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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7bxf | ||||||
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Title | MvcA-Lpg2149 complex | ||||||
![]() |
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![]() | TRANSFERASE / ubiquitination / deubiquitination / MavC / MvcA / Lpg2149 / UBE2N | ||||||
Function / homology | PRASEODYMIUM ION / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein![]() | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Gao, P. | ||||||
Funding support | 1items
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![]() | ![]() Title: Insights into catalysis and regulation of non-canonical ubiquitination and deubiquitination by bacterial deamidase effectors. Authors: Wang, Y. / Zhan, Q. / Wang, X. / Li, P. / Liu, S. / Gao, G. / Gao, P. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 208.5 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 164.2 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 7bxgC ![]() 7bxhC ![]() 5dpoS ![]() 5sujS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 45921.230 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Strain: Philadelphia 1 / Gene: lpg2148 / Production host: ![]() ![]() | ||||
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#2: Protein | Mass: 12622.402 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Strain: Philadelphia 1 / Gene: lpg2149 / Production host: ![]() ![]() | ||||
#3: Chemical | ChemComp-PR / #4: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | N | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.73 Å3/Da / Density % sol: 54.96 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion Details: 2% Tacsimate, pH 4.0, 0.1 M 426 sodium acecate, pH 4.6, 16% PEG3350 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 80 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 S 6M / Detector: PIXEL / Date: Oct 11, 2019 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9793 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.7→50 Å / Num. obs: 15703 / % possible obs: 96.7 % / Redundancy: 5.3 % / Rmerge(I) obs: 0.064 / Net I/σ(I): 21.6 |
Reflection shell | Resolution: 2.7→2.76 Å / Num. unique obs: 1071 / CC1/2: 0.944 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 5SUJ,5DPO Resolution: 2.7→24.821 Å / SU ML: 0.37 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / Phase error: 25.11 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 136.53 Å2 / Biso mean: 49.6244 Å2 / Biso min: 10.84 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.7→24.821 Å
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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