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- PDB-7c01: Molecular basis for a potent human neutralizing antibody targetin... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7c01
タイトルMolecular basis for a potent human neutralizing antibody targeting SARS-CoV-2 RBD
要素
  • CB6 heavy chain
  • CB6 light chain
  • Spike protein S1
キーワードVIRAL PROTEIN / SARS-CoV-2 / RBD / neutralizing antibodies / molecular basis
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated disruption of host tissue / Maturation of spike protein / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / viral translation / host extracellular space / symbiont-mediated-mediated suppression of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion ...symbiont-mediated disruption of host tissue / Maturation of spike protein / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / viral translation / host extracellular space / symbiont-mediated-mediated suppression of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / membrane fusion / Attachment and Entry / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / positive regulation of viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / host cell surface receptor binding / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / receptor ligand activity / endocytosis involved in viral entry into host cell / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / symbiont entry into host cell / virion attachment to host cell / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / host cell plasma membrane / virion membrane / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, SARS-CoV-2 / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, SARS-CoV-like / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus ...Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, SARS-CoV-2 / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, SARS-CoV-like / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus / Betacoronavirus spike glycoprotein S1, receptor binding / Spike glycoprotein S1, N-terminal domain, betacoronavirus-like / Betacoronavirus-like spike glycoprotein S1, N-terminal / Spike glycoprotein S2 superfamily, coronavirus / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 1 / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 2 / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 1 (HR1) region profile. / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 2 (HR2) region profile. / Spike glycoprotein S2, coronavirus / Coronavirus spike glycoprotein S2 / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Spike glycoprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.88 Å
データ登録者Shi, R. / Qi, J. / Wang, Q. / Gao, F.G. / Yan, J.
資金援助 中国, 4件
組織認可番号国
Chinese Academy of SciencesXDB29040201 中国
Ministry of Science and Technology (MoST, China)2018ZX09711003 中国
Ministry of Science and Technology (MoST, China)2020YFC0841400 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)81922044 中国
引用ジャーナル: Nature / 年: 2020
タイトル: A human neutralizing antibody targets the receptor-binding site of SARS-CoV-2.
著者: Shi, R. / Shan, C. / Duan, X. / Chen, Z. / Liu, P. / Song, J. / Song, T. / Bi, X. / Han, C. / Wu, L. / Gao, G. / Hu, X. / Zhang, Y. / Tong, Z. / Huang, W. / Liu, W.J. / Wu, G. / Zhang, B. / ...著者: Shi, R. / Shan, C. / Duan, X. / Chen, Z. / Liu, P. / Song, J. / Song, T. / Bi, X. / Han, C. / Wu, L. / Gao, G. / Hu, X. / Zhang, Y. / Tong, Z. / Huang, W. / Liu, W.J. / Wu, G. / Zhang, B. / Wang, L. / Qi, J. / Feng, H. / Wang, F.S. / Wang, Q. / Gao, G.F. / Yuan, Z. / Yan, J.
履歴
登録2020年4月29日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年5月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年6月10日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _entity.pdbx_description ..._chem_comp.name / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_role
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.32020年8月19日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: chem_comp / citation / citation_author
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _citation.journal_volume ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.42021年3月10日Group: Structure summary / カテゴリ: entity / entity_name_com / Item: _entity.pdbx_description / _entity_name_com.name
改定 1.52023年11月29日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.62024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Spike protein S1
H: CB6 heavy chain
L: CB6 light chain
B: Spike protein S1
C: CB6 heavy chain
D: CB6 light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)149,6838
ポリマ－149,2416
非ポリマー4422
水00
1
A: Spike protein S1
H: CB6 heavy chain
L: CB6 light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,8424
ポリマ－74,6203
非ポリマー2211
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5920 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area27090 Å2
手法PISA
2
B: Spike protein S1
C: CB6 heavy chain
D: CB6 light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,8424
ポリマ－74,6203
非ポリマー2211
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6030 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area27310 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)87.400, 106.730, 170.590
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

#1: タンパク質 Spike protein S1 / S glycoprotein / E2 / Peplomer protein / SARS-Cov-2 Spike protein S1


分子量: 25951.219 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
遺伝子: S, 2 / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P0DTC2
#2: 抗体 CB6 heavy chain


分子量: 24950.936 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 抗体 CB6 light chain


分子量: 23718.279 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#4: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.85 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 24 % w/v PEG 1500, 20 % v/v Glycerol

