PDB-7bcy: X-ray structure of WDR5delta24 bound to the Kaposi's sarcoma herp...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7bcy

タイトル

X-ray structure of WDR5delta24 bound to the Kaposi's sarcoma herpesvirus LANA win motif peptide

要素

ORF 73
WD repeat-containing protein 5

キーワード

TRANSFERASE / WD repeat-containing protein 5 LANA Histone Methyltransferase H3K4 / TRANSCRIPTION

機能・相同性

機能・相同性情報

histone H3Q5ser reader activity / histone H3K4me1 reader activity / Epigenetic regulation of gene expression by MLL3 and MLL4 complexes / MLL3/4 complex / Set1C/COMPASS complex / MLL1/2 complex / ATAC complex / NSL complex / histone H3K4 methyltransferase activity / Cardiogenesis ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

Human herpesvirus 8 type M (ヘルペスウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.5 Å

データ登録者

McVey, C.E. / Kaye, K.M.

資金援助

ポルトガル,

米国, 5件

組織	認可番号	国
Foundation for Science and Technology (FCT)	LISBOA-01-0145-FEDER-007344	ポルトガル
Foundation for Science and Technology (FCT)	IF/01023/2013/CP1173/CT0003	ポルトガル
National Institutes of Health/National Human Genome Research Institute (NIH/NHGRI)	CA082036	米国
National Institutes of Health/National Human Genome Research Institute (NIH/NHGRI)	DE025208	米国
National Institutes of Health/National Human Genome Research Institute (NIH/NHGRI)	DE024971	米国

引用

ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2021
タイトル: MLL1 is regulated by KSHV LANA and is important for virus latency.
著者: Tan, M. / Li, S. / Juillard, F. / Chitas, R. / Custodio, T.F. / Xue, H. / Szymula, A. / Sun, Q. / Liu, B. / Alvarez, A.L. / Chen, S. / Huang, J. / Simas, J.P. / McVey, C.E. / Kaye, K.M.

履歴

登録	2020年12月21日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年12月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年12月15日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.2	2021年12月29日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.3	2024年1月31日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.4	2024年11月13日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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PDB形式	pdb7bcy.ent.gz	292 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7bcy.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	7bcy_validation.pdf.gz	443.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7bcy_full_validation.pdf.gz	446.1 KB	表示
XML形式データ	7bcy_validation.xml.gz	30.1 KB	表示
CIF形式データ	7bcy_validation.cif.gz	46.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bc/7bcy ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bc/7bcy	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	7bedC 4eryS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5ear-1 4gm8-3 3psl-1 4gm8-4 3uvl-d 3smr-3 3eg6-d 6ofz-d 6ufx-d 2h6n-2 4ewr-d 7bcy-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: WD repeat-containing protein 5

B: WD repeat-containing protein 5

P: ORF 73

Q: ORF 73

71.7 kDa, 4 ポリマー
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1

A: WD repeat-containing protein 5

Q: ORF 73

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration, WDR5-LANA peptide form a binary 1:1 complex
35.8 kDa, 2 ポリマー
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2

B: WD repeat-containing protein 5

P: ORF 73

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
35.8 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	46.313, 53.171, 65.124
Angle α, β, γ (deg.)	72.579, 89.749, 73.156
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1
Space group name Hall	P1

#1: タンパク質	WD repeat-containing protein 5 / BMP2-induced 3-kb gene protein 分子量: 34506.125 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: WDR5, BIG3 / プラスミド: pET47b / 詳細 (発現宿主): T7 Kan / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Star / 参照: UniProt: P61964
#2: タンパク質・ペプチド	ORF 73 分子量: 1330.568 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成詳細: N-terminal acetylation and C-terminal amidation of LANA peptide 由来: (合成) Human herpesvirus 8 type M (ヘルペスウイルス) 参照: UniProt: Q76SB0
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 692 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.94 Å³/Da / 溶媒含有率: 36.7 % / 解説: Rod-shaped
結晶化	温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 100 mM Bis-Tris pH 5.5, 50 mM (NH4)2SO4, 25% PEG3350 PH範囲: 5.5 - 6.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: Oxford cryostream / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID30B / 波長: 0.9762 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年4月23日 / 詳細: Vertical CRL / Horizontal Eliptical mirror
放射	モノクロメーター: Standard ESRF channel cut / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9762 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.4996→61.9364 Å / Num. obs: 78054 / % possible obs: 86.35 % / 冗長度: 3.1 % / B_iso Wilson estimate: 13.72 Å² / CC_1/2: 0.993 / R split: 0.069 / R_merge(I) obs: 0.068 / R_pim(I) all: 0.046 / R_rim(I) all: 0.082 / Χ²: 4.3 / Net I/av σ(I): 5.3 / Net I/σ(I): 7.8
反射シェル	解像度: 1.5→1.53 Å / 冗長度: 3.1 % / R_merge(I) obs: 0.38 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 3941 / CC_1/2: 0.816 / R split: 0.381 / R_pim(I) all: 0.258 / R_rim(I) all: 0.461 / Χ²: 0.73 / % possible all: 87.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.19rc7_4070	精密化
DIALS	1.10.0-gf2f43cdc6	データ削減
Aimless	0.7.1	データスケーリング
MOLREP	11.6.04	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4ery

