[日本語] English
万見
- PDB-7bf0: Zn-bound domain 3 of CDCA1 in complex with carbon dioxide -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7bf0
タイトルZn-bound domain 3 of CDCA1 in complex with carbon dioxide
要素Cadmium-specific carbonic anhydrase
キーワードLYASE / CARBON DIOXIDE / CARBONIC ANHYDRASE / ZINC-BOUND / MARINE DIATOM
機能・相同性Cadmium carbonic anhydrase repeat / Cadmium carbonic anhydrase repeat / metal ion binding / CARBON DIOXIDE / Cadmium-specific carbonic anhydrase
機能・相同性情報
生物種Thalassiosira weissflogii (珪藻)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Alterio, V. / De Simone, G.
引用ジャーナル: Comput Struct Biotechnol J / 年: 2021
タイトル: Zeta-carbonic anhydrases show CS 2 hydrolase activity: A new metabolic carbon acquisition pathway in diatoms?
著者: Alterio, V. / Langella, E. / Buonanno, M. / Esposito, D. / Nocentini, A. / Berrino, E. / Bua, S. / Polentarutti, M. / Supuran, C.T. / Monti, S.M. / De Simone, G.
履歴
登録2020年12月30日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年7月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月31日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Cadmium-specific carbonic anhydrase
B: Cadmium-specific carbonic anhydrase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,9077
ポリマ－49,6532
非ポリマー2545
水3,081171
1
A: Cadmium-specific carbonic anhydrase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,9714
ポリマ－24,8261
非ポリマー1453
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Cadmium-specific carbonic anhydrase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,9363
ポリマ－24,8261
非ポリマー1092
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)119.576, 62.712, 75.018
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 119.780, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

-
要素

#1: タンパク質 Cadmium-specific carbonic anhydrase / (CDCA1-R3)


分子量: 24826.391 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: MARINE DIATOM / 由来: (組換発現) Thalassiosira weissflogii (珪藻) / 遺伝子: cdca1 / プラスミド: PET15B / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q50EL4
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物 ChemComp-CO2 / CARBON DIOXIDE / 二酸化炭素


分子量: 44.010 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: CO2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 171 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 53 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.9
詳細: 28% (w/v) PEG2000, 20 mM lithium sulfate, 100 mM sodium citrate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 5.2R / 波長: 0.999995 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年5月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.999995 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→50 Å / Num. obs: 61450 / % possible obs: 97 % / 冗長度: 11.6 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.066 / Rpim(I) all: 0.019 / Rrim(I) all: 0.068 / Χ2: 1.039 / Net I/av σ(I): 35.8 / Net I/σ(I): 14.6
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
1.6-1.637.10.4433.924490.9490.1620.4741.0178
1.63-1.667.60.4234.225820.9480.1510.4510.97982.3
1.66-1.698.10.3844.628330.960.1320.4080.96889.8
1.69-1.729.40.3745.329870.9690.120.3941.06795.1
1.72-1.7610.30.326730850.9780.1020.3431.08698
1.76-1.8110.38.331490.9830.0920.3141.07799.8
1.8-1.8511.60.2741031540.9880.0830.2871.0799.9
1.85-1.911.30.2511.431480.9910.0770.2621.09899.9
1.9-1.9512.40.2161431580.9930.0630.2251.07299.9
1.95-2.0213.10.17617.931290.9950.050.1831.0999.7
2.02-2.0912.80.14820.331840.9960.0430.1541.06299.9
2.09-2.1711.90.12322.731510.9970.0370.1281.07599.8
2.17-2.2713.20.10427.431470.9980.030.1091.02799.7
2.27-2.3913.30.09130.131400.9980.0260.0950.98899.8
2.39-2.5412.60.07832.431680.9980.0230.0810.98399.7
2.54-2.7412.40.06638.731500.9990.0190.0691.07599.5
2.74-3.0113.10.0564331810.9990.0160.0590.96999.7
3.01-3.4512.40.04944.831860.9990.0140.0510.974100
3.45-4.3412.80.0435431950.9990.0120.0451.075100
4.34-5012.60.04150.632740.9990.0120.0430.997100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALEPACKデータスケーリング
CNS精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
HKL-2000データ削減
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3UK8

3uk8


解像度: 1.6→50 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2459 960 1.5 %Random selection
Rwork0.2147 57168 --
obs-58128 91.4 %-
原子変位パラメータBiso max: 60.81 Å2 / Biso mean: 26.3624 Å2 / Biso min: 12.08 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-13.341 Å2-0 Å27.237 Å2
2---5.442 Å20 Å2
3----7.899 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.6→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3183 0 9 171 3363
Biso mean--28.88 30.46 -
残基数----423
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d1.535
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.1971.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.932
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.7212
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.7042.5
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Refine-ID
1.6-1.66X-RAY DIFFRACTION
1.66-1.72X-RAY DIFFRACTION
1.72-1.8X-RAY DIFFRACTION
1.8-1.9X-RAY DIFFRACTION
1.9-2.02X-RAY DIFFRACTION
2.02-2.17X-RAY DIFFRACTION
2.17-2.39X-RAY DIFFRACTION
2.39-2.74X-RAY DIFFRACTION
2.74-3.45X-RAY DIFFRACTION
3.45-50X-RAY DIFFRACTION

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る