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.97919 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年3月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97919 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.88→50 Å / Num. obs: 36863 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 13 % / Biso Wilson estimate: 63.8 Å2 / CC1/2: 0.997 / Net I/σ(I): 12.2
反射 シェル解像度: 2.88→2.95 Å / Num. unique obs: 2670 / CC1/2: 0.64

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.15.2_3472精密化
Blu-Ice1.15.2_3472データ収集
HKL-2000データ削減
UCSD-systemHKL-2000data processing
PHASER位相決定
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6LGZ, 4TSA

6lgz

4tsa


解像度: 2.88→34.83 Å / SU ML: 0.3529 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.2768
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2651 1790 4.87 %
Rwork0.2181 --
obs0.2204 36767 99.85 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 63.69 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.88→34.83 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9670 0 0 0 9670
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00369906
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.776513480
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04851498
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00431738
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d22.19743580
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.88-2.960.31441390.29182634X-RAY DIFFRACTION99.89
2.96-3.040.38741120.29732690X-RAY DIFFRACTION100
3.04-3.140.33211410.28612666X-RAY DIFFRACTION99.96
3.14-3.260.3171630.27612612X-RAY DIFFRACTION100
3.26-3.390.32991430.25732643X-RAY DIFFRACTION99.96
3.39-3.540.29831350.24692684X-RAY DIFFRACTION99.93
3.54-3.730.32191270.25462683X-RAY DIFFRACTION99.96
3.73-3.960.2961460.22832660X-RAY DIFFRACTION99.79
3.96-4.260.26071360.19542682X-RAY DIFFRACTION99.82
4.26-4.690.21191400.16942691X-RAY DIFFRACTION99.75
4.69-5.370.23131310.17712719X-RAY DIFFRACTION99.89
5.37-6.760.2331440.20262751X-RAY DIFFRACTION99.97
6.76-34.830.21231330.20062862X-RAY DIFFRACTION99.11
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.6362888698380.05476774355660.3809189952561.25742763256-0.004378556119231.155733561680.0821418355939-0.0410054995272-0.0705532865420.232087447356-0.0267297876168-0.161094913380.003530693490670.007048336130194.9349391853E-90.382781112735-0.00832195334504-0.0147733384830.3272775448890.00532971392620.376515757416-19.6538135277-28.3406707137-21.2742774673
20.340514689379-0.162269114476-0.2066158298890.99198947292-0.5895344069181.073791588560.03366459941310.1208651784740.0235307898508-0.228560867202-0.009752091442890.05190610718960.236234956372-0.0923794346351-1.59848684794E-90.4595477663020.0335644699729-0.02605620327840.4288088978690.04059333882030.380652397699-11.3879249168-7.14385917026-73.8021523136
30.1713911858780.0793363431488-0.1466657847170.5501257012120.6923970797841.385472718720.0185685046351-0.0373947786778-0.1209148114080.0399145426509-0.0180672647963-0.01223736440620.06858466570910.108162347906-2.91322580866E-100.291895019375-0.007016813962970.02117233037740.3264050022510.03662843310610.3510665209567.212441942144.07502190234-33.4373446854
40.5436741603250.309965445150.4724176378670.6437546999880.5859603100251.434328081450.0927330811861-0.0404093142079-0.02313503568540.109660028288-0.06982453345630.0699411433452-0.0287132741097-0.160828295372-3.7309282398E-90.397545100934-0.0123041651030.03779258404450.3276863411510.008224552927220.366154441059-6.581886661813.5722468947-26.3574161521
50.775613837726-0.5493121656960.6264545491181.1058967602-0.6442034382920.756792347324-0.0687026169866-0.167046044113-0.3485410691190.04821269505820.1393680605540.2439787782820.0616180023309-0.1547879396212.90566863008E-90.3363974390230.01476653424580.0364270277120.4312680028360.03201419025990.482095452136-54.9937999707-18.4428217181-49.9435359169
60.516356008474-0.7518993398950.6682776260240.772409802581-0.1802858192250.401586933760.03189022573120.0495334716215-0.116056327675-0.155072654792-0.03151588915950.0303606110480.03195563762320.0182290994163-7.62644554844E-90.392280300508-0.0108079453750.01464275331890.4265808873250.03614392766930.354840311437-45.9097047936-7.99604789676-61.4311448059
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain A
2X-RAY DIFFRACTION2chain B
3X-RAY DIFFRACTION3chain C
4X-RAY DIFFRACTION4chain D
5X-RAY DIFFRACTION5chain H
6X-RAY DIFFRACTION6chain L

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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