PDB-6t5j: Structure of NUDT15 in complex with inhibitor TH1760

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6t5j

タイトル

Structure of NUDT15 in complex with inhibitor TH1760

要素

Probable 8-oxo-dGTP diphosphatase NUDT15

キーワード

HYDROLASE / Nudix hydrolase / Inhibitor

機能・相同性

機能・相同性情報

nucleoside phosphate catabolic process / purine nucleotide catabolic process / 8-oxo-(d)RTP hydrolase activity / nucleotide diphosphatase / nucleobase-containing small molecule metabolic process / nucleoside triphosphate diphosphatase activity / 8-oxo-dGDP phosphatase activity / dGTP catabolic process / 8-oxo-7,8-dihydrodeoxyguanosine triphosphate pyrophosphatase activity / 8-oxo-7,8-dihydroguanosine triphosphate pyrophosphatase activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.6 Å

データ登録者

Carter, M. / Rehling, D. / Desroses, M. / Zhang, S.M. / Hagenkort, A. / Valerie, N.C.K. / Helleday, T. / Stenmark, P.

資金援助

スウェーデン, 1件

引用

ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2020
タイトル: Development of a chemical probe against NUDT15.
著者: Zhang, S.M. / Desroses, M. / Hagenkort, A. / Valerie, N.C.K. / Rehling, D. / Carter, M. / Wallner, O. / Koolmeister, T. / Throup, A. / Jemth, A.S. / Almlof, I. / Loseva, O. / Lundback, T. / ...

履歴

登録	2019年10月16日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2020年7月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年9月30日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2024年1月24日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6t5j.cif.gz	174.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6t5j.ent.gz	121 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6t5j.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t5/6t5j ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t5/6t5j	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5lpgS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5lpg-d 5bon-2 7b66-2 7b63-d 7b64-1 5bon-1 5bon-4 5bon-3 7b67-d 2zgk-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#145 - 2012年1月伝令RNAのキャップ形成 (Messenger RNA Capping) 類似性 (4) #201 - 2016年9月イソプレン合成酵素 (Isoprene Synthase) 類似性 (4)

登録構造単位

A: Probable 8-oxo-dGTP diphosphatase NUDT15

B: Probable 8-oxo-dGTP diphosphatase NUDT15

ヘテロ分子

38.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	46.790, 46.809, 137.596
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁
Space group name Hall	P2ac2ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x+1/2,-y,z+1/2

#1: タンパク質	Probable 8-oxo-dGTP diphosphatase NUDT15 / 8-oxo-dGTPase NUDT15 / 7 / 8-dihydro-8-oxoguanine-triphosphatase NUDT15 / MutT homolog 2 / MTH2 / ...8-oxo-dGTPase NUDT15 / 7 / 8-dihydro-8-oxoguanine-triphosphatase NUDT15 / MutT homolog 2 / MTH2 / Nucleoside diphosphate-linked moiety X motif 15 / Nudix motif 15 分子量: 18635.002 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NUDT15, MTH2 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9NV35, nucleotide diphosphatase
#2: 化合物	ChemComp-MKB / 6-[4-(1~{H}-indol-5-ylcarbonyl)piperazin-1-yl]sulfonyl-3~{H}-1,3-benzoxazol-2-one 分子量: 426.446 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₀H₁₈N₄O₅S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: Cl
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 454 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.14 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.46 %
結晶化	温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 0.1 M Tris-HCl pH 8.5, 0.15 M MgCl2, and 30% PEG3350

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

BESSY

/ ビームライン: 14.1 / 波長: 0.918 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年7月23日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.918 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.6→46.81 Å / Num. obs: 40092 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 11.9 % / B_iso Wilson estimate: 13.15 Å² / CC_1/2: 0.996 / R_merge(I) obs: 0.131 / R_pim(I) all: 0.056 / R_rim(I) all: 0.143 / Net I/σ(I): 11.3

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	% possible all
8.76-46.81		0.068	22.7	305	0.998	0.027	0.074
1.6-1.63	12.4	0.55	4.2	1913	0.843	0.231	0.597	97.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.14_3260	精密化
iMOSFLM		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5LPG

