PDB-2mvt: Solution structure of scoloptoxin SSD609 from Scolopendra mutilans

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2mvt

タイトル

Solution structure of scoloptoxin SSD609 from Scolopendra mutilans

要素

Scoloptoxin SSD609

キーワード

TOXIN

機能・相同性

Diphtheria Toxin Repressor; domain 2 - #50 / Diphtheria Toxin Repressor; domain 2 / potassium channel regulator activity / toxin activity / extracellular region / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Kappa-scoloptoxin(03)-Ssd1a

機能・相同性情報

生物種

Scolopendra mutilans (ムカデ)

手法

溶液NMR / simulated annealing

Model details

lowest energy, model1

データ登録者

Wu, F. / Sun, P. / Wang, C. / He, Y. / Zhang, L. / Tian, C.

引用

ジャーナル: Sci Rep / 年: 2015
タイトル: A distinct three-helix centipede toxin SSD609 inhibits Iks channels by interacting with the KCNE1 auxiliary subunit.
著者: Sun, P. / Wu, F. / Wen, M. / Yang, X. / Wang, C. / Li, Y. / He, S. / Zhang, L. / Zhang, Y. / Tian, C.

履歴

登録	2014年10月14日	登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2015年9月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年6月14日	Group: Data collection / Database references / Other カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_software.name
改定 1.2	2024年11月6日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _database_2.pdbx_DOI

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2mvt.cif.gz	292.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2mvt.ent.gz	244.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2mvt.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mv/2mvt ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mv/2mvt	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	2jsk-d 2jsm-d 6v2d-6 2kkt-d 6b29-4 7baf-d 3ny3-d 2krn-d 4fss-3 1gzi-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	BMRB: 25283

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Scoloptoxin SSD609

5.64 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	20 / 200	structures with the lowest energy
代表モデル	モデル #1	lowest energy

#1: タンパク質・ペプチド	Scoloptoxin SSD609 分子量: 5640.350 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Scolopendra mutilans (ムカデ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0R4I951*PLUS
Has protein modification	Y

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	2D DQF-COSY
1	2	1	2D 1H-1H TOCSY
1	3	1	2D 1H-1H NOESY

-
試料調製

詳細

内容: 1 mM SSD609, 50 mM TRIS, 100 mM sodium chloride, 5 mM calcium chloride, 90% H2O/10% D2O
溶媒系: 90% H2O/10% D2O

試料

濃度 (mg/ml)	構成要素	Solution-ID
1 mM	SSD609-1	1
50 mM	TRIS-2	1
100 mM	sodium chloride-3	1
5 mM	calcium chloride-4	1

試料状態

イオン強度: 0.115 / pH: 7 / 圧: ambient / 温度: 298 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター	タイプ: Varian INOVA / 製造業者: Varian / モデル: INOVA / 磁場強度: 700 MHz

-
解析

NMR software

名称	開発者	分類
NMRPipe	Delaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax	解析
Sparky	Goddard	chemical shift assignment
X-PLOR NIH	Schwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore	構造決定
X-PLOR NIH	Schwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore	精密化

精密化

手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1

NMR constraints

NOE constraints total: 715 / NOE intraresidue total count: 158 / NOE long range total count: 49 / NOE medium range total count: 260 / NOE sequential total count: 248

代表構造

選択基準: lowest energy

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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