PDB-7c85: Esterase AlinE4 mutant-S13A

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7c85

タイトル

Esterase AlinE4 mutant-S13A

要素

SGNH-hydrolase family esterase

キーワード

HYDROLASE / esterase / SGNH-hydrolase family / marine

機能・相同性

機能・相同性情報

phosphatidylcholine lysophospholipase activity / carboxylic ester hydrolase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Altererythrobacter indicus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.75 Å

データ登録者

Li, Z. / Li, J.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: Biotechnol Biofuels / 年: 2020
タイトル: Structure-guided protein engineering increases enzymatic activities of the SGNH family esterases.
著者: Li, Z. / Li, L. / Huo, Y. / Chen, Z. / Zhao, Y. / Huang, J. / Jian, S. / Rong, Z. / Wu, D. / Gan, J. / Hu, X. / Li, J. / Xu, X.W.

履歴

登録	2020年5月28日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2020年7月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月29日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7c85.cif.gz	92.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7c85.ent.gz	66.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7c85.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c8/7c85 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c8/7c85	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7c23C 7c29C 7c82C 7c84C 4jggS 7c2d S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7c2d-d 3qb2-2 7c2a-d 7c82-d 6hgc-2 1wjg-1 2cr9-d 1f0v-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: SGNH-hydrolase family esterase

ヘテロ分子

21.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	79.810, 79.810, 60.820
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	94
Space group name H-M	P4₂2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-398- HOH
2	1	A-444- HOH

#1: タンパク質	SGNH-hydrolase family esterase / AlinE4 分子量: 20691.721 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Altererythrobacter indicus (バクテリア) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A4P1LYH5, UniProt: A0A4P1LYH7*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-CD / CADMIUM ION 分子量: 112.411 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cd
#3: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 151 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.34 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.44 %
結晶化	温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 1M Sodium acetate, 100mM HEPES, pH 7.5, 50mM Cadmium sulfate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.97915 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2018年5月16日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97915 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.75→39.9 Å / Num. obs: 20382 / % possible obs: 99.98 % / 冗長度: 2 % / R_merge(I) obs: 0.049 / Net I/σ(I): 12.9
反射シェル	解像度: 1.75→1.813 Å / R_merge(I) obs: 0.104 / Num. unique obs: 1988

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
HKL-2000		データ削減
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4JGG

4jgg

解像度: 1.75→39.9 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.968 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.945 / SU B: 3.686 / SU ML: 0.054 / 交差検証法: NONE / ESU R: 0.133 / ESU R Free: 0.093 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1774	1053	5.166 %
R_work	0.1214	19329	-
all	0.124	-	-
obs	-	20382	99.98 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 14.497 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.299 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.299 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.599 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.75→39.9 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1438	0	10	151	1599

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.013	1535
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	1479
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.728	1.643	2084
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.541	1.579	3435
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.793	5	202
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.918	21.625	80
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.794	15	267
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	24.879	15	13
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.095	0.2	195
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.02	1772
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	315
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.246	0.2	309
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.18	0.2	1302
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.164	0.2	780
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.081	0.2	675
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.273	0.2	98
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.166	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.077	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.256	0.2	24
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.23	0.2	104
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.28	0.2	18
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined	0.053	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.021	1.18	791
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.993	1.171	789
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.324	1.762	998
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.339	1.766	999
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.677	1.661	744
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.674	1.664	745
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.132	2.311	1086
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.13	2.314	1087
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	3.837	15.838	1734
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	3.725	15.434	1704
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	2.949	3	3014

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.75-1.795	0.19	77	0.101	1400	X-RAY DIFFRACTION	100
1.795-1.845	0.181	67	0.092	1375	X-RAY DIFFRACTION	100
1.845-1.898	0.23	70	0.092	1332	X-RAY DIFFRACTION	100
1.898-1.956	0.151	84	0.091	1267	X-RAY DIFFRACTION	100
1.956-2.02	0.182	76	0.095	1234	X-RAY DIFFRACTION	100
2.02-2.091	0.158	69	0.093	1228	X-RAY DIFFRACTION	100
2.091-2.17	0.198	68	0.09	1169	X-RAY DIFFRACTION	100
2.17-2.259	0.179	56	0.099	1134	X-RAY DIFFRACTION	100
2.259-2.359	0.165	55	0.092	1096	X-RAY DIFFRACTION	100
2.359-2.474	0.149	53	0.094	1041	X-RAY DIFFRACTION	100
2.474-2.607	0.127	50	0.105	999	X-RAY DIFFRACTION	100
2.607-2.765	0.201	57	0.121	956	X-RAY DIFFRACTION	100
2.765-2.955	0.134	47	0.111	888	X-RAY DIFFRACTION	100
2.955-3.191	0.172	42	0.129	846	X-RAY DIFFRACTION	100
3.191-3.495	0.19	46	0.129	763	X-RAY DIFFRACTION	100
3.495-3.906	0.191	40	0.148	700	X-RAY DIFFRACTION	99.8651
3.906-4.506	0.161	33	0.151	638	X-RAY DIFFRACTION	100
4.506-5.51	0.251	22	0.175	554	X-RAY DIFFRACTION	100
5.51-7.756	0.194	28	0.211	436	X-RAY DIFFRACTION	100
7.756-39.9	0.21	13	0.221	273	X-RAY DIFFRACTION	99.3056

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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