5lpg

解像度: 1.6→44.31 Å / SU ML: 0.164 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.39 / 位相誤差: 16.9696

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1946	2096	5.23 %	Random selection
R_work	0.1612	-	-	-
obs	0.1629	40061	98.2 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 18.89 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.6→44.31 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2486	0	66	454	3006

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0073	2660
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.7885	3623
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0561	355
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0046	469
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.5807	965

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.6-1.64	0.2668	123	0.2282	2460	X-RAY DIFFRACTION	97.21
1.64-1.68	0.2644	142	0.2144	2471	X-RAY DIFFRACTION	97.1
1.68-1.72	0.2527	158	0.211	2432	X-RAY DIFFRACTION	97.22
1.72-1.77	0.2323	133	0.1958	2496	X-RAY DIFFRACTION	97.7
1.77-1.83	0.2131	130	0.1831	2459	X-RAY DIFFRACTION	97.51
1.83-1.9	0.2103	145	0.174	2511	X-RAY DIFFRACTION	97.83
1.9-1.97	0.1998	130	0.1623	2477	X-RAY DIFFRACTION	97.68
1.97-2.06	0.194	167	0.1515	2480	X-RAY DIFFRACTION	98.15
2.06-2.17	0.1784	135	0.1483	2526	X-RAY DIFFRACTION	98.45
2.17-2.31	0.1997	115	0.1449	2544	X-RAY DIFFRACTION	98.37
2.31-2.49	0.1926	134	0.1533	2566	X-RAY DIFFRACTION	98.79
2.49-2.74	0.1795	142	0.1534	2570	X-RAY DIFFRACTION	98.83
2.74-3.13	0.1681	156	0.1565	2575	X-RAY DIFFRACTION	99.09
3.13-3.95	0.1813	134	0.1389	2633	X-RAY DIFFRACTION	99.43
3.95-44.3	0.1856	152	0.1615	2760	X-RAY DIFFRACTION	99.45

