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- PDB-7bxg: MavC-UBE2N-Ub complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7bxg
タイトルMavC-UBE2N-Ub complex
要素
  • MavC
  • Polyubiquitin-C
  • Ubiquitin-conjugating enzyme E2 N
キーワードTRANSFERASE / ubiquitination / deubiquitination / MavC / MvcA / Lpg2149 / UBE2N
機能・相同性
機能・相同性情報


UBC13-MMS2 complex / ubiquitin conjugating enzyme complex / ubiquitin-protein transferase activator activity / positive regulation of protein K63-linked ubiquitination / DNA double-strand break processing / DNA damage tolerance / E2 ubiquitin-conjugating enzyme / positive regulation of double-strand break repair / positive regulation of intracellular signal transduction / ubiquitin conjugating enzyme activity ...UBC13-MMS2 complex / ubiquitin conjugating enzyme complex / ubiquitin-protein transferase activator activity / positive regulation of protein K63-linked ubiquitination / DNA double-strand break processing / DNA damage tolerance / E2 ubiquitin-conjugating enzyme / positive regulation of double-strand break repair / positive regulation of intracellular signal transduction / ubiquitin conjugating enzyme activity / protein monoubiquitination / protein K63-linked ubiquitination / ubiquitin ligase complex / Maturation of protein E / Maturation of protein E / regulation of DNA repair / ER Quality Control Compartment (ERQC) / negative regulation of TORC1 signaling / Myoclonic epilepsy of Lafora / FLT3 signaling by CBL mutants / IRAK2 mediated activation of TAK1 complex / Alpha-protein kinase 1 signaling pathway / Glycogen synthesis / IRAK1 recruits IKK complex / IRAK1 recruits IKK complex upon TLR7/8 or 9 stimulation / Prevention of phagosomal-lysosomal fusion / Endosomal Sorting Complex Required For Transport (ESCRT) / Membrane binding and targetting of GAG proteins / Regulation of TBK1, IKKε (IKBKE)-mediated activation of IRF3, IRF7 / Negative regulation of FLT3 / Regulation of TBK1, IKKε-mediated activation of IRF3, IRF7 upon TLR3 ligation / IRAK2 mediated activation of TAK1 complex upon TLR7/8 or 9 stimulation / Constitutive Signaling by NOTCH1 HD Domain Mutants / NOTCH2 Activation and Transmission of Signal to the Nucleus / TICAM1,TRAF6-dependent induction of TAK1 complex / PTK6 Regulates RTKs and Their Effectors AKT1 and DOK1 / positive regulation of DNA repair / TICAM1-dependent activation of IRF3/IRF7 / APC/C:Cdc20 mediated degradation of Cyclin B / Downregulation of ERBB4 signaling / APC-Cdc20 mediated degradation of Nek2A / Regulation of FZD by ubiquitination / p75NTR recruits signalling complexes / InlA-mediated entry of Listeria monocytogenes into host cells / TRAF6 mediated IRF7 activation in TLR7/8 or 9 signaling / NF-kB is activated and signals survival / TRAF6-mediated induction of TAK1 complex within TLR4 complex / Regulation of pyruvate metabolism / Pexophagy / PD-L1(CD274) glycosylation and translocation to plasma membrane / NRIF signals cell death from the nucleus / Downregulation of ERBB2:ERBB3 signaling / Regulation of PTEN localization / Regulation of innate immune responses to cytosolic DNA / VLDLR internalisation and degradation / Activated NOTCH1 Transmits Signal to the Nucleus / Translesion synthesis by REV1 / TICAM1, RIP1-mediated IKK complex recruitment / Synthesis of active ubiquitin: roles of E1 and E2 enzymes / ZNF598 and the Ribosome-associated Quality Trigger (RQT) complex dissociate a ribosome stalled on a no-go mRNA / Translesion synthesis by POLK / Regulation of BACH1 activity / InlB-mediated entry of Listeria monocytogenes into host cell / JNK (c-Jun kinases) phosphorylation and activation mediated by activated human TAK1 / Activation of IRF3, IRF7 mediated by TBK1, IKKε (IKBKE) / MAP3K8 (TPL2)-dependent MAPK1/3 activation / Translesion synthesis by POLI / Downregulation of TGF-beta receptor signaling / Josephin domain DUBs / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in GG-NER / IKK complex recruitment mediated by RIP1 / PINK1-PRKN Mediated Mitophagy / TGF-beta receptor signaling in EMT (epithelial to mesenchymal transition) / TNFR1-induced NF-kappa-B signaling pathway / ubiquitin binding / Regulation of activated PAK-2p34 by proteasome mediated degradation / TCF dependent signaling in response to WNT / activated TAK1 mediates p38 MAPK activation / Regulation of NF-kappa B signaling / Maturation of DENV proteins / antiviral innate immune response / Autodegradation of Cdh1 by Cdh1:APC/C / APC/C:Cdc20 mediated degradation of Securin / NOTCH3 Activation and Transmission of Signal to the Nucleus / N-glycan trimming in the ER and Calnexin/Calreticulin cycle / Regulation of signaling by CBL / Negative regulators of DDX58/IFIH1 signaling / Asymmetric localization of PCP proteins / Negative regulation of FGFR3 signaling / Ubiquitin-dependent degradation of Cyclin D / Peroxisomal protein import / Nonhomologous End-Joining (NHEJ) / Fanconi Anemia Pathway / SCF-beta-TrCP mediated degradation of Emi1 / AUF1 (hnRNP D0) binds and destabilizes mRNA / NIK-->noncanonical NF-kB signaling / Stabilization of p53 / TNFR2 non-canonical NF-kB pathway / Negative regulation of FGFR2 signaling / Negative regulation of FGFR4 signaling
類似検索 - 分子機能
: / MvcA insertion domain / Ubiquitin-conjugating enzyme, active site / Ubiquitin-conjugating (UBC) active site signature. / Ubiquitin-conjugating enzyme E2 / Ubiquitin-conjugating enzyme / Ubiquitin-conjugating (UBC) core domain profile. / Ubiquitin-conjugating enzyme E2, catalytic domain homologues / Ubiquitin-conjugating enzyme/RWD-like / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1 ...: / MvcA insertion domain / Ubiquitin-conjugating enzyme, active site / Ubiquitin-conjugating (UBC) active site signature. / Ubiquitin-conjugating enzyme E2 / Ubiquitin-conjugating enzyme / Ubiquitin-conjugating (UBC) core domain profile. / Ubiquitin-conjugating enzyme E2, catalytic domain homologues / Ubiquitin-conjugating enzyme/RWD-like / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1 / Ubiquitin-like (UB roll) / : / Ubiquitin domain signature. / Ubiquitin conserved site / Ubiquitin domain / Ubiquitin family / Ubiquitin homologues / Ubiquitin domain profile. / Ubiquitin-like domain / Ubiquitin-like domain superfamily / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Polyubiquitin-C / Ubiquitin-conjugating enzyme E2 N / MvcA insertion domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Legionella pneumophila subsp. pneumophila str. Philadelphia 1 (バクテリア)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.705 Å
データ登録者Gao, P. / Wang, Y.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020
タイトル: Insights into catalysis and regulation of non-canonical ubiquitination and deubiquitination by bacterial deamidase effectors.
著者: Wang, Y. / Zhan, Q. / Wang, X. / Li, P. / Liu, S. / Gao, G. / Gao, P.
履歴
登録2020年4月19日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年5月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年9月9日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MavC
B: Ubiquitin-conjugating enzyme E2 N
D: Polyubiquitin-C


