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- PDB-7baf: Crystal structure of PAFB in complex with zinc -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7baf
タイトルCrystal structure of PAFB in complex with zinc
要素Antifungal protein
キーワードANTIFUNGAL PROTEIN / Penicillium chrysogenum antifungal protein B / calix[n]arene / zinc / porous framework / molecular recognition
機能・相同性Antifungal protein / Antifungal protein domain superfamily / Antifungal protein / defense response to fungus / killing of cells of another organism / host cell cytoplasm / extracellular region / ACETATE ION / Antifungal protein B
機能・相同性情報
生物種Penicillium rubens (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.123 Å
データ登録者Guagnini, F. / Huber, A. / Alex, J.M. / Marx, F. / Crowley, P.B.
資金援助 アイルランド, 2件
組織認可番号国
Science Foundation Ireland13/CDA/2168 アイルランド
Irish Research CouncilGOIPD/2019/513 アイルランド
引用ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2021
タイトル: Porous assembly of an antifungal protein mediated by zinc and sulfonato-calix[8]arene.
著者: Guagnini, F. / Huber, A. / Alex, J.M. / Marx, F. / Crowley, P.B.
履歴
登録2020年12月15日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年3月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年3月24日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.title
改定 1.22024年1月31日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Antifungal protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,0089
ポリマ－6,5161
非ポリマー4918
水86548
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: NMR relaxation study
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1020 Å2
ΔGint-67 kcal/mol
Surface area4090 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)32.942, 32.942, 42.825
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number144
Space group name H-MP31

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要素

#1: タンパク質 Antifungal protein


分子量: 6516.394 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Penicillium rubens (strain ATCC 28089 / DSM 1075 / NRRL 1951 / Wisconsin 54-1255) (菌類)
株: ATCC 28089 / DSM 1075 / NRRL 1951 / Wisconsin 54-1255 / 遺伝子: afp, Pc12g08290 / 発現宿主: Penicillium rubens Wisconsin 54-1255 (菌類) / 参照: UniProt: B6GXZ8
#2: 化合物
ChemComp-ACT / ACETATE ION


分子量: 59.044 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 48 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 40 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 0.1 M BIS-TRIS pH 5.5, 25 % PEG 3350, 0.2 M NH4CH3COO

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 2 / 波長: 0.98013 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年9月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98013 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.12→28.53 Å / Num. obs: 19859 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 9.4 % / Biso Wilson estimate: 7.96 Å2 / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.163 / Rpim(I) all: 0.055 / Rrim(I) all: 0.172 / Net I/σ(I): 10.4 / Num. measured all: 186816 / Scaling rejects: 1456
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
1.12-1.187.31.0142122628940.6910.4051.0952.699.5
3.55-28.539.80.11662056310.9910.0380.1222399.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.3 (18-SEP-2020)精密化
Aimless0.7.4データスケーリング
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
pointlessデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6HAJ

6haj


解像度: 1.123→28.53 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.937 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.953 / SU R Cruickshank DPI: 0.035 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.035 / SU Rfree Blow DPI: 0.034 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.033
詳細: HYDROGENS WERE FULLY REFINED WITH ZERO OCCUPANCY AT NUCLEAR POSITION. REFINEMENT NOTES. NUMBER OF REFINEMENT NOTES : 1 NOTE 1 : IDEAL-DIST CONTACT TERM CONTACT SETUP. ALL ATOMS HAVE CCP4 ATOM TYPE FROM LIBRARY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1852 952 4.82 %RANDOM
Rwork0.1816 ---
obs0.1818 19755 99.5 %-
原子変位パラメータBiso max: 37.1 Å2 / Biso mean: 13.04 Å2 / Biso min: 5.21 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.3681 Å20 Å20 Å2
2---1.3681 Å20 Å2
3---2.7363 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.14 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.123→28.53 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数444 0 23 48 515
Biso mean--15.08 18.32 -
残基数----57
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d165SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes84HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it471HARMONIC10
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion55SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact461SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d477HARMONIC20.009
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg638HARMONIC21.07
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.28
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion13
LS精密化 シェル解像度: 1.123→1.13 Å / Rfactor Rfree error: 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2352 24 5.7 %
Rwork0.2008 397 -
obs--86.85 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -1.713 Å / Origin y: 24.3568 Å / Origin z: 11.5421 Å
111213212223313233
T-0.0084 Å20.0088 Å20.0005 Å2--0.0102 Å2-0.002 Å2--0.0073 Å2
L0.0124 °2-0.1108 °2-0.2358 °2-0.3464 °2-0.1921 °2--1.0528 °2
S-0.0069 Å °-0.0078 Å °-0.0046 Å °-0.0139 Å °0.0453 Å °-0.0069 Å °-0.0512 Å °-0.0192 Å °-0.0384 Å °
精密化 TLSグループSelection details: { A|* }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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