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.87618687755	-1.94644930086	-0.725618686926	3.1076672748	2.73692452326	4.02957880876	-0.203729918203	-0.654059501098	0.62577867287	0.215197967729	-0.197862531276	-0.0169853051368	-0.660943673946	0.176268588888	0.390879494128	0.206824991025	-0.0754008516482	-0.044135410159	0.235118015349	-0.0381760456238	0.215797401223	-8.49192818303	25.656997908	-12.5211720688
2	3.12088490469	0.421973342303	0.433801581622	4.69770145386	1.2370605876	3.23401125597	0.0764761117133	0.0437792271588	-0.275553865888	-0.100378524291	-0.096467464713	-0.127623527387	0.431879680367	0.0614275879431	-0.000291908250009	0.104468699522	-0.00504408216204	0.00513985977047	0.0838868067214	-0.00219827004091	0.0648886086243	-9.63617853417	-1.26289467515	-23.5499657728
3	6.17347970406	0.368059763213	2.04792002847	1.90515356256	0.266973548062	6.60664512472	0.3926730788	-0.280476408457	-0.447228227141	0.167240337223	-0.0130482242538	-0.387460301784	-0.117548045087	0.402125463958	-0.320101932386	0.12031181066	-0.0267807961745	-0.0272075551504	0.151003349167	-0.00926326166359	0.163373822584	1.18864626666	6.35628034967	-13.8120807257
4	5.27382008727	-2.11593699824	0.998670448128	8.18587180507	-3.57739661961	4.89908824064	0.193032061262	0.0153747268754	0.548715300482	-0.0956598195667	-0.265879648234	-0.402841269777	-0.33095864676	0.318204214414	0.0445434377686	0.0851679699747	-0.0283200778249	0.0397863790221	0.117909877229	0.0176103516218	0.137913162635	-7.89106926524	20.621707131	-25.6899235534
5	1.01544588774	-0.961167998326	-1.10059201369	1.92054016858	1.0841694167	2.41528163233	0.070426801876	0.126336824579	0.0193425282786	-0.101099531601	-0.102058721621	-0.0274879257162	-0.0526371313095	0.0476716059158	0.021332158784	0.054176646295	-0.000555163909981	-0.0059384489753	0.0869196814702	0.00273803737822	0.060782331103	-10.4961922532	10.5310085863	-25.8547541137
6	3.34186548118	4.63854848916	0.995140813405	6.51293869501	0.900620064666	4.62672298967	0.000857165208536	-0.568421580832	-0.135020480516	0.494433027317	0.0528962384141	-1.10935256162	0.303693528095	0.587276409254	-0.115533433323	0.168062539822	0.0463088936575	-0.0800287084608	0.372680608894	-0.0478990686641	0.294403654005	-3.38111209264	17.9876810354	-4.65388054211
7	0.613408571497	-0.59497754466	-1.19047189469	3.44145848564	3.70981869621	6.69292906078	-0.0949218180911	0.0532114132842	-0.0188849010319	0.0856886310652	0.0639797450691	0.0292809570036	0.292738555228	0.283054893331	0.0188660645926	0.0739468315083	0.0135028800457	-0.0192158201706	0.0865784874238	0.00413752317012	0.0683493141085	-10.4204092052	6.71790891661	-25.9233380378
8	2.76251437778	2.61860404036	3.85131970819	2.58588135664	3.66732270147	5.70990789489	0.0091530960901	0.111962629813	-0.157299852928	-0.122850633345	-0.0358949814694	-0.48600953307	-0.0470114312309	0.480135307846	0.0420400714569	0.102497316021	0.0543195264012	-0.00948784984546	0.248059122184	-0.01622809981	0.155501400695	2.32276909988	2.29965067858	-28.1022386426
9	4.38178093038	1.74909202579	0.163621550935	3.47423381451	0.697724223332	1.35908656559	-0.0441643583814	0.0195308496142	-0.043165023083	0.0842211080096	0.0961952957761	-0.404820402599	0.26225372507	0.673326441688	-0.0454139103919	0.120675863081	0.0288751959269	-0.0156704859612	0.255641752314	-0.0148371937928	0.161984441289	1.53673205006	0.821631264611	-20.3051241247
10	6.13148174639	-5.18437476001	6.26232764936	5.31554220362	-4.21883496942	7.62602560091	0.0989457568904	-0.431962135042	-0.546454335283	0.438935428787	0.241146578396	0.386189015752	0.76889352167	-0.757960115929	-0.332498039019	0.272673950203	-0.0311101536032	-0.0100936780589	0.174964347837	0.0433553204191	0.0997280308974	-11.377180452	-5.22100134901	-13.6261194161
11	2.61627319113	0.709115823471	-1.0711480482	1.70839971986	0.693694061833	3.07885167468	-0.0945898694697	-0.132126354211	0.332220508482	0.429646368086	-0.0871237418373	-0.267504935179	-0.168764358059	0.155553369005	0.112871212142	0.133731735606	-0.0283137873305	-0.0474103679951	0.0949709686151	0.00472547305955	0.11508323043	-7.15209434464	5.05886563353	-8.78061401822
12	4.15232971916	-2.0247140113	-2.49738060755	4.53218722237	-4.01568845768	9.23867431376	-0.10865369401	-0.126747184593	-0.242976348289	0.37639833161	0.0860121408109	-0.227913904422	0.205489362711	-0.03618208166	0.0266093830299	0.125972937262	-0.017946256353	0.00895396606132	0.0791291700064	0.00353330562585	0.111460035181	-16.5212651726	4.07754195882	-10.9355750786
13	4.5513809442	-3.77616734295	-1.85448822901	4.54277162008	3.96987677467	4.95636796301	0.614829981379	0.509238193662	-0.569824814058	-0.412603034042	-0.336601854841	0.320755427981	0.415523430882	-0.259802058581	-0.236615627981	0.226427394924	-0.0139344715434	0.00961559927431	0.139900778648	-0.0159180887679	0.201036543474	-20.1609837549	-1.64022421176	-19.601078597
14	4.0766783231	-0.393038508956	-1.82641030989	7.40922494809	1.89303700932	5.89850650712	-0.105252736497	-0.193884013235	-0.213790572659	0.255155657259	-0.00993765831841	0.0354249258912	0.422832189181	-0.0337639808066	0.0568255860111	0.126531695795	-0.000966379817475	0.036101476772	0.080551773757	0.0216482689596	0.107785499143	-21.966153867	10.4332084512	-9.95437556718