4ery

解像度: 1.5→39 Å / SU ML: 0.1829 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.97 / 位相誤差: 25.2669
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2268	3891	4.99 %
R_work	0.1932	74131	-
obs	0.1949	78022	86.18 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 17.1 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.5→39 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4713	0	0	692	5405

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0105	4860
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.1561	6612
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0708	755
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0089	825
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	7.5103	659

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.5-1.52	0.3065	131	0.2514	2704	X-RAY DIFFRACTION	87.12
1.52-1.54	0.3088	139	0.2406	2698	X-RAY DIFFRACTION	87.24
1.54-1.56	0.2517	167	0.2356	2588	X-RAY DIFFRACTION	86.17
1.56-1.58	0.3122	139	0.2292	2578	X-RAY DIFFRACTION	84.3
1.58-1.6	0.3154	123	0.222	2612	X-RAY DIFFRACTION	83.74
1.6-1.63	0.2545	136	0.2212	2480	X-RAY DIFFRACTION	80.94
1.63-1.65	0.2493	119	0.2012	2283	X-RAY DIFFRACTION	73.86
1.65-1.68	0.2539	142	0.1955	2557	X-RAY DIFFRACTION	84.87
1.68-1.71	0.2464	157	0.2019	2792	X-RAY DIFFRACTION	89.28
1.71-1.74	0.2399	139	0.2047	2698	X-RAY DIFFRACTION	89.5
1.74-1.77	0.2969	134	0.2113	2763	X-RAY DIFFRACTION	88.38
1.77-1.81	0.2934	133	0.2168	2680	X-RAY DIFFRACTION	87.41
1.81-1.85	0.256	146	0.2117	2683	X-RAY DIFFRACTION	87.15
1.85-1.89	0.2593	154	0.1968	2553	X-RAY DIFFRACTION	84.86
1.89-1.94	0.2356	129	0.1857	2479	X-RAY DIFFRACTION	80.62
1.94-1.99	0.2181	122	0.1778	2371	X-RAY DIFFRACTION	76.85
1.99-2.05	0.201	138	0.1822	2819	X-RAY DIFFRACTION	91.58
2.05-2.11	0.2477	147	0.1809	2804	X-RAY DIFFRACTION	90.88
2.11-2.19	0.217	149	0.1891	2754	X-RAY DIFFRACTION	90.27
2.19-2.28	0.2206	137	0.1859	2725	X-RAY DIFFRACTION	88.72
2.28-2.38	0.2291	137	0.1847	2679	X-RAY DIFFRACTION	87.1
2.38-2.51	0.2177	130	0.1855	2418	X-RAY DIFFRACTION	78.14
2.51-2.66	0.2303	132	0.1902	2708	X-RAY DIFFRACTION	88.03
2.66-2.87	0.2094	126	0.1881	2852	X-RAY DIFFRACTION	92.83
2.87-3.16	0.2161	156	0.1916	2766	X-RAY DIFFRACTION	90.44
3.16-3.61	0.1995	122	0.1768	2561	X-RAY DIFFRACTION	83.04
3.61-4.55	0.1844	155	0.173	2782	X-RAY DIFFRACTION	90.82
4.55-39	0.2224	152	0.2145	2744	X-RAY DIFFRACTION	89.38

