PDB-7b65: Structure of NUDT15 R139C Mutant in complex with TH7755

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7b65

タイトル

Structure of NUDT15 R139C Mutant in complex with TH7755

要素

Nucleotide triphosphate diphosphatase NUDT15

キーワード

HYDROLASE / Inhibitor / complex / Nucleoside Triphosphate Pyrophosphohydrolase

機能・相同性

機能・相同性情報

nucleoside phosphate catabolic process / purine nucleotide catabolic process / nucleotide diphosphatase / nucleobase-containing small molecule metabolic process / nucleoside triphosphate diphosphatase activity / 8-oxo-dGDP phosphatase activity / dGTP catabolic process / 8-oxo-7,8-dihydrodeoxyguanosine triphosphate pyrophosphatase activity / 8-oxo-7,8-dihydroguanosine triphosphate pyrophosphatase activity / Phosphate bond hydrolysis by NUDT proteins ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.6 Å

データ登録者

Rehling, D. / Stenmark, P.

資金援助

スウェーデン, 1件

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2021
タイトル: Crystal structures of NUDT15 variants enabled by a potent inhibitor reveal the structural basis for thiopurine sensitivity.
著者: Rehling, D. / Zhang, S.M. / Jemth, A.S. / Koolmeister, T. / Throup, A. / Wallner, O. / Scaletti, E. / Moriyama, T. / Nishii, R. / Davies, J. / Desroses, M. / Rudd, S.G. / Scobie, M. / Homan, ...

履歴

登録	2020年12月7日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年3月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年4月7日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.page_first / _citation.page_last ..._citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.2	2021年7月21日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume
改定 1.3	2024年1月31日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7b65.cif.gz	84.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7b65.ent.gz	61.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7b65.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7b65_validation.pdf.gz	1000.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7b65_full_validation.pdf.gz	1006 KB	表示
XML形式データ	7b65_validation.xml.gz	16.8 KB	表示
CIF形式データ	7b65_validation.cif.gz	23.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b6/7b65 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b6/7b65	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7b63C 7b64C 7b66C 7b67C 5lpgS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5lpg-d 7b66-2 5bon-1 7b64-1 5bon-2 6t5j-d 2ra6-1 5onb-3 5bon-4 6gt9-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#145 - 2012年1月伝令RNAのキャップ形成 (Messenger RNA Capping) 類似性 (4) #201 - 2016年9月イソプレン合成酵素 (Isoprene Synthase) 類似性 (4)

登録構造単位

A: Nucleotide triphosphate diphosphatase NUDT15

B: Nucleotide triphosphate diphosphatase NUDT15

ヘテロ分子

38.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
dimer

単位格子

Length a, b, c (Å)	34.910, 43.803, 60.457
Angle α, β, γ (deg.)	91.582, 106.740, 113.478
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質	Nucleotide triphosphate diphosphatase NUDT15 / MutT homolog 2 / MTH2 / Nucleoside diphosphate-linked moiety X motif 15 / Nudix motif 15 / ...MutT homolog 2 / MTH2 / Nucleoside diphosphate-linked moiety X motif 15 / Nudix motif 15 / Nucleoside diphosphate-linked to another moiety X hydrolase 15 / Nudix hydrolase 15 分子量: 18580.951 Da / 分子数: 2 / 変異: R139C / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NUDT15, MTH2 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9NV35, nucleotide diphosphatase
#2: 化合物	ChemComp-SYW / (R)-6-((2-methyl-4-(1-methyl-1H-indole-5-carbonyl)piperazin-1-yl)sulfonyl)benzo[d]oxazol-2(3H)-one / 6-[(2~{R})-2-methyl-4-(1-methylindol-5-yl)carbonyl-piperazin-1-yl]sulfonyl-3~{H}-1,3-benzoxazol-2-one / TH7755 分子量: 454.499 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₂H₂₂N₄O₅S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 213 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.16 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.95 %
結晶化	温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.12 M Monosaccharide mix (Morpheus Screen) 0.1 M Imidazole/MES pH 6,5, 12.5% MPD, 12.5% PEG 1000, 12.5 % PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: MAX IV / ビームライン: BioMAX / 波長: 0.97622 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年11月21日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97622 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.6→35.37 Å / Num. obs: 39574 / % possible obs: 96.6 % / 冗長度: 3.6 % / CC_1/2: 0.997 / Net I/σ(I): 16.2
反射シェル	解像度: 1.6→1.63 Å / Num. unique obs: 1931 / CC_1/2: 0.985

