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- PDB-4ewr: X-ray structure of WDR5-SETd1a Win motif peptide binary complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ewr
タイトルX-ray structure of WDR5-SETd1a Win motif peptide binary complex
要素
  • Histone-lysine N-methyltransferase SETD1A
  • WD repeat-containing protein 5
キーワードTranscription/Transferase / WD40 / Win motif / beta propeller / 3-10 helix / lysine methyltransferase / SETd1a / RbBP5 / MLL1 / Ash2L / core complex / Histone / Transcription-Transferase complex
機能・相同性
機能・相同性情報


[histone H3]-lysine4 N-methyltransferase / histone H3K4 monomethyltransferase activity / regulation of chromatin organization / histone H3K4 trimethyltransferase activity / Epigenetic regulation of gene expression by MLL3 and MLL4 complexes / MLL3/4 complex / Set1C/COMPASS complex / MLL1/2 complex / ATAC complex / NSL complex ...[histone H3]-lysine4 N-methyltransferase / histone H3K4 monomethyltransferase activity / regulation of chromatin organization / histone H3K4 trimethyltransferase activity / Epigenetic regulation of gene expression by MLL3 and MLL4 complexes / MLL3/4 complex / Set1C/COMPASS complex / MLL1/2 complex / ATAC complex / NSL complex / histone H3K4 methyltransferase activity / Cardiogenesis / regulation of hematopoietic stem cell differentiation / histone methyltransferase complex / Formation of WDR5-containing histone-modifying complexes / regulation of cell division / regulation of embryonic development / MLL1 complex / histone acetyltransferase complex / : / positive regulation of gluconeogenesis / transcription initiation-coupled chromatin remodeling / gluconeogenesis / skeletal system development / RUNX1 regulates genes involved in megakaryocyte differentiation and platelet function / brain development / beta-catenin binding / PKMTs methylate histone lysines / RMTs methylate histone arginines / Activation of anterior HOX genes in hindbrain development during early embryogenesis / mitotic spindle / HATs acetylate histones / Neddylation / MLL4 and MLL3 complexes regulate expression of PPARG target genes in adipogenesis and hepatic steatosis / methylation / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / histone binding / regulation of cell cycle / nuclear speck / DNA damage response / regulation of DNA-templated transcription / regulation of transcription by RNA polymerase II / chromatin / positive regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / RNA binding / nucleoplasm / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Set1A, RNA recognition motif / Histone-lysine N-methyltransferase SETD1A / COMPASS complex Set1 subunit, N-SET domain / Histone-lysine N-methyltransferase Set1-like / COMPASS (Complex proteins associated with Set1p) component N / COMPASS (Complex proteins associated with Set1p) component N / Cysteine-rich motif following a subset of SET domains / Post-SET domain / Post-SET domain profile. / SET (Su(var)3-9, Enhancer-of-zeste, Trithorax) domain ...Set1A, RNA recognition motif / Histone-lysine N-methyltransferase SETD1A / COMPASS complex Set1 subunit, N-SET domain / Histone-lysine N-methyltransferase Set1-like / COMPASS (Complex proteins associated with Set1p) component N / COMPASS (Complex proteins associated with Set1p) component N / Cysteine-rich motif following a subset of SET domains / Post-SET domain / Post-SET domain profile. / SET (Su(var)3-9, Enhancer-of-zeste, Trithorax) domain / SET domain / SET domain superfamily / SET domain profile. / SET domain / YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase / 7 Propeller / Methylamine Dehydrogenase; Chain H / RNA recognition motif / RNA recognition motif / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. / RNA recognition motif domain / RNA-binding domain superfamily / G-protein beta WD-40 repeat / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / WD domain, G-beta repeat / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Histone-lysine N-methyltransferase SETD1A / WD repeat-containing protein 5
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.503 Å
データ登録者Dharmarajan, V. / Lee, J.-H. / Patel, A. / Skalnik, D.G. / Cosgrove, M.S.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2012
タイトル: Structural basis for WDR5 interaction (Win) motif recognition in human SET1 family histone methyltransferases.
著者: Dharmarajan, V. / Lee, J.H. / Patel, A. / Skalnik, D.G. / Cosgrove, M.S.
履歴
登録2012年4月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年5月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年2月11日Group: Database references
改定 1.22017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.32024年2月28日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: WD repeat-containing protein 5
C: Histone-lysine N-methyltransferase SETD1A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,8882
ポリマ－35,8882
非ポリマー00
水5,801322
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1210 Å2
ΔGint-5 kcal/mol
Surface area11880 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)78.494, 98.659, 80.280
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 WD repeat-containing protein 5 / BMP2-induced 3-kb gene protein


