+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5tsc | |||||||||
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Title | The crystal structure of Lpg2147 from Legionella pneumophila | |||||||||
Components | Uncharacterized protein | |||||||||
Keywords | UNKNOWN FUNCTION / Midwest center for structural genomics / MCSG / PSI-Biology | |||||||||
Function / homology | Uncharacterized protein Function and homology information | |||||||||
Biological species | Legionella pneumophila subsp. pneumophila (bacteria) | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.008 Å | |||||||||
Authors | Valleau, D. / Xu, X. / Cui, H. / Joachimiak, A. / Savchenko, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG) | |||||||||
Funding support | United States, 2items
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Citation | Journal: To Be Published Title: The crystal structure of Lpg2147 from Legionella pneumophila Authors: Valleau, D. | |||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5tsc.cif.gz | 328.5 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5tsc.ent.gz | 268.4 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5tsc.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ts/5tsc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ts/5tsc | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 5sujS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data | |
Other databases |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 52786.754 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: residues 1-462 / Mutation: C74A Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Legionella pneumophila subsp. pneumophila (strain Philadelphia 1 / ATCC 33152 / DSM 7513) (bacteria) Strain: Philadelphia 1 / ATCC 33152 / DSM 7513 / Gene: lpg2147 / Plasmid: p15TV-l / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21 (DE3) RIPL / References: UniProt: Q5ZTL4 #2: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 1.99 Å3/Da / Density % sol: 38.19 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion / pH: 5.5 / Details: 0.1 M bis-tris ph 5.5, 0.2 M MgCl2, 25% PEG3350 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 21-ID-F / Wavelength: 0.97915 Å |
Detector | Type: MARMOSAIC 225 mm CCD / Detector: CCD / Date: Aug 22, 2014 |
Radiation | Monochromator: C(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97915 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.008→50 Å / Num. obs: 52808 / % possible obs: 97.6 % / Redundancy: 2.2 % / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 13.5 |
Reflection shell | Resolution: 2.008→2.03 Å / Redundancy: 2.2 % / Rmerge(I) obs: 0.314 / Mean I/σ(I) obs: 3.33 / % possible all: 96.8 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 5SUJ Resolution: 2.008→36.025 Å / SU ML: 0.2 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 0.05 / Phase error: 21.25 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.008→36.025 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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