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- PDB-7bg1: Structure of anti-FLAG M2 Fab domain remodeled based on proteomic... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7bg1
タイトルStructure of anti-FLAG M2 Fab domain remodeled based on proteomic sequencing
要素
  • anti-FLAG M2 heavy chain
  • anti-FLAG M2 light chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / Antibody / Immunoglobulin / IgG / Fab / Monoclonal / M2 / Protein purification / FLAG / anti-FLAG / FLAG-tag / Immunohistochemistry / Immunocytochemistry / Immunoprecipitation / ELISA / Western blot / Research tool / Affinity tag
機能・相同性Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
機能・相同性情報
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.86 Å
データ登録者Pronker, M.F. / Snijder, J.
資金援助 オランダ, 1件
組織認可番号国
Netherlands Organisation for Scientific Research (NWO)024.002.009 オランダ
引用
ジャーナル: J.Proteome Res. / 年: 2021
タイトル: Mass Spectrometry-Based De Novo Sequencing of Monoclonal Antibodies Using Multiple Proteases and a Dual Fragmentation Scheme.
著者: Peng, W. / Pronker, M.F. / Snijder, J.
#1: ジャーナル: Biorxiv / 年: 2021
タイトル: Mass spectrometry-based de novo sequencing of the anti-FLAG-M2 antibody using multiple proteases and a dual fragmentation scheme
著者: Peng, W. / Pronker, M.F. / Snijder, J.
履歴
登録2021年1月5日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年7月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月31日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _citation.journal_id_ISSN / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
H: anti-FLAG M2 heavy chain
L: anti-FLAG M2 light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,4995
ポリマ－48,2722
非ポリマー2283
水4,504250
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: homology, Standard Fab
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3520 Å2
ΔGint-50 kcal/mol
Surface area19520 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)87.360, 133.760, 41.480
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Space group name HallP22ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x+1/2,y+1/2,-z
#4: -x,-y,z

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要素

#1: 抗体 anti-FLAG M2 heavy chain


分子量: 23907.541 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: IGHV1-04/IGHJ2
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
組織 (発現宿主): Ovarian
#2: 抗体 anti-FLAG M2 light chain


分子量: 24364.111 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ)
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
組織 (発現宿主): Ovarian
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 250 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.64 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.35 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 15% PEG 4000, 0.1M ammonium sulfate, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2004年6月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→50 Å / Num. obs: 46087 / % possible obs: 92.3 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 4.2 % / Biso Wilson estimate: 30.69 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.033 / Net I/σ(I): 19
反射 シェル解像度: 1.8→1.86 Å / 冗長度: 2.2 % / Rmerge(I) obs: 0.249 / Num. unique obs: 2659 / % possible all: 58.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Coot1.17.1_3660モデル構築
PHENIX1.17.1_3660精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2G60

2g60


解像度: 1.86→41.52 Å / SU ML: 0.2045 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.0197
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2552 2008 5.02 %
Rwork0.2173 37980 -
obs0.2192 39988 95.73 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 52.35 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.86→41.52 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3236 0 11 250 3497
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00353327
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.72654534
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0488506
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0039574
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.93051184
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.86-1.910.29921220.27411967X-RAY DIFFRACTION71.96
1.91-1.960.28831210.25172254X-RAY DIFFRACTION80.89
1.96-2.020.26831240.26232546X-RAY DIFFRACTION90.79
2.02-2.080.2981370.25392793X-RAY DIFFRACTION98.89
2.08-2.160.32341590.25052776X-RAY DIFFRACTION99.69
2.16-2.240.29121420.24012797X-RAY DIFFRACTION100
2.24-2.340.25681640.23682780X-RAY DIFFRACTION100
2.34-2.470.27361470.24562831X-RAY DIFFRACTION100
2.47-2.620.29431560.2392814X-RAY DIFFRACTION100
2.62-2.820.24971360.23342824X-RAY DIFFRACTION100
2.82-3.110.29631300.22922878X-RAY DIFFRACTION100
3.11-3.560.2831630.20872847X-RAY DIFFRACTION99.97
3.56-4.480.20771720.18472874X-RAY DIFFRACTION99.67
4.48-41.520.21931350.19942999X-RAY DIFFRACTION97.45
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
17.605422889530.801231496795-0.1049569179713.27868782638-0.09019136206621.926337105520.03402862340250.301256082210.214226876907-0.172348220197-0.09337245907050.271044072654-0.145212734805-0.1902040772040.06281888233720.177411700790.0389006158269-0.005237123793270.274157676745-0.05295378047240.24271459361622.805889615832.1660648665-3.8256920579
20.414092649671-0.7103096246781.178464920093.3744888895-1.695872651542.916569332760.388930900203-1.98804462899-0.7864482059690.831307970675-0.2005164517580.584834178490.312690670997-1.00174438618-0.5435252781320.73712498974-0.28130308827-0.02417438236771.368286131450.5852106968130.7403349223817.5746955773.3668871162317.9271767149
35.63425180439-1.215896253025.703578537946.66239158615-0.2655630026855.919029920340.373215903772-0.777817870876-0.02046407360560.353277774115-0.259352946388-0.4808015386930.1019670814050.14831243102-0.112181894780.836277692139-0.572017364222-0.2223993432381.689040102340.3133203409931.4754473760816.3638097606-9.0510995416422.1761952253
44.09373910215-0.05452628330792.324535557820.834324746581-2.619745550068.933941568930.0380784874171-0.285445512586-0.0893769721421-0.0284989696521-0.0255496157295-0.001221162486971.221995285910.112524357166-0.06250718402940.3540216665270.043947722360.01604642657450.336564302319-0.06703686824510.22214854576846.410653017920.27402621522.88074579116
55.221716711110.6281547991150.3453558893833.933860260620.03593748877521.580616418570.0784279817716-0.3173408347680.5528997276380.102442382803-0.022885342640.0856570303523-0.178590469606-0.0342586661859-0.07959172772630.139143192739-0.0106125590351-0.01662645637010.257190064912-0.03666446531160.21681865055242.991774441432.81870481350.199128003731
61.905782621591.710695088630.2460463602993.20182061089-3.109723763166.485516262340.154427484693-0.4325419078760.3457382441370.241942599010.185346579435-0.239010972827-0.3116341674470.597216962899-0.3309620623670.1587740550230.0194222044906-0.0389804241970.342473229663-0.06508716458940.20920223778649.306082687928.08599032095.43743348966
75.988294164750.1158915957770.2839862326495.406287562471.277555970256.808700558060.1355140355360.4582719525840.429473076724-0.518320286893-0.1198722275320.167733305979-0.069763296512-0.391666620062-0.04919828515740.1394963952830.01013431295740.007007636174360.2749563158240.001244442287920.17564234215538.084208881527.3901472747-4.97011895388
84.10534209948-0.09546707418451.173108516314.01966527547-1.589044693842.118960247480.407088202424-0.348154585577-0.797373826191-0.5488770144190.2185938243330.7055553162960.897064893378-0.383191615937-0.3886957494790.569674060597-0.0719774197972-0.158119089970.2875849816980.1207244503280.43486715055531.73737026873.028795317198.61914095587
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'L' and (resid 1 through 118 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'L' and (resid 119 through 213 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'L' and (resid 214 through 215 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'H' and (resid 1 through 25 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'H' and (resid 26 through 66 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'H' and (resid 67 through 90 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'H' and (resid 91 through 109 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'H' and (resid 110 through 224 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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