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
PHENIX	1.18.2	精密化
DIALS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5LPG

5lpg

解像度: 1.6→35.37 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.97 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.963 / SU B: 1.542 / SU ML: 0.055 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.086 / ESU R Free: 0.083 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1843	1981	5.006 %
R_work	0.1597	37592	-
all	0.161	-	-
obs	-	39573	96.595 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 21.914 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.797 Å²	0.265 Å²	-0.433 Å²
2-	-	0.964 Å²	-0.403 Å²
3-	-	-	-1.346 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.6→35.37 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2472	0	64	213	2749

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.013	2685
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.018	2351
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.886	1.658	3674
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.497	1.59	5496
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.111	5	322
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.615	24.118	136
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.002	15	426
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	9.987	15	8
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.088	0.2	304
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.012	0.02	3044
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	558
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.226	0.2	470
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.186	0.2	2191
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.175	0.2	1286
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.082	0.2	1236
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.209	0.2	164
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.072	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.207	0.2	9
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.199	0.2	27
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.12	0.2	18
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.127	2.024	1270
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.123	2.021	1269
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.023	3.037	1598
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.023	3.04	1599
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.405	2.457	1415
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.404	2.458	1416
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.196	3.527	2076
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	5.194	3.528	2077
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	6.506	25.268	3071
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	6.397	24.781	3020

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.6-1.642	0.234	147	0.188	2702	X-RAY DIFFRACTION	94.9667
1.642-1.686	0.233	144	0.187	2737	X-RAY DIFFRACTION	95.5873
1.686-1.735	0.246	147	0.176	2590	X-RAY DIFFRACTION	95.7663
1.735-1.789	0.218	113	0.177	2526	X-RAY DIFFRACTION	95.9636
1.789-1.847	0.212	134	0.168	2505	X-RAY DIFFRACTION	96.3139
1.847-1.912	0.199	86	0.157	2415	X-RAY DIFFRACTION	96.4892
1.912-1.984	0.198	95	0.164	2339	X-RAY DIFFRACTION	96.5107
1.984-2.065	0.231	112	0.162	2249	X-RAY DIFFRACTION	96.961
2.065-2.157	0.22	123	0.162	2148	X-RAY DIFFRACTION	97.2591
2.157-2.262	0.188	100	0.165	2038	X-RAY DIFFRACTION	97.4476
2.262-2.384	0.214	104	0.165	1980	X-RAY DIFFRACTION	97.5199
2.384-2.528	0.168	123	0.155	1861	X-RAY DIFFRACTION	98.1692
2.528-2.703	0.176	113	0.154	1735	X-RAY DIFFRACTION	98.1934
2.703-2.919	0.169	95	0.158	1632	X-RAY DIFFRACTION	98.2366
2.919-3.196	0.172	94	0.155	1478	X-RAY DIFFRACTION	98.7437
3.196-3.572	0.158	82	0.145	1353	X-RAY DIFFRACTION	98.8973
3.572-4.122	0.139	56	0.137	1194	X-RAY DIFFRACTION	98.2704
4.122-5.042	0.153	59	0.147	1007	X-RAY DIFFRACTION	95.6912
5.042-7.103	0.171	35	0.185	774	X-RAY DIFFRACTION	97.0024
7.103-35.37	0.341	19	0.218	329	X-RAY DIFFRACTION	74.6781

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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