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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7bxh | ||||||
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Title | MavC-Lpg2149 complex | ||||||
![]() |
| ||||||
![]() | TRANSFERASE / ubiquitination / deubiquitination / MavC / MvcA / Lpg2149 / UBE2N | ||||||
Function / homology | Uncharacterized protein / Uncharacterized protein![]() | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Gao, P. / Wang, Y. | ||||||
![]() | ![]() Title: Insights into catalysis and regulation of non-canonical ubiquitination and deubiquitination by bacterial deamidase effectors. Authors: Wang, Y. / Zhan, Q. / Wang, X. / Li, P. / Liu, S. / Gao, G. / Gao, P. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
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PDB format | ![]() | 163.7 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
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Full document | ![]() | 439.9 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 18.5 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 25 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 7bxfC ![]() 7bxgC ![]() 5dpoS ![]() 5tscS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 12365.094 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Strain: Philadelphia 1 / Gene: lpg2149 / Production host: ![]() ![]() |
---|---|
#2: Protein | Mass: 43999.754 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Strain: Philadelphia 1 / Gene: lpg2147 / Production host: ![]() ![]() |
#3: Water | ChemComp-HOH / |
Has ligand of interest | N |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.3 Å3/Da / Density % sol: 46.51 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion / Details: 0.1 M sodium acetate, pH 4.0, 10% PEG4000 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 80 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 S 6M / Detector: PIXEL / Date: Jun 21, 2019 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9793 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.7→50 Å / Num. obs: 14489 / % possible obs: 99.8 % / Redundancy: 9.6 % / Rmerge(I) obs: 0.125 / Net I/σ(I): 15.5 |
Reflection shell | Resolution: 2.7→2.76 Å / Rmerge(I) obs: 0.524 / Num. unique obs: 14489 |
-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 5TSC,5DPO Resolution: 2.7→37.182 Å / SU ML: 0.31 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / Phase error: 22.12 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 139.93 Å2 / Biso mean: 42.5983 Å2 / Biso min: 11.73 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.7→37.182 Å
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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