15	3.25851312371	-1.90081424548	-4.78404373316	4.13210465793	1.98283015907	9.10869848983	-0.267002931225	0.234785147602	-0.0953389974885	-0.61489055517	-0.00260062106755	-0.577506583138	-0.268557598584	0.532692237692	0.353158605651	0.227357351912	-0.0957379776861	0.0548133799397	0.187118918965	0.0203772508996	0.259891553928	-9.27451177838	26.5655118116	-21.8782995738
16	6.95689190068	0.51846722608	-2.65225907703	2.20634950002	-0.195304007558	3.1688493159	-0.246190556576	-0.163679429248	-0.0801086777683	-0.00424954118368	0.0832882252722	0.166808114811	0.0848956179987	-0.366521362732	0.14209607794	0.106422350114	-0.00613869193447	-0.00473879516806	0.147492857558	-0.013345089077	0.0429581392873	-35.3920704322	24.8419379425	-9.10738723477
17	4.14316407041	2.7542434568	-3.17969021057	6.57563831562	-3.25368523206	6.0025931127	-0.0148698670958	0.171489222114	0.321496130742	-0.0305955625708	0.19370676166	0.0764046969044	-0.394279791677	-0.0302573070449	-0.175880079203	0.110737077842	0.00301656134467	-0.0234901336185	0.100066701483	0.00792757921047	0.111552471434	-31.9896674662	33.7386032034	-19.0457184082
18	5.92374012144	-1.41895793849	1.82963830632	2.95823196962	-0.931002677253	2.4052019795	-0.161738901803	-0.0728562330309	0.447939828627	0.120524559081	0.119553528633	-0.353613018228	-0.229061330763	0.148822116992	0.0229126839659	0.0910714926894	-0.00635836300712	-0.00241628160325	0.0710966674454	-0.0286126509921	0.0847164114105	-17.0099809242	27.0160130627	-9.28072656942
19	1.8010831499	-0.948999086071	-1.12264743795	1.09709325652	0.980825921061	2.28373199671	-0.0924751520765	-0.0751220875566	0.037265162719	0.13796352451	0.0534240672321	-0.0062142508686	-0.0237088855868	0.014573427999	0.0281526967321	0.077740766048	-0.00258392911445	-0.00342602502539	0.0544392744828	0.00663671682702	0.0631992272167	-24.7716497481	24.7208890647	-8.6561745288
20	6.74915967236	4.70704657727	0.292117631702	4.15845288336	2.35657975873	5.33017390016	0.111414958464	0.582142587674	0.799664700376	-0.821308209605	-0.0598865174282	-0.475620772642	-1.09748878569	-0.531870478508	-0.0777743005608	0.378354687309	0.0612015486265	0.0535055748035	0.208100792541	0.0753880415586	0.310813033157	-17.0460908988	32.2292150659	-31.0204124698
21	4.90100396875	0.816641200105	-4.94397861674	1.99784595213	-1.92587523261	7.37678042975	0.204493187645	0.0781475928331	0.272675937219	0.0356720299729	-0.0519182487198	0.0656404209157	-0.386401811764	-0.117704378891	-0.159143378187	0.0827870356415	-0.0100260662499	0.00092335961017	0.0814039273457	-0.00618194253986	0.0804701860666	-21.2168478178	23.8218576575	-17.6515538304
22	4.05240796556	0.466688635194	0.395833261531	2.00009155334	-1.97138159409	6.8086652442	-0.0973382721467	-0.170995894292	0.0610333255941	0.190119295502	-0.0207066032871	0.0472382287064	-0.436509110941	-0.563696924723	0.0997730446035	0.12784132721	0.0449630451521	0.0190179654402	0.15437279121	0.00483825676727	0.0971102722841	-36.5061496909	28.2539428083	-0.307770808954
23	8.07756591732	1.2604447541	-1.38929576389	6.04035579022	-2.91490003791	2.4766479032	-0.00221367799102	-0.0236388597338	0.384929030253	-0.274701448735	0.14763220364	0.0506786869586	-0.684016408541	0.0913422170577	-0.160836690492	0.368327712716	0.0271034761857	0.0188020710073	0.0942696540207	-0.0133416108589	0.165595928103	-29.3669889335	40.9335198451	-8.78438206817
24	4.69269433795	0.850977716378	0.500572501664	4.10137797845	0.664490109135	2.59722140457	0.0227258611768	-0.0654943873387	0.476612196471	-0.072457074314	-0.127363381893	0.0966078704994	-0.432048424324	-0.309617584031	0.0652238785709	0.177885181073	0.0296192725778	0.00477810890248	0.134364869659	0.0272916536848	0.0971947806582	-35.8406453472	32.8357293423	-14.7205635534
25	3.9768442535	4.00242762703	-3.82105926507	7.50363609102	-4.8979484907	3.99659529533	0.100097396348	-0.111231382368	-0.118750742434	-0.02071158866	0.226456585332	0.094579840136	0.196838354402	-0.855002431189	-0.314763896283	0.157912841867	-0.0194090164658	-0.0229272113953	0.249894581764	0.0150154563736	0.0914754898135	-40.1302979678	26.0201762393	-23.2412170847
26	0.645583465907	-0.435898281096	0.311378106967	3.94599474922	1.08595351596	3.49204755016	-0.0581911497449	0.4213044039	0.159174663288	-0.211204317193	0.068716053323	-0.163165091404	-0.137452573484	0.0615522596262	-0.0171559034619	0.0833152531429	-0.0239051527438	-0.00041408000221	0.142318055386	0.0518163874162	0.110471202436	-29.3671228499	27.2432577767	-25.4086654285
27	7.56854978558	-0.0220918793798	-4.20390980684	6.91611180177	2.13613797536	7.30723125359	0.0156104759445	-0.133621155006	0.0212949896541	0.317585463866	0.0434973068267	0.344442377599	0.340888682452	-0.249514913491	-0.040125303555	0.0590465781555	-0.0161321665648	-0.0281167597724	0.141987261477	-0.0233780511618	0.112701356908	-33.9883440257	16.2629498512	-18.5250262622
28	7.68017460255	-0.817683039919	-2.04962626772	3.79119039189	2.14259437405	7.40219077602	0.0170365978723	0.249978470062	0.0694566586617	-0.191101127396	-0.0848084107049	0.159141284989	-0.0142901195927	-0.375108072656	0.0137973542438	0.0739055608364	-0.000396179191022	-0.0264578458443	0.113932056361	-0.0328900265967	0.106998793518	-24.6728178538	13.122647792	-24.4512466881