分子量: 34303.914 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 23-334 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BIG3, WDR5 / プラスミド: pHIS paralell / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta2 pLysS / 参照: UniProt: P61964
#2: タンパク質・ペプチド Histone-lysine N-methyltransferase SETD1A / Lysine N-methyltransferase 2F / SET domain-containing protein 1A / hSET1A / Set1/Ash2 histone ...Lysine N-methyltransferase 2F / SET domain-containing protein 1A / hSET1A / Set1/Ash2 histone methyltransferase complex subunit SET1


分子量: 1583.615 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 1488-1501 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O15047, histone-lysine N-methyltransferase
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 322 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.22 %
結晶化温度: 294 K / 手法: ハンギングドロップ法 / pH: 7.6
詳細: PEG3350, Ammonium Sulfate, HEPES, pH 7.6, hanging drop, temperature 294K

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データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 0.917 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2008年8月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.917 Å / 相対比: 1
Reflection冗長度: 13.6 % / Av σ(I) over netI: 37.12 / 数: 673835 / Rmerge(I) obs: 0.1 / Χ2: 1.86 / D res high: 1.5 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 49713 / % possible obs: 99.7
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)% possible obs (%)IDRmerge(I) obsChi squaredRedundancy
3.235099.610.0442.68314.2
2.563.2310010.0732.66814
2.242.5610010.1022.32314.4
2.042.2410010.1232.09114.4
1.892.0410010.1631.84514.5
1.781.8999.910.2391.5214.5
1.691.7899.710.3461.37214.3
1.621.6999.610.4341.24513.6
1.551.6299.310.5341.18412.1
1.51.5598.910.6341.1889.5
反射解像度: 1.5→50 Å / Num. obs: 49713 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 13.6 % / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 9.3
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsDiffraction-ID% possible all
1.5-1.559.50.634198.9
1.55-1.6212.10.534199.3
1.62-1.6913.60.434199.6
1.69-1.7814.30.346199.7
1.78-1.8914.50.239199.9
1.89-2.0414.50.1631100
2.04-2.2414.40.1231100
2.24-2.5614.40.1021100
2.56-3.23140.0731100
3.23-5014.20.044199.6

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
PHENIX1.7.3_928精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.503→24.665 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.4 / SU ML: 0.17 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 18.46 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1978 2518 5.07 %
Rwork0.1728 --
obs0.1741 49670 99.65 %
溶媒の処理減衰半径: 0.73 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 40.803 Å2 / ksol: 0.4 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.267 Å20 Å2-0 Å2
2--3.6887 Å20 Å2
3----3.9558 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.503→24.665 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2426 0 0 322 2748
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0062482
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1623365
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.954877
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.08379
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005418
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.503-1.53180.33631380.25842531X-RAY DIFFRACTION98
1.5318-1.5630.25461400.23012559X-RAY DIFFRACTION99
1.563-1.5970.24561420.20472585X-RAY DIFFRACTION99
1.597-1.63420.21521420.19612569X-RAY DIFFRACTION99
1.6342-1.6750.23461380.18422610X-RAY DIFFRACTION100
1.675-1.72030.24781310.182587X-RAY DIFFRACTION100
1.7203-1.77090.20351620.17062582X-RAY DIFFRACTION100
1.7709-1.8280.17241320.16822605X-RAY DIFFRACTION100
1.828-1.89330.15581610.16082593X-RAY DIFFRACTION100
1.8933-1.96910.16581400.16192626X-RAY DIFFRACTION100
1.9691-2.05870.2081550.16862593X-RAY DIFFRACTION100
2.0587-2.16720.20721220.17052648X-RAY DIFFRACTION100
2.1672-2.30290.19041520.17052606X-RAY DIFFRACTION100
2.3029-2.48050.21191200.16912657X-RAY DIFFRACTION100
2.4805-2.72990.2031380.17942657X-RAY DIFFRACTION100
2.7299-3.12420.22361370.17892660X-RAY DIFFRACTION100
3.1242-3.93360.17311250.1562708X-RAY DIFFRACTION100
3.9336-24.66810.16921430.16322776X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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