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万見
- PDB-7bxf: MvcA-Lpg2149 complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7bxf
タイトルMvcA-Lpg2149 complex
要素
  • Lpg2149
  • MvcA
キーワードTRANSFERASE / ubiquitination / deubiquitination / MavC / MvcA / Lpg2149 / UBE2N
機能・相同性PRASEODYMIUM ION / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein
機能・相同性情報
生物種Legionella pneumophila subsp. pneumophila str. Philadelphia 1 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Gao, P.
資金援助1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020
タイトル: Insights into catalysis and regulation of non-canonical ubiquitination and deubiquitination by bacterial deamidase effectors.
著者: Wang, Y. / Zhan, Q. / Wang, X. / Li, P. / Liu, S. / Gao, G. / Gao, P.
履歴
登録2020年4月19日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年5月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年9月9日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MvcA
C: Lpg2149
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,1076
ポリマ－58,5442
非ポリマー5644
水1,11762
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3210 Å2
ΔGint-35 kcal/mol
Surface area24270 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)136.998, 81.229, 54.253
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 95.090, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 MvcA


分子量: 45921.230 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Legionella pneumophila subsp. pneumophila str. Philadelphia 1 (バクテリア)
株: Philadelphia 1 / 遺伝子: lpg2148 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5ZTL3
#2: タンパク質 Lpg2149


分子量: 12622.402 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Legionella pneumophila subsp. pneumophila str. Philadelphia 1 (バクテリア)
株: Philadelphia 1 / 遺伝子: lpg2149 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5ZTL2
#3: 化合物
ChemComp-PR / PRASEODYMIUM ION


分子量: 140.908 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Pr
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 62 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.73 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.96 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法
詳細: 2% Tacsimate, pH 4.0, 0.1 M 426 sodium acecate, pH 4.6, 16% PEG3350

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年10月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→50 Å / Num. obs: 15703 / % possible obs: 96.7 % / 冗長度: 5.3 % / Rmerge(I) obs: 0.064 / Net I/σ(I): 21.6
反射 シェル解像度: 2.7→2.76 Å / Num. unique obs: 1071 / CC1/2: 0.944

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.13_2998精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5SUJ,5DPO

5suj

5dpo


解像度: 2.7→24.821 Å / SU ML: 0.37 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 25.11 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2581 824 5.25 %
Rwork0.2143 14878 -
obs0.2166 15702 95.9 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 136.53 Å2 / Biso mean: 49.6244 Å2 / Biso min: 10.84 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.7→24.821 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3815 0 4 62 3881
Biso mean--44.15 30.62 -
残基数----473
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.7-2.8690.31591300.2727240994
2.869-3.09010.32671550.2548245997
3.0901-3.40040.33061300.251248296
3.4004-3.89080.28481470.2136251197
3.8908-4.89580.19611430.1837248696
4.8958-24.820.20311190.1867253195
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.50390.5248-0.27570.2182-0.1162.32980.089-0.05360.26130.2283-0.01320.107-0.5061-0.1377-0.04480.26820.0670.01140.1301-0.01930.204251.43914.659524.8758
23.3905-1.41131.91650.7-0.59161.34110.08510.37380.0771-0.283-0.14380.03990.2444-0.04790.10540.3306-0.0593-0.05980.3933-0.05390.348926.8499-5.647110.802
33.1011-0.23831.74180.4107-0.34891.66690.0176-0.1591-0.0272-0.09660.00820.3197-0.0046-0.4084-0.06120.24930.0330.00820.3261-0.06180.397921.7933-0.109920.2971
42.44810.71290.34150.95590.1841.2383-0.0495-0.2120.0329-0.18960.0081-0.005-0.03130.00830.03330.26480.053-0.00990.12030.01070.109148.9338-1.715426.7106
51.2790.24330.2233.4216-1.23494.0096-0.0617-0.13470.182-0.4520.42510.4825-0.1685-0.6892-0.150.22120.08190.02650.2285-0.01540.247748.67311.493810.0488
63.4017-3.2518-0.29723.13580.24330.0853-0.11210.70920.3421-0.99710.20350.818-0.52590.1195-0.08760.6385-0.0235-0.14310.38390.12430.353946.75153.1165-5.6653
73.5272-0.21491.35443.8514-0.10534.43090.16490.2002-0.0637-0.40040.06180.3241-0.0646-0.1471-0.06290.21920.01890.05430.2154-0.0080.242554.2241-0.91232.736
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 13 through 82 )A13 - 82
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 83 through 187 )A83 - 187
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 188 through 316 )A188 - 316
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 317 through 395 )A317 - 395
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'C' and (resid 11 through 43 )C11 - 43
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'C' and (resid 44 through 54 )C44 - 54
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'C' and (resid 55 through 114 )C55 - 114

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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