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.553041459881	-0.0478517255462	-0.0632358047972	0.394456235485	0.0743705924452	0.450838301336	-0.0347672360758	0.0672005185106	-0.000602469377163	-0.120077319172	0.0344230939594	-0.0892333315328	-0.00313582717187	0.029575311259	0.000180031426624	0.118279632921	-0.0217360150152	0.0213066751619	0.120582508465	-0.00849370928116	0.10433571109	20.5697639929	-5.902035756	-20.0752975902
2	0.743101596622	0.173903149601	-0.0725326350225	0.634924091572	0.0829299305722	0.615099938959	-0.0489410604838	0.0107184223273	0.131163289214	-0.0614605063537	0.0401986926047	0.0155616651423	-0.0769435526497	-0.0579335775547	0.0025097152018	0.103358736357	0.0015900387239	-0.0109222792719	0.106250745076	0.0108634135171	0.11368651462	5.80172759079	3.33307797802	-15.7601409264
3	0.598542688543	-0.357238581661	0.0299724394249	0.689009725449	-0.297164019358	0.200723800235	0.0074438639077	-0.0696259976265	-0.147551755323	-0.0530385745821	0.0668434786096	0.14601867795	0.111366418564	-0.113429934111	-0.0304815789632	0.11009830255	-0.0107566734635	-0.00178134956166	0.144118320873	0.0135960165226	0.132368858104	-0.428161384201	-14.2917142907	-10.7914464644
4	0.429050811842	0.132691789376	-0.163790680977	0.632724514813	0.054150994022	0.495975245071	-0.00790870770877	-0.0449645389593	-0.111632831884	-0.0192439588824	0.0392494929247	-0.0357431023583	0.0830776007158	0.0311014622306	-0.0227700963989	0.141177910694	0.0131577439681	0.00900750421707	0.104618633768	0.0139371315277	0.142789127169	15.9634917915	-22.4468701181	-11.3436913366
5	1.05284291118	-0.0170272909937	0.145135400262	0.723255811414	-0.0502519432161	1.27761838389	-0.0464932702458	0.0383217549529	-0.100076145406	-0.0492459788591	0.0560388698326	-0.0421085683246	0.0470766689058	0.0997040626101	-0.0155167178546	0.150860678959	-0.0115276785555	0.022192571113	0.129062148447	-0.00617113539726	0.114843664296	22.1152502688	-16.0597619231	-17.8902257692
6	0.43219910864	0.191789733831	0.0577696114612	0.410156337259	0.155843137635	0.566028046767	-0.054440826925	-0.0169985553489	0.0813173434477	0.0374514524564	0.0267044057452	-0.0766214130443	-0.053987580784	0.0518522838665	0.00964984051671	0.110773349575	0.0201162164632	-0.0239105111819	0.101418074352	-0.00715098880825	0.123888784355	-0.735546573879	12.1675975178	19.8274901591
7	0.744553182675	-0.0199475394458	0.0524265291606	0.578694023024	0.0928846722158	0.344178428074	-0.0232130125905	-0.0197572530908	-0.0746493485689	0.0460540309326	0.0191039154358	0.0102852465629	0.0337266140972	-0.0207576292855	0.00867947978284	0.0908515098299	0.000554974161689	0.00646942740789	0.0793652369528	0.00240683154334	0.0821986416132	-15.6138198418	0.965267226619	15.7259303691
8	1.89168292544	0.00221424277795	-0.711882328005	1.29686082127	-0.200400432366	0.303361299107	-0.0614855452207	0.127105141325	0.177340078691	0.00341751635233	0.0482287460979	0.1352136768	-0.182868601119	-0.186698981316	0.0109363411069	0.111390689447	0.011641871472	-0.0078281642134	0.120874027985	0.0143905672514	0.138358861368	-21.5389192936	16.582225075	10.7362671727
9	0.589850807574	-0.0633003034562	0.302467184154	0.848964608799	-0.185175346019	0.691778335567	-0.0712473530106	0.0450740234074	0.109888044972	0.0580923992408	0.0446934747823	0.0235956963154	-0.0958757398335	0.033556162901	0.00816734880545	0.124317849209	-0.00635881208812	-0.00944103709411	0.0995701348778	0.0066843592716	0.123612998903	-7.96830701503	20.5931611337	12.7665263109
10	2.57787794383	0.162271824647	-0.821656251958	2.35414783872	0.0921039941843	1.21549455909	0.0297960568178	0.524824800998	-0.087144350618	-0.498121249149	0.0815208341555	0.0624728901483	0.0774266994405	-0.00576847830153	-0.0208043872683	0.207568547375	0.0122645001783	0.00983265670735	0.227125175191	-0.00936840066792	0.139610628437	-8.0550951042	5.40519434084	0.441000985978
11	1.99632953034	0.101789644522	0.835416388107	2.40670776556	0.179649147256	2.16492237592	-0.100586995561	-0.53323375396	-0.0264497706483	0.602184928845	-0.0481418675337	0.121418092664	0.0347033985305	-0.062976161412	-0.0100003775511	0.246566519297	0.000271655660085	0.00853111896912	0.246755172466	-0.011850179003	0.134526346895	15.2938263984	-5.86737562405	-0.878049124921

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 31 through 106 )	A	A	31 - 106	1 - 76
2	2	chain 'A' and (resid 107 through 167 )	A	A	107 - 167	77 - 137
3	3	chain 'A' and (resid 168 through 252 )	A	A	168 - 252	138 - 219
4	4	chain 'A' and (resid 253 through 303 )	A	A	253 - 303	220 - 270
5	5	chain 'A' and (resid 304 through 334 )	A	A	304 - 334	271 - 301
6	6	chain 'B' and (resid 30 through 64 )	B	B	30 - 64	1 - 35
7	7	chain 'B' and (resid 65 through 206 )	B	B	65 - 206	36 - 177
8	8	chain 'B' and (resid 207 through 233 )	B	B	207 - 233	178 - 202
9	9	chain 'B' and (resid 234 through 334 )	B	B	234 - 334	203 - 303
10	10	chain 'P' and (resid 23 through 29 )	P	D	23 - 29	2 - 8
11	11	chain 'Q' and (resid 23 through 29 )	Q	F	23 - 29	2 - 8

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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