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,9093
ポリマ－69,9093
非ポリマー00
水1,35175
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4980 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area28300 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)150.527, 150.527, 58.372
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number170
Space group name H-MP65

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要素

#1: タンパク質 MavC


分子量: 43999.754 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Legionella pneumophila subsp. pneumophila str. Philadelphia 1 (バクテリア)
株: Philadelphia 1 / 遺伝子: lpg2147 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5ZTL4
#2: タンパク質 Ubiquitin-conjugating enzyme E2 N / Bendless-like ubiquitin-conjugating enzyme / E2 ubiquitin-conjugating enzyme N / Ubc13 / UbcH13 / ...Bendless-like ubiquitin-conjugating enzyme / E2 ubiquitin-conjugating enzyme N / Ubc13 / UbcH13 / Ubiquitin carrier protein N / Ubiquitin-protein ligase N


分子量: 17244.848 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: UBE2N, BLU / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P61088, E2 ubiquitin-conjugating enzyme
#3: タンパク質 Polyubiquitin-C


分子量: 8663.908 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: UBC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0CG48
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 75 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.73 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.96 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: 0.1 M sodium malonate, pH 7.0, 12% PEG3350

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年10月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→50 Å / Num. obs: 36277 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 14.9 % / Rmerge(I) obs: 0.112 / Net I/σ(I): 29
反射 シェル解像度: 2.7→2.75 Å / Rmerge(I) obs: 0.541 / Num. unique obs: 1038

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.13_2998精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5TSC,5ZQ3,5EYA

