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Yorodumi- PDB-7bez: Zinc bound domain 3 of carbonic anhydrase from marine diatom Thal... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7bez | ||||||
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Title | Zinc bound domain 3 of carbonic anhydrase from marine diatom Thalassiosira weissflogii | ||||||
Components | Cadmium-specific carbonic anhydrase | ||||||
Keywords | LYASE / MARINE DIATOM / CARBONIC ANHYDRASE / ZINC-BOUND | ||||||
Function / homology | Cadmium carbonic anhydrase repeat / Cadmium carbonic anhydrase repeat / metal ion binding / Cadmium-specific carbonic anhydrase Function and homology information | ||||||
Biological species | Thalassiosira weissflogii (Diatom) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.981 Å | ||||||
Authors | Alterio, V. / De Simone, G. | ||||||
Citation | Journal: Comput Struct Biotechnol J / Year: 2021 Title: Zeta-carbonic anhydrases show CS 2 hydrolase activity: A new metabolic carbon acquisition pathway in diatoms? Authors: Alterio, V. / Langella, E. / Buonanno, M. / Esposito, D. / Nocentini, A. / Berrino, E. / Bua, S. / Polentarutti, M. / Supuran, C.T. / Monti, S.M. / De Simone, G. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 7bez.cif.gz | 96.5 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb7bez.ent.gz | 71.5 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 7bez.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/be/7bez ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/be/7bez | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 7bf0C 3uk8S S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 24826.391 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: MARINE DIATOM / Source: (gene. exp.) Thalassiosira weissflogii (Diatom) / Gene: cdca1 / Plasmid: PET15B / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / References: UniProt: Q50EL4 #2: Chemical | #3: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | N | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.63 Å3/Da / Density % sol: 53 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 7.5 Details: 27% (w/v) PEG3350, 20 mM sodium dihydrogen phosphate, 100 mM HEPES |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ROTATING ANODE / Type: RIGAKU MICROMAX-007 HF / Wavelength: 1.54178 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: RIGAKU SATURN 944 / Detector: CCD / Date: Apr 12, 2017 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1.54178 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.98→50 Å / Num. obs: 31341 / % possible obs: 95.2 % / Redundancy: 4.7 % / Rmerge(I) obs: 0.093 / Rpim(I) all: 0.043 / Rrim(I) all: 0.103 / Χ2: 1.031 / Net I/av σ(I): 13.3 / Net I/σ(I): 12 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 3UK8 Resolution: 1.981→33.235 Å / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 0
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Displacement parameters | Biso max: 59.64 Å2 / Biso mean: 28.1 Å2 / Biso min: 13.17 Å2
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Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.981→33.235 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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