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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7bf0 | ||||||
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タイトル | Zn-bound domain 3 of CDCA1 in complex with carbon dioxide | ||||||
![]() | Cadmium-specific carbonic anhydrase | ||||||
![]() | LYASE / CARBON DIOXIDE / CARBONIC ANHYDRASE / ZINC-BOUND / MARINE DIATOM | ||||||
機能・相同性 | Cadmium carbonic anhydrase repeat / Cadmium carbonic anhydrase repeat / metal ion binding / CARBON DIOXIDE / Cadmium-specific carbonic anhydrase![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Alterio, V. / De Simone, G. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Zeta-carbonic anhydrases show CS 2 hydrolase activity: A new metabolic carbon acquisition pathway in diatoms? 著者: Alterio, V. / Langella, E. / Buonanno, M. / Esposito, D. / Nocentini, A. / Berrino, E. / Bua, S. / Polentarutti, M. / Supuran, C.T. / Monti, S.M. / De Simone, G. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 98 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 73.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 24826.391 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: MARINE DIATOM / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-CL / | #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 53 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.9 詳細: 28% (w/v) PEG2000, 20 mM lithium sulfate, 100 mM sodium citrate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年5月10日 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.999995 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.6→50 Å / Num. obs: 61450 / % possible obs: 97 % / 冗長度: 11.6 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.066 / Rpim(I) all: 0.019 / Rrim(I) all: 0.068 / Χ2: 1.039 / Net I/av σ(I): 35.8 / Net I/σ(I): 14.6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 3UK8 解像度: 1.6→50 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0
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原子変位パラメータ | Biso max: 60.81 Å2 / Biso mean: 26.3624 Å2 / Biso min: 12.08 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.6→50 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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