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- PDB-7bm5: Crystal structure of Fab1, the Fab fragment of the anti-BamA mono... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7bm5
タイトルCrystal structure of Fab1, the Fab fragment of the anti-BamA monoclonal antibody MAB1
要素
  • Fab1 heavy chain
  • Fab1 light chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / Antibody / antibiotic / Fab / BamA
機能・相同性Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.95 Å
データ登録者White, P. / Storek, K.M. / Rutherford, S.T. / Radford, S.E.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)MR/P018491/1 英国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021
タイトル: The role of membrane destabilisation and protein dynamics in BAM catalysed OMP folding.
著者: Paul White / Samuel F Haysom / Matthew G Iadanza / Anna J Higgins / Jonathan M Machin / James M Whitehouse / Jim E Horne / Bob Schiffrin / Charlotte Carpenter-Platt / Antonio N Calabrese / ...著者: Paul White / Samuel F Haysom / Matthew G Iadanza / Anna J Higgins / Jonathan M Machin / James M Whitehouse / Jim E Horne / Bob Schiffrin / Charlotte Carpenter-Platt / Antonio N Calabrese / Kelly M Storek / Steven T Rutherford / David J Brockwell / Neil A Ranson / Sheena E Radford /
要旨: The folding of β-barrel outer membrane proteins (OMPs) in Gram-negative bacteria is catalysed by the β-barrel assembly machinery (BAM). How lateral opening in the β-barrel of the major subunit ...The folding of β-barrel outer membrane proteins (OMPs) in Gram-negative bacteria is catalysed by the β-barrel assembly machinery (BAM). How lateral opening in the β-barrel of the major subunit BamA assists in OMP folding, and the contribution of membrane disruption to BAM catalysis remain unresolved. Here, we use an anti-BamA monoclonal antibody fragment (Fab1) and two disulphide-crosslinked BAM variants (lid-locked (LL), and POTRA-5-locked (P5L)) to dissect these roles. Despite being lethal in vivo, we show that all complexes catalyse folding in vitro, albeit less efficiently than wild-type BAM. CryoEM reveals that while Fab1 and BAM-P5L trap an open-barrel state, BAM-LL contains a mixture of closed and contorted, partially-open structures. Finally, all three complexes globally destabilise the lipid bilayer, while BamA does not, revealing that the BAM lipoproteins are required for this function. Together the results provide insights into the role of BAM structure and lipid dynamics in OMP folding.
履歴
登録2021年1月19日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年6月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年7月21日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年1月31日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.32024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
L: Fab1 light chain
H: Fab1 heavy chain
A: Fab1 light chain
C: Fab1 light chain
E: Fab1 light chain
J: Fab1 light chain
G: Fab1 light chain
B: Fab1 heavy chain
D: Fab1 heavy chain
F: Fab1 heavy chain
K: Fab1 heavy chain
I: Fab1 heavy chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)288,86312
ポリマ－288,86312
非ポリマー00
水00
1
L: Fab1 light chain
H: Fab1 heavy chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,1442
ポリマ－48,1442
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3680 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area19550 Å2
手法PISA
2
A: Fab1 light chain
B: Fab1 heavy chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,1442
ポリマ－48,1442
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3310 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area19730 Å2
手法PISA
3
C: Fab1 light chain
D: Fab1 heavy chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,1442
ポリマ－48,1442
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3310 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area19450 Å2
手法PISA
4
E: Fab1 light chain
F: Fab1 heavy chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,1442
ポリマ－48,1442
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2810 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area19550 Å2
手法PISA
5
J: Fab1 light chain
K: Fab1 heavy chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,1442
ポリマ－48,1442
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3340 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area19280 Å2
手法PISA
6
G: Fab1 light chain
I: Fab1 heavy chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,1442
ポリマ－48,1442
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2820 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area18490 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)92.014, 130.144, 138.921
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 106.060, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11chain A
21chain C
31chain E
41chain G
51chain J
61chain L
12chain B
22chain D
32chain F
42chain H
52chain K

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11ASPASPARGARGchain AAC1 - 2121 - 212
21GLNGLNLYSLYSchain CCD3 - 2083 - 208
31ASPASPCYSCYSchain EEE1 - 2151 - 215
41GLNGLNASNASNchain GGG3 - 2113 - 211
51ASPASPARGARGchain JJF1 - 2121 - 212
61ASPASPARGARGchain LLA1 - 2121 - 212
12GLUGLUSERSERchain BBH1 - 2221 - 222
22GLUGLUGLUGLUchain DDI1 - 2191 - 219
32VALVALPROPROchain FFJ2 - 2202 - 220
42VALVALSERSERchain HHB2 - 2222 - 222
52GLUGLULYSLYSchain KKK1 - 2211 - 221

NCSアンサンブル:
ID
1
2

-
要素

#1: 抗体
Fab1 light chain


分子量: 23642.215 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 抗体
Fab1 heavy chain


分子量: 24501.666 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.77 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.55 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6
詳細: 0.16 M lithium chloride, 22% (w/v) PEG6000, 0.1 M MES pH 6.0

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年2月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.95→93.189 Å / Num. obs: 30473 / % possible obs: 92.1 % / 冗長度: 6.8 % / Biso Wilson estimate: 46 Å2 / CC1/2: 0.978 / Rmerge(I) obs: 0.422 / Rpim(I) all: 0.173 / Rrim(I) all: 0.457 / Net I/σ(I): 3.6
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
2.955-3.42661.058909915250.640.4591.1571.668.8
10.513-93.1896.70.0841023615220.9960.0350.0918.899.6

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIX1.9_1692精密化
XDSデータ削減
Aimless0.7.4データスケーリング
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1ZAN

1zan


解像度: 2.95→88.423 Å / SU ML: 0.44 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 28.19 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2897 1494 4.91 %
Rwork0.2569 28952 -
obs0.2585 30446 46.08 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 117.11 Å2 / Biso mean: 41.5631 Å2 / Biso min: 12.67 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.95→88.423 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数18443 0 0 0 18443
残基数----2443
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00518890
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.99325659
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0432919
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0053278
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.3316650
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A5686X-RAY DIFFRACTION15.986TORSIONAL
12C5686X-RAY DIFFRACTION15.986TORSIONAL
13E5686X-RAY DIFFRACTION15.986TORSIONAL
14G5686X-RAY DIFFRACTION15.986TORSIONAL
15J5686X-RAY DIFFRACTION15.986TORSIONAL
16L5686X-RAY DIFFRACTION15.986TORSIONAL
21B4720X-RAY DIFFRACTION15.986TORSIONAL
22D4720X-RAY DIFFRACTION15.986TORSIONAL
23F4720X-RAY DIFFRACTION15.986TORSIONAL
24H4720X-RAY DIFFRACTION15.986TORSIONAL
25K4720X-RAY DIFFRACTION15.986TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.9532-3.04850.295390.4463671
3.0485-3.15750.5119110.37762184
3.1575-3.28390.4527240.36514638
3.2839-3.43330.4452350.34973913
3.4333-3.61440.3911640.3168126322
3.6144-3.84080.3592820.285171430
3.8408-4.13740.33621880.2842332558
4.1374-4.55370.27752100.2391438076
4.5537-5.21260.26922630.2359524892
5.2126-6.5670.28212890.26755756100
6.567-88.4230.25653190.23975779100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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