PDB-7bxv: 11A1 antibody-peptide complex

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7bxv

タイトル

11A1 antibody-peptide complex

要素

Fab of the 11A1 antibody H chain
Fab of the 11A1 antibody L chain
TYR-GLU-VAL-HIS-HIS

キーワード

IMMUNE SYSTEM / Complex with peptide

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.75 Å

データ登録者

Irie, K. / Irie, Y. / Kita, A. / Miki, K.

資金援助

日本, 1件

引用

ジャーナル: Biorxiv / 年: 2022
タイトル: APOE epsilon 4 allele advances the age-dependent decline of amyloid beta clearance in the human cortex.
著者: Saito, A. / Kageyama, Y. / Pletnikova, O. / Rudow, G.L. / An, Y. / Irie, Y. / Kita, A. / Miki, K. / Li, L. / Southall, P. / Irie, K. / Troncoso, J.C.

履歴

登録	2020年4月21日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2021年4月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年5月4日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2 Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.2	2023年11月29日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _citation.journal_id_ISSN

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7bxv.cif.gz	113.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7bxv.ent.gz	81 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7bxv.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7bxv_validation.pdf.gz	1.5 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7bxv_full_validation.pdf.gz	1.5 MB	表示
XML形式データ	7bxv_validation.xml.gz	22 KB	表示
CIF形式データ	7bxv_validation.cif.gz	32.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bx/7bxv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bx/7bxv	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1mnuS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1xf3-1 6n16-4 3qcu-1 3j3z-d 25c8-d 1t04-2 1f90-d 6al4-3 6vor-2 4m93-1 1kcu-d 2vxu-2 3qcv-2 6mqm-1 1q0y-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細)

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

L: Fab of the 11A1 antibody L chain

H: Fab of the 11A1 antibody H chain

A: TYR-GLU-VAL-HIS-HIS

ヘテロ分子

48.6 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	40.639, 123.774, 45.692
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 99.743, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: 抗体	Fab of the 11A1 antibody L chain 分子量: 23873.443 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ)
#2: 抗体	Fab of the 11A1 antibody H chain 分子量: 23769.689 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ)
#3: タンパク質・ペプチド	TYR-GLU-VAL-HIS-HIS 分子量: 685.727 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#4: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 431 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.34 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.51 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: PEG3,350, NaCl

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NE3A / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年6月22日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.75→100 Å / Num. obs: 44761 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.8 % / R_merge(I) obs: 0.063 / R_pim(I) all: 0.026 / R_rim(I) all: 0.068 / Net I/σ(I): 21.5
反射シェル	解像度: 1.75→1.78 Å / R_merge(I) obs: 0.135 / Num. unique obs: 2456 / R_pim(I) all: 0.056 / R_rim(I) all: 0.147

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0257	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1MNU

1mnu

解像度: 1.75→45.074 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.959 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.944 / SU B: 1.989 / SU ML: 0.065 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.11 / ESU R Free: 0.104

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1944	2250	5.031 %	1
R_work	0.1655	-	-	-
all	0.167	-	-	-
obs	-	42474	99.942 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 16.057 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.091 Å²	0 Å²	0.2 Å²
2-	-	-0.7 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.51 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.75→45.074 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3365	0	20	431	3816

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.003	0.013	3474
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.017	3062
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.275	1.649	4735
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.451	1.568	7144
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	8.133	5	435
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.229	23.311	148
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.919	15	523
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	22.378	15	10
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.057	0.2	468
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.014	0.02	3858
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.005	0.02	708
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.192	0.2	557
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.214	0.2	2841
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.168	0.2	1666
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.083	0.2	1364
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.135	0.2	306
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.199	0.2	10
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.286	0.2	45
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.173	0.2	20
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.672	1.53	1752
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.663	1.53	1751
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.497	2.284	2183
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.499	2.284	2184
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.423	1.711	1722
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.422	1.713	1723
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.577	2.467	2552
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.576	2.469	2553
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.253	18.937	3831
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.252	18.947	3832

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.75-1.795	0.238	147	0.184	3147	X-RAY DIFFRACTION	99.8182
1.795-1.845	0.221	153	0.173	3063	X-RAY DIFFRACTION	100
1.845-1.898	0.229	172	0.178	2939	X-RAY DIFFRACTION	99.9679
1.898-1.956	0.219	143	0.171	2893	X-RAY DIFFRACTION	100
1.956-2.02	0.178	147	0.17	2803	X-RAY DIFFRACTION	99.9323
2.02-2.091	0.221	128	0.166	2715	X-RAY DIFFRACTION	99.8946
2.091-2.17	0.202	124	0.167	2642	X-RAY DIFFRACTION	99.9639
2.17-2.259	0.196	128	0.162	2525	X-RAY DIFFRACTION	99.9623
2.259-2.359	0.199	135	0.161	2387	X-RAY DIFFRACTION	100
2.359-2.474	0.204	137	0.159	2278	X-RAY DIFFRACTION	100
2.474-2.607	0.169	114	0.167	2197	X-RAY DIFFRACTION	100
2.607-2.765	0.194	122	0.17	2065	X-RAY DIFFRACTION	99.9086
2.765-2.956	0.212	105	0.173	1956	X-RAY DIFFRACTION	100
2.956-3.192	0.202	108	0.172	1799	X-RAY DIFFRACTION	99.8429
3.192-3.496	0.189	91	0.171	1688	X-RAY DIFFRACTION	99.9438
3.496-3.907	0.165	95	0.16	1489	X-RAY DIFFRACTION	99.8739
3.907-4.508	0.158	72	0.136	1363	X-RAY DIFFRACTION	100
4.508-5.514	0.161	58	0.146	1121	X-RAY DIFFRACTION	99.9153
5.514-7.767	0.238	44	0.186	895	X-RAY DIFFRACTION	100
7.767-45.074	0.198	24	0.183	499	X-RAY DIFFRACTION	99.619

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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