marinus (バクテリア)
遺伝子: A9D14_03620 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A1Z1F9L9

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非ポリマー , 5種, 374分子

#2: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#4: 化合物 ChemComp-IMD / IMIDAZOLE / 1H-イミダゾ-ル-3-カチオン


分子量: 69.085 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H5N2
#5: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 361 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.25 %
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 10% PEG 8000, 250mM Calcium acetate, 100mM Imidazole, pH 8.5

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.97923 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年6月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97923 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→50 Å / Num. obs: 33196 / % possible obs: 98 % / 冗長度: 6.8 % / Biso Wilson estimate: 22.61 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.074 / Net I/σ(I): 16.81
反射 シェル解像度: 1.9→1.96 Å / Rmerge(I) obs: 0.669 / Num. unique obs: 3319

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.14_3247精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散
開始モデル: 4JGG

4jgg


解像度: 1.9→34.82 Å / SU ML: 0.1504 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 19.0214
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1946 1683 5.07 %
Rwork0.1631 --
obs0.1647 33168 98.32 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 27.3 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→34.82 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2945 0 33 361 3339
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01433015
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.34064096
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0657466
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0069563
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.45691104
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9-1.960.18341470.15312614X-RAY DIFFRACTION98.78
1.96-2.020.20451360.15222591X-RAY DIFFRACTION98.77
2.02-2.090.22531400.15112608X-RAY DIFFRACTION98.67
2.09-2.170.19671180.16182691X-RAY DIFFRACTION99.05
2.17-2.270.20221340.14982573X-RAY DIFFRACTION98.69
2.27-2.390.19731300.15582524X-RAY DIFFRACTION96.12
2.39-2.540.21481430.16572646X-RAY DIFFRACTION98.59
2.54-2.740.19051430.16992630X-RAY DIFFRACTION99.39
2.74-3.020.21111400.17422660X-RAY DIFFRACTION99.54
3.02-3.450.22471450.1632599X-RAY DIFFRACTION96.86
3.45-4.350.15671560.14622639X-RAY DIFFRACTION98.62
4.35-34.820.1921510.18432710X-RAY DIFFRACTION96.92

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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