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 10:14)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 15:32)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 33:46)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain A and resid 47:54)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain A and resid 55:84)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain A and resid 85:90)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain A and resid 91:107)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain A and resid 108:113)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(chain A and resid 114:124)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(chain A and resid 125:128)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	(chain A and resid 129:141)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	(chain A and resid 142:146)
13	X-RAY DIFFRACTION	13	(chain A and resid 147:151)
14	X-RAY DIFFRACTION	14	(chain A and resid 152:163)
15	X-RAY DIFFRACTION	15	(chain B and resid 10:14)
16	X-RAY DIFFRACTION	16	(chain B and resid 15:26)
17	X-RAY DIFFRACTION	17	(chain B and resid 27:44)
18	X-RAY DIFFRACTION	18	(chain B and resid 45:55)
19	X-RAY DIFFRACTION	19	(chain B and resid 56:84)
20	X-RAY DIFFRACTION	20	(chain B and resid 85:89)
21	X-RAY DIFFRACTION	21	(chain B and resid 90:99)
22	X-RAY DIFFRACTION	22	(chain B and resid 100:109)
23	X-RAY DIFFRACTION	23	(chain B and resid 110:115)
24	X-RAY DIFFRACTION	24	(chain B and resid 116:125)
25	X-RAY DIFFRACTION	25	(chain B and resid 126:130)
26	X-RAY DIFFRACTION	26	(chain B and resid 131:142)
27	X-RAY DIFFRACTION	27	(chain B and resid 143:151)
28	X-RAY DIFFRACTION	28	(chain B and resid 152:163)

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)