5tsc

5zq3

5eya


解像度: 2.705→25.111 Å / SU ML: 0.33 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 24.8
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2432 --
Rwork0.1929 --
obs0.1977 36277 89.8 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 117.11 Å2 / Biso mean: 42.6374 Å2 / Biso min: 8.34 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.705→25.111 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4797 0 0 75 4872
Biso mean---33.64 -
残基数----601
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.705-2.7420.36951010.301795764
2.742-2.78110.32251020.2859104169
2.7811-2.82260.35561240.2935107178
2.8226-2.86660.3441410.2835122383
2.8666-2.91350.35791310.2765122785
2.9135-2.96370.38531470.2662131589
2.9637-3.01750.34091480.268133092
3.0175-3.07540.32911500.2688136492
3.0754-3.13810.32671390.2622140396
3.1381-3.20620.30011410.2455141597
3.2062-3.28060.31351560.2402144499
3.2806-3.36250.29131570.222142799
3.3625-3.45320.22391640.22131467100
3.4532-3.55450.27261520.22381423100
3.5545-3.66890.27611580.19881520100
3.6689-3.79960.2631440.18851416100
3.7996-3.95120.2431540.1847146699
3.9512-4.13030.23181440.1652139896
4.1303-4.3470.18781440.1517139396
4.347-4.61780.19081530.1452140195
4.6178-4.97170.19361340.1408132392
4.9717-5.46740.17781460.1398124886
5.4674-6.24790.16071250.1506110776
6.2479-7.83180.17991180.1454114279
7.8318-25.110.15871330.1311125085
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.1522-0.0189-0.07970.04850.03060.03170.0192-0.0642-0.32790.09310.00610.09780.0757-0.03380.01880.1772-0.0342-0.02150.1463-0.00990.2162-31.741338.152621.9791
20.48650.13410.03780.1497-0.05180.31290.16060.12-0.18350.2593-0.0804-0.1118-0.11150.16690.5270.07660.03490.00020.1816-0.0350.1677-5.3946.52468.3021
30.3834-0.0590.07250.12540.07510.17920.04220.1755-0.0584-0.0444-0.0520.0254-0.04410.12390.00610.15390.0531-0.02210.3065-0.04570.2082-5.898950.0091-3.683
40.7092-0.06310.37790.40.24450.35260.01450.1408-0.92430.0881-0.1734-0.0179-0.0048-0.0002-0.04150.1960.0293-0.01520.0759-0.08430.2479-22.349533.211110.6159
5-0.001-0.00620.00880.0060.00880.0008-0.02810.14720.1001-0.07830.0015-0.06810.09110.07650.0190.2039-0.0146-0.25670.46360.3462-0.3039-18.187764.5363-18.3069
60.0542-0.05880.00370.09440.01790.1022-0.20120.08590.42350.00330.21010.53530.14080.2602-0.05970.1470.0103-0.1340.1525-0.1079-0.1693-32.262260.0561-9.1349
70.0075-0.01870.00320.012-0.02020.00110.00850.057-0.16460.0940.0425-0.2169-0.06170.106300.33420.1071-0.02190.40170.08950.2656-19.003252.6303-2.5865
80.0362-0.0383-0.05880.03370.06280.11320.0428-0.03790.08560.0313-0.2477-0.02020.1659-0.0449-0.07360.1780.13680.03250.3148-0.213-0.0297-28.925652.2951-10.8656
90.0053-0.0124-0.00430.0080.01160.04910.0926-0.11020.14580.17030.050.00960.00160.12050.00690.5792-0.03570.05620.20550.1505-0.6688-40.041645.79933.8567
100.0189-0.0365-0.00980.0434-0.01420.0343-0.2580.160.09360.0264-0.39310.32660.121-0.3259-0.00760.31610.0099-0.02090.1859-0.00680.2563-48.292452.1603-8.1259
110.0057-0.00840.00810.0035-0.00030.00250.0357-0.0918-0.0190.10290.13470.0335-0.08130.0032-0.00010.48970.0149-0.19450.4057-0.03950.3978-12.690652.455327.8768
120.04730.0156-0.0250.04410.02570.03210.019-0.2998-0.0666-0.0830.0671-0.1804-0.18710.24440.17310.3483-0.0196-0.15570.3193-0.02980.3043-10.910749.825920.9794
130.09130.0515-0.0930.0507-0.08080.13490.03140.03370.01860.01190.0250.1358-0.19120.03920.0470.30820.0132-0.12160.245-0.01320.3204-17.972453.416915.0702
140.00190.0009-0.00520.00410.00510.00370.1036-0.0760.03460.07950.1484-0.04070.01520.035400.5953-0.0655-0.09180.3482-0.05090.4726-14.120861.278724.8026
150.0183-0.01160.00760.0077-0.01190.0063-0.0149-0.0518-0.08460.086-0.13520.0294-0.02020.0199-0.01260.2683-0.0161-0.12370.2173-0.00140.2982-23.074347.712217.7591
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 8 through 64 )A8 - 64
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 65 through 173 )A65 - 173
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 174 through 259 )A174 - 259
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 260 through 384 )A260 - 384
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 3 through 17 )B3 - 17
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 18 through 86 )B18 - 86
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 87 through 100 )B87 - 100
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 101 through 113 )B101 - 113
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 114 through 132 )B114 - 132
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 133 through 152 )B133 - 152
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'D' and (resid 1 through 6 )D1 - 6
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'D' and (resid 7 through 34 )D7 - 34
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'D' and (resid 35 through 55 )D35 - 55
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'D' and (resid 56 through 65 )D56 - 65
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'D' and (resid 66 through 74 )